1954年11月17日馬寅初突然收到一封匿名信，信中只裝有一顆氫氣彈，他馬上交給黨委。校黨委分析說，可能系以此恐嚇馬寅初，令其辭去北大校長職務，或在北大進行破壞。

1956年11月21日，在國家專家局任負責職務之一的民主人士雷潔瓊召集會議收集教授對高等教育的意見，事后她整理出一份座談紀要上報。其中馬寅初所提的意見最為顯目，他感喟自己有職無權，只是一個“點頭校長”，在事先不知情的情況下，上級突然委派新的經(jīng)濟系主任，這讓自認與經(jīng)濟系有淵源的他心中大為不快。他個人借重總務長文重，靠他把握一些行政事務。但校黨委借機把文重調任化學系副主任，讓他有失去左臂右膀的感嘆，對此舉深為不滿。他說：“因為黨內事先都商量好了，再問我我也不得不同意。”

有意味的是，馬寅初曾寫過一篇名為《資本主義工商業(yè)改造》的文章，審稿人認為文章的觀點有些問題，不合中央的一些條條框框，就沒有同意發(fā)在北大學報創(chuàng)刊號上。他又接著寫《洗冷水澡的經(jīng)驗》，結果照樣也沒有刊發(fā)在學報上。作為校長，馬寅初內心多少有些丟顏面的失落、無奈之感。

在三四十年代，馬寅初在經(jīng)濟學界的學術位置是顯赫的，連蔣介石都因他的影響力而有所忌憚。1949年后馬寅初純粹的學術研究有所停滯，原本通過學識點評時政的做法也大大收斂，他的老一套經(jīng)濟學觀點漸漸不被看重，學術威望不由地降到低點，人們只是習慣地看到他不停地在諸多政治問題上應景表態(tài)。難怪到了1954年3月，高教部、教育部到北大、清華、北師大三校檢查非黨行政人員的統(tǒng)戰(zhàn)工作，對于馬校長是否具備學問，北大黨委有人竟然說了這樣的話語來表達疑問：“馬寅初過去是研究資產(chǎn)階級經(jīng)濟學的，真才實學究竟如何，目前北大尚摸不清。”（見1954年3月24日《北大、清華、師大三校重點檢查統(tǒng)戰(zhàn)工作簡報》）

到了1958年“雙反”運動時，北大及經(jīng)濟系黨組織挑中馬寅初為經(jīng)濟界批判重點人物，學術思想批判小組里自稱“青年戰(zhàn)斗員”的年輕人依靠集體力量，分工閱讀馬寅初的著作與講義，準備日后與馬面對面進行討論和批判。結果，青年人閱讀之后大大地壯膽，發(fā)現(xiàn)原來被人們看作是“龐然大物”的馬寅初不過是一個牢固地站在資產(chǎn)階級立場、“知識少得可憐”的人，便覺得可以鼓起勇氣向馬及其別的權威教授開起火來。北大黨委當年的批判報告中一涉及馬寅初，就時常充斥著這種嘲諷、不屑的語氣，對學術出身的本校校長的學識如此不敬在北大史上也屬罕見。

后來連中共高層人士也在公開場合表達了對馬寅初的輕視態(tài)度，康生1958年6月5日在政治理論教育工作會議上就輕易地說道：“馬寅初的理論無非就是團團轉，還把北大弄得團團轉?！彼陨綎|俗話“人手”來反駁馬寅初的“人口論”，因為“牛馬狗都有口，但沒有手，只有人才有手”。他由此推論說：“馬寅初只見口，不見手，這根本上就是錯誤的?！?/p>

二

1954年、1955年只要見到中央部門來人，馬寅初都會說：“如果沒有江隆基同志，我辦不了北大，這是老老實實的話?！笨瞪鷵?jù)此還表揚馬寅初，認為馬如此肯定江，就是第一個為黨說好話的人。江隆基是20年代加入中共的老資格干部，曾在老解放區(qū)長期負責教育工作。1952年10月由中央調派到院系調整后的新北大，出任黨委書記兼副校長，他的行政級別與市委一些領導相近。

江隆基一上任，就趕上北大從城內搬往城外燕京大學舊址，燕京原有家當不夠用，新建筑又遲遲不能完工，上級又迫切希望在當年12月初開課。在這期間又頻繁遇到一系列的突擊任務，如俄文速成學習、全校的調查研究、中蘇友好月、工資調整、大規(guī)模采用蘇聯(lián)教材等，把江隆基弄得疲憊不堪。他在1953年4月15日致市委的報告中寫道：“由于北大在院系調整之后差不多等于一個新成立的學校，各方面的準備都很不充分，這就使我們的工作完全處于被動狀態(tài)……來校之后又因學校行政機構不大健全，大小事情都逼在眼前不能不管，再加我的工作作風有官僚主義，聯(lián)系群眾與深入實際不夠，因而形成上學期的忙亂現(xiàn)象?！?/p>

在這份工作匯報中，江隆基還表示，整個北大黨的力量偏弱，校務方面的領導干部大都是民主教授和留有職員。他寫道：“這些民主教授一般說來工作熱情是有的，但政治性和思想性很差，領導方法和工作方法還是老一套，所以在工作上起的作用不大?！敝劣邳h員領導骨干的實際領導能力，江隆基也流露不得力的感喟：“除我一人是老干部外，其余全是解放戰(zhàn)爭中入黨的新干部，他們的優(yōu)點是積極熱情、和群眾有聯(lián)系，缺點是缺乏工作經(jīng)驗、缺乏政治鍛煉和政策思想，他們在過去搞學生運動時是有辦法的，但在今天要領導教學和行政工作，就感到很生疏。正因為如此，所以全校不易形成一個堅強的黨的領導核心，工作上顧此失彼，漏洞很多?！保ㄒ?953年4月15日江隆基致市高校黨委并市委《關于北京大學現(xiàn)存問題的報告》）

1953年初在期末總結工作會上，不少人給江隆基提意見，主要認為江聯(lián)系群眾不夠，群眾不易接近。副校長湯用彤以較為客氣的口吻說：“江副校長有知識分子味。”副教務長侯仁之說：“到校長辦公室找湯老，不考慮就進去了，但要找江副校長就要想一想。”江在會上也作了檢討，但事后似乎收效不大。

江隆基手忙腳亂，馬寅初卻頗為悠閑。江隆基對行政機構不敢倚靠，主要是出于政治上的恐慌和不信任。他認定，新北大的行政機構是以原燕京大學的行政機構為基礎建立起來的，而原燕大的行政機構在帝國主義分子的長期麻醉與奴役之下是十分腐朽的，在工作上起的作用不大。而行政領導崗位上多是民主教授和一些舊留用人員，政治上不太可靠。