蔡元培提倡民權(quán)，支持學(xué)生，他也憤而辭職，并對學(xué)生說：“不要散，我們組織一個(gè)學(xué)校?！鞭k學(xué)校要經(jīng)費(fèi)，他坐船去南京借款，啟程時(shí)得知長子病重去世，“他為了大局起見，不想延誤行程，只好揮淚囑托友人處理兒子后事，自己登輪而去”（見周佳榮《辛亥革命前的蔡元培》第40頁）。由此，誕生了愛國學(xué)社。在這里，蔡元培和其他進(jìn)步師生相互影響，“言論和思想都有了急劇的發(fā)展”（見《辛亥革命前的蔡元培》第41頁）。

蔡元培曾激烈地說，“除非你推翻滿清，任何改革都不可能！”（見《辛亥革命前的蔡元培》第29頁）這是清醒的認(rèn)識，事實(shí)證明晚清推行的預(yù)備立憲等改革，確實(shí)是軟不拉嘰，根本就不可能趕上革命的腳步。而推翻一個(gè)固有的腐朽政權(quán)，需要更廣泛的力量、更努力地親為。

在上海，有一位交往密切的朋友、出版家、翻譯家杜亞泉。杜亞泉生于紹興上虞，是一個(gè)憂國憂民而又具有科學(xué)頭腦的學(xué)人。1898年他曾應(yīng)蔡元培之邀到紹興中西學(xué)堂任數(shù)學(xué)教員，1900年秋到上海創(chuàng)辦中國近代首家私立科技大學(xué)——亞泉學(xué)館，后入商務(wù)印書館編譯所。杜亞泉和蔡元培都贊同進(jìn)化論，傾向革新，提倡民權(quán)、女權(quán)。蔡元培初到上海，就住在杜亞泉那里。

在上海，蔡元培結(jié)識了重要的革命志士吳稚暉。吳稚暉后來撰《四十年前之小故事》一文，用很生動的文筆回憶蔡元培，說自己在“尚未知有江洋大盜孫汶前五六年時(shí)，卻知有蔡元培者”；在上海初次見到這個(gè)“能作怪八股者”，“卻所謂弱不勝衣，恂恂然儒者也”（見《追憶蔡元培》一書第92頁，中國廣播電視出版社1997年1月第1版）。

蔡元培等諸位志士仁人，通過演說、撰寫文章，大力倡言革命，宣傳愛國主義和民主思想，文章主要刊登在《蘇報(bào)》上。吳稚暉甚至提議中國教育會以《蘇報(bào)》為機(jī)關(guān)報(bào)。

上海這一班人宣傳革命弄得風(fēng)生水起，清廷當(dāng)然也是知道的。他們看在眼里恨在心里，1903年春夏之交，清政府就曾密電上海道，捉拿“倡言革命”的蔡元培、吳稚暉等人；上海道曾設(shè)計(jì)誘捕，想通過邀請演講而抓捕，他們沒有上當(dāng)。

然而，6月29日這天——在蔡元培去青島半個(gè)月后，上海“蘇報(bào)案”爆發(fā)，章太炎、鄒容被關(guān)押，因?yàn)閷懳恼卖[革命而進(jìn)了“文字獄”，報(bào)館被封，震驚中外。

民國元老柳亞子先生，當(dāng)時(shí)還是愛國學(xué)社的學(xué)生，蔡元培是老師，教授倫理學(xué)。他在《紀(jì)念蔡元培先生》一文中，回憶到一個(gè)細(xì)節(jié)：“章先生和鄒先生都被捕在虹口西牢，我便找了蔡先生，想去看看他們?！笨墒俏骼螌μ揭曄拗坪車?yán)，每月只能一次，一次不可探視兩人，而只允一個(gè)；探視者要有捕房所發(fā)的許可證，這許可證在蔡先生處，他每月去西牢探視一次。蔡先生說，可以把許可證借給我，這一個(gè)月要輪到章先生接見了?！拔覍τ谏虾５胤?，陌生得很，便由蔡先生陪我同去。他候在西牢的鐵門外面，我則進(jìn)鐵門到接見的地方……接見時(shí)間完畢以后，仍由蔡先生送我回到客棧住宿……”（見《蔡元培紀(jì)念集》第99頁，浙江教育出版社1998年4月第1版）

蔡元培就是這樣關(guān)心同仁、關(guān)愛學(xué)生的。難怪柳亞子在文中感嘆：“蔡先生一生和平敦厚，藹然使人如坐春風(fēng)。”