1954年3月高教部下來調查，聽取北大工作匯報。事后高教部形成一個檢查報告，內中稱：“北京大學在和馬寅初、湯用彤等的合作上基本做到尊重其職權，校內一切公事都經過馬寅初批閱，大事情都和他商量，做了的工作都向他匯報。在他出國的時候，江校長每月親筆向他報告工作?！彼龅亩嗍悄骋恍《螘r間的事實，但實際上數年內并不如此所為，這只能視之為官場慣常、應付的書面表達方式。

真正的內情通過一個細節(jié)可以窺探到：馬寅初不大管（或不能管）教學上的大事，卻對校內清潔衛(wèi)生工的調動、職員的大小事都很關心，一有變化都要人向他報告。有一次北京政法學院工友因個人瑣事打了北大一職員，北大寫信給政法學院請求解決，馬寅初竟花了很多時間親自修改這封信件。

從目前保存下來的文件看，1953年、1954年江隆基寫了好幾件工作報告，都是直接以自己名義上報，一字不涉馬校長，譬如1953年8月27日，他用毛筆寫了萬言報告致中宣部、高教部、市委，內容涉及學制延長一年、各系增設秘書一人并兼任支部書記、不適教員處理等重要行政事宜，全篇根本沒有提及馬寅初對這些事的表態(tài)如何。1953年10月4日晚，江隆基在臨湖軒與各系主任座談校內工作安排，人員齊整，唯獨就缺馬寅初一人。

在如何使用黨外校長這一點上，清華大學黨委書記蔣南翔就比江隆基靈活巧妙。蔣南翔經常會把對校內重大事件的看法事先通告副校長劉仙洲及教務長錢偉長，并盡量讓他們出面主持，由他們給各系提出處理意見。這種溝通方式極為有效，劉仙洲的工作熱情比冷落的馬寅初要高漲許多。據高教部、教育部1954年3月24日《北大、清華、師大三校重點檢查統(tǒng)戰(zhàn)工作簡報》介紹，蔣南翔與劉仙洲共同管理教學，蔣南翔主管政治及人事工作，劉仙洲則兼管總務、圖書館、校長辦公室。劉對這樣的分工是滿意的，因而在工作中發(fā)揮了積極性，檢查各系教學計劃的會也主動由劉主持。簡報中對蔣南翔的統(tǒng)戰(zhàn)工作方法予以較高的認可：“南翔同志經常將自己對校內各種問題的看法，講給劉仙洲聽，以促進思想上的一致，便于他從思想上接受黨的領導。”

那幾年馬寅初在北大的境遇可以用“孤寂”來形容。細翻北大50年代中期檔案，可以發(fā)現上下重要溝通時往往都愿意繞過他這一關。偶有例外的是因高教部大學教育司一科長不通過北大校方，擅自決定聘請?zhí)K聯(lián)專家與留助教的數目與專業(yè)，高教部副部長楊秀峰1953年5月24日為此向北京市高校黨委會書記李樂光寫信致歉，并許諾將以馬敘倫部長名義正式函告馬寅初校長。