還有人說，在兵變的第二天早上，正當唐紹儀向袁世凱匯報情況的時候，曹錕突然推門而入，向袁世凱報告說：“昨奉大總統(tǒng)密令，兵變之事已經(jīng)辦妥！”袁世凱見曹錕說漏了嘴，起身大罵道：“胡說八道，滾出去！”

目前的歷史書大多將這次兵變指為袁世凱的預(yù)謀，但又語焉不詳，缺乏直接的史料的證據(jù)證明，似有“因人定罪”之嫌疑。因此，也有部分史家反對這次兵變系“袁世凱策劃”之說，如臺灣學者吳相湘就曾在他的著作中說：“自來論北京兵變者大多以為袁氏所主使，甚至有指出此乃用楊度計者。然以今論之則均不免挾意氣成見之譏。以天下眾惡皆歸之袁，固非歷史真相也。”

蹊蹺的是，這次兵變雖說搶劫的規(guī)模很大，但似乎是專門沖著有錢的地方而去，特別是城中的銀號，更是一網(wǎng)打盡，遭災(zāi)最重，就連官府的存銀處也遭到搶劫。據(jù)后來的統(tǒng)計，亂兵們在當晚的騷亂中至少搶走300萬以上的銀兩。更令人奇怪的是，在當晚的兵變中，袁世凱那些主管北京治安的親信們毫無動作，譬如掌管警政的趙秉鈞在當晚傳令全城巡警一律撤崗，不得干涉，以至于不少巡警自己都參與了搶劫活動。

當時任京畿五路備補軍管帶并親歷此事的馮玉祥在回憶錄中說，“這天的兵變，最初是從東城鐵獅子胡同總統(tǒng)府爆發(fā)，變兵是第三鎮(zhèn)全體。起事的時候，他們把總統(tǒng)府團團包圍，又撞進去放了一排亂槍，接著便大舉搶掠，府中比較珍重的東西，搜刮凈盡，連窗戶什物也都搗毀一空。袁世凱的臥房也被擊破了一角。這樣鬧了一陣，他們怒猶未息，又大舉縱火，接著南北兩城也陸續(xù)起火。”

馮玉祥認為，說這次北京兵變的主謀是袁世凱，顯然是高估了他的實力，因為袁世凱在回鄉(xiāng)數(shù)年后，已經(jīng)失去了控制第三鎮(zhèn)的能力，何況第三鎮(zhèn)的軍紀本就極壞。據(jù)馮所說，導(dǎo)致這次兵變的直接原因是“段芝貴減餉”一事，因為按之前的慣例，軍隊開拔前士兵每人加餉一兩，“現(xiàn)在段芝貴卻憑空把這一兩銀子減去。一兩銀子似乎算不了什么，可是在士兵的眼中，卻非同小可。因為他們天天盼望的就是關(guān)餉。餉下來，扣除了伙食費，還剩得多少，他們一切打算和指望就都放在這上面。如今平白少去一兩銀子，這實在比要他們的性命還要嚴重。減餉的消息一傳下來，士兵們無不憤激，口里不住地咒罵，算是袁世凱的八代遭殃，給他們罵爛了”。

但馮玉祥同時也認為，“這次的兵變，減餉的事實在是一個導(dǎo)火線”，根本的原因還在于以下幾點：“第一，滿清政府雖已推倒，中華民國的金字招牌雖已掛了出來，可是整個社會的實質(zhì)和政治方面機構(gòu)，卻并沒有什么改變。一般人民的腦筋里，依舊牢固的存著一個皇帝的偶像。尤其是軍隊中，士兵們平素受的政治教育，只是忠于皇家，以革命為反叛。袁世凱以及他的左右，剛不久還是如此教育士兵，并且到處鎮(zhèn)壓革命，捕殺革命黨。忽然一天抖身一變，自己做起大總統(tǒng)，成為革命國家的首領(lǐng)了?！@樣，如何維系軍心？當時老袁做了大總統(tǒng)，我就常常親見親聞許多官長目兵在背后切齒咒罵他，說他是個篡位的奸賊，憤激達于極點。第二，第三鎮(zhèn)的隊伍自在長春駐扎，軍紀即極敗壞。開到北京以后，墮落更甚。官長目兵，公開聚賭，縱飲狂嫖，無所不為，訓(xùn)練教育的事，完全廢弛了?！谌?zhèn)這樣，其余京畿一帶的駐軍無不如此。帶兵的荒唐，目兵從而效尤，統(tǒng)帥者聽任不問。好像他們以為皇帝倒了，世界變了，一切都可以胡作非為，用不著受拘束的了?！?/p>

王朝更替而不亂者幾稀。無獨有偶的是，后任南京國民政府軍令部長的徐永昌（當時也在北京軍中）也在回憶錄中稱，“正月十二第三鎮(zhèn)在北京兵變，初非袁世凱所主使，有些人委稱系袁世凱指使，以抗議南方代表要求遷都南京者，實乃誣傳，不過袁適逢其會，利用兵變拒絕遷都，或者有之。因第三鎮(zhèn)在漢口與革命軍作戰(zhàn)之后，士兵回京，仍不忘在外作戰(zhàn)時期之不紀律生活習慣，而帶兵者戰(zhàn)時不知注意約束士兵的軌外行動，戰(zhàn)后又疏于整頓與防范，故至釀成兵變，若謂第三鎮(zhèn)兵變?yōu)樵魇?，然則毅軍兵變，亦將謂有人主使耶？”