司法權問題對洋人活動的諸多限制是沖突的一個根源；另一個根源是法律實施的問題。中國的司法概念和實踐與西方的大相徑庭。在中國，不存在任何西方人所理解的“正當法律程序”，也沒有律師作法庭辯護之類的東西，司法不是政府的一個獨立機構，充任地方法官的不是別人，而是縣官本人。官司和訴訟被認為是一個人缺德的表現(xiàn)，而非其正當權利的維護。在刑事案件中，一個被告在證明是清白之前即被認為是有罪的，而在殺人案中遵循的原則是“一命抵一命”。中國人的倫理觀念允許父親包庇兒子、兒子包庇父親，而不是將其呈送司法審判；而一人犯案有可能使鄰里間好幾家人被牽連。對在廣州和澳門的外國人來說，所有這些都是“奇怪”而“野蠻”的。

“負責原則”是另一個導致摩擦的根源，正如皇帝理論上要對天下發(fā)生的一切負責一樣，總督對其轄區(qū)內發(fā)生的所有事端負有責任，包括水災或洋人擾亂等事。為求自保，總督會無情地通過最嚴格的規(guī)程來約束外國人。將這一原則推而廣之，那么，行商就有責任“擔保”洋商行為得體，而外國社會的領袖就有責任管束他的同胞，并將應中國官憲之請交出案犯，無論在具體案件中洋人自己的判斷如何。

中國政府堅持，在中國犯罪的洋人應按中國的法律受審。但另一方面，外國人則要求不受中國法律的制裁，這倒并不是因為他們否認屬地管轄的普遍原則，而是由于中國法庭處置案件的“奇怪”方式和判決的嚴峻。事實上，涉及洋人的民事案件是非常少的，因為洋商與中國百姓之間沒有什么接觸，而行商與洋人之間的糾紛則基本上通過談判和仲裁得到解決。同樣，卷入刑事案件的洋商即使有也非常之少，這些案件較多發(fā)生在水手身上。當確實發(fā)生刑事案件時，那些雙方都涉及洋人的案件會通過下列三種方式中的一種來處理：（1）中國法庭審理案件，但將罪犯送交他自己的國家接受懲罰，如1754年一名法國人殺死一名英國水手一案，該法國人被中國法庭判處絞刑，行刑則在他被送回法國后由法國政府來執(zhí)行；（2）中國法庭審判案件并在中國執(zhí)行判決，如一名英國水手因殺死一名葡萄牙水手而被判絞立決；（3）如罪犯逃逸，中國法庭將對此人判刑，并將判決轉達此人本國的政府來行刑，如1830年一群英國人毆殺一名荷蘭水手而后逃往印度一案。在該案中，兩廣總督判首犯絞刑，從犯各鞭笞百下，但將判決呈達英國執(zhí)行。

在牽涉到中外雙方人等的案件中，如果罪犯是中國人，將毫不寬宥地執(zhí)行法律，其速度和公正性是無懈可擊的。一個恰切的案例是1785年一個中國人殺死一名英國水手一案，這名中國人立即被判刑絞死。如果罪犯是洋人，也將采取同樣的做法，如1784年的英國船舶“赫符斯號”（Lady Hughes）一案。是年11月24日，這艘港腳船在鳴放禮炮時，意外地炸傷了三名中國低級官吏，其中兩人隨后死去。廣州當局責令交出炮手，而當知道炮手已潛逃時，便拘押了該船的大班史密斯（George Smith），包圍了商館，并中斷了貿易。直到在“赫符斯號”船上找到該名炮手并押解給中國官憲之后，那位大班才獲釋，貿易也得以恢復。隨后那名炮手被絞死了。