在輿論的煽動(dòng)下，各省都督、紳商代表也紛紛致電南京臨時(shí)政府，對(duì)定都南京表示異議。就連一貫主張建都武昌的黎元洪，這時(shí)也改口支持北京定都，“以免釀成大患”。而南方革命軍中的許多將領(lǐng)如浙軍司令朱瑞、粵軍司令姚雨平、第一軍團(tuán)長(zhǎng)柏文蔚等也紛紛發(fā)表通電，主張臨時(shí)政府建在北京為妥。

孫中山接到電報(bào)后，心里倒是樂意袁世凱辭職不干，但他不能自作主張，于是便將袁世凱的電報(bào)交與臨時(shí)參議院討論。臨時(shí)參議院的議員們對(duì)定都南京一事也無(wú)甚決心，或許是他們認(rèn)為孫中山的想法太天真，或者急于維系來之不易的和平，結(jié)果對(duì)于定都一事遲遲不能定案，最后只好用投票的方式來決定。

投票的結(jié)果出人意料，參議院以二十票的壓倒多數(shù)否決孫中山的主張（北京二十票，南京五票，武昌兩票，天津一票），而參與投票的議員大多數(shù)為同盟會(huì)員。孫中山得知這個(gè)結(jié)果后極為憤怒，據(jù)《胡漢民自傳》中稱，“先生（指孫）召克強(qiáng)（即黃興）至總統(tǒng)府，讓之?？藦?qiáng)亦謂黨中不應(yīng)有異議。先生遂召集院中同志黃復(fù)生、李伯申、鄧家彥等為評(píng)言其得失，則皆唯唯。依參議院法，須政府再交議院，始能推翻原案。鄧、黃等以是請(qǐng)?？藦?qiáng)遽曰：‘政府決不為此委曲之手續(xù)，議院自動(dòng)的翻案，盡于今日；否則吾將以憲兵入院，縛所有同盟會(huì)會(huì)員去?！侨者m祭明孝陵，遂請(qǐng)先生上馬出府。余稱病不從行，而就府中草文書，交院再議；一面飛白先生”。

在黃興聲稱要率憲兵隊(duì)進(jìn)參議院把所有同盟會(huì)籍的議員們綁縛起來及老會(huì)員吳玉章等人的疏通下，臨時(shí)參議院再次投票，最終以十九票對(duì)十七票的結(jié)果通過了以南京作為臨時(shí)政府地點(diǎn)的決議。不過，從這事可以看出，革命黨內(nèi)部意見也不甚統(tǒng)一，在孫中山提出必須實(shí)現(xiàn)定都南京等三個(gè)條件的同一天（2月13日），革命黨人自辦的《民立報(bào)》發(fā)表了《建都私議》的社論，提出八大理由來論證首都宜建于北京。而在談到遷都問題時(shí)，廣西同盟會(huì)員馬君武懷疑宋教仁倒向袁世凱，出賣革命，于是對(duì)宋教仁“言語(yǔ)討伐”，爭(zhēng)執(zhí)中，宋教仁怒而打了馬君武一耳光，馬君武奮起還擊，重傷宋教仁左眼，也算是一段革命逸史。（胡漢民在《自傳》中云：“宋以是質(zhì)馬，而亟批其左頰，馬還擊，傷宋目。宋入病院，旬日始愈?！保?/p>

袁世凱“退歸田園”的威脅并沒有動(dòng)搖孫中山要袁世凱南下就職的決心，為促使袁世凱盡快到南京就職，孫中山派出以蔡元培為團(tuán)長(zhǎng)，劉冠雄、鈕永建、宋教仁、王正廷、汪精衛(wèi)等人為成員的專使團(tuán)前往北京，迎接袁世凱南下。等專使團(tuán)到北京后，袁世凱倒是給予了盛情招待，但對(duì)于南下就職一事則模棱兩可，只以“竭誠(chéng)盡力，早日南行”相搪塞。

不料在專使團(tuán)到達(dá)北京的第二天晚上（2月29日），城北突然傳來數(shù)聲炮響，隨即便是人喊馬嘶，大火熊熊，街道上突然冒出成群的大兵。這群人一路上呼呼喝喝，沿途縱火搶劫，有些亂兵還沖到專使團(tuán)的住處，嚇得蔡元培等人慌忙逃到六國(guó)飯店避難，情狀極為狼狽。

第二天查明，發(fā)生兵變的是曹錕統(tǒng)制的北洋第三鎮(zhèn)，他們?cè)抉v扎在北京城外，不知何故突然沖進(jìn)城內(nèi)，跑到東城和前門一帶大肆哄搶，一路焚燒，還跑到專使團(tuán)所住的煤渣胡同胡鬧。到下半夜，兵變繼續(xù)擴(kuò)大，西城、北城也發(fā)生騷亂，當(dāng)?shù)氐耐练寺勶L(fēng)而動(dòng)，趁火打劫，而部分巡警也加入了搶劫的行列。等到清晨，被砸被搶的店鋪、錢莊、民居已經(jīng)有數(shù)千家，還有幾百間房屋被焚燒，似乎是為了掩蓋搶劫的痕跡。

這次兵變，是不是袁世凱一手導(dǎo)演，目前還沒有確鑿證據(jù)。不過，坊間倒有個(gè)傳聞，說是袁世凱的長(zhǎng)子袁克定曾找?guī)讉€(gè)北洋軍的將領(lǐng)商議，說如果家父南下就職的話，到時(shí)直隸都督就要由別人接手，屆時(shí)北洋軍恐怕要被裁撤一部分，對(duì)大家很是不利；要想不讓家父南下，首先是要把南方專使團(tuán)給趕跑。曹錕等人聽后，大為惱火，便說：“這事也不難辦，只要我們讓弟兄們趁夜把專使團(tuán)的住處圍一圍，放兩槍，把他們嚇跑就是。”袁克定說：“只要你們一鬧，到時(shí)就算專使團(tuán)不跑，東交民巷的外交團(tuán)也會(huì)出來抗議，屆時(shí)家父就走不成了。”