皖南事變爆發(fā)后，中共參政員為表示強(qiáng)烈抗議，拒絕出席國(guó)民參政會(huì)二屆一次會(huì)議。沈鈞儒等救國(guó)會(huì)參政員決定與中共參政員“共進(jìn)退”，抵制國(guó)民黨的倒行逆施。結(jié)果，1942年7月27日，在國(guó)民黨政府公布的國(guó)民參政會(huì)第三屆參政員名單中，將沈鈞儒和其他救國(guó)會(huì)參政員全部除名。1944年第四屆國(guó)民參政會(huì)召開時(shí)，也未恢復(fù)他們的參政員資格。但沈鈞儒毫不妥協(xié)，繼續(xù)為團(tuán)結(jié)抗戰(zhàn)和民主憲政而斗爭(zhēng)。

當(dāng)時(shí)，沈鈞儒在重慶與周恩來(lái)、董必武等中共領(lǐng)導(dǎo)人有了更多的聯(lián)系機(jī)會(huì)，并與中共進(jìn)一步建立起了相互信任、相互支持、并肩戰(zhàn)斗的關(guān)系。“聽聽共產(chǎn)黨朋友的看法”是沈鈞儒在時(shí)局發(fā)展令人困惑時(shí)經(jīng)常說(shuō)的一句話。為此，有人譏之為“中共的尾巴”，沈鈞儒聽后回答說(shuō)：“共產(chǎn)黨堅(jiān)決抗日，為國(guó)為民，作這樣的‘尾巴’，不是很光榮嗎？”他甚至還曾對(duì)人講：“現(xiàn)在人民的痛苦，真是如水益深，如火益熱，惟中共才能拯民于水火之中。故我們必須跟著中共走，這是唯一正確的道路?！?/p>

抗戰(zhàn)勝利后，沈鈞儒又積極地投入到反對(duì)內(nèi)戰(zhàn)、爭(zhēng)取和平民主的運(yùn)動(dòng)中來(lái)，并作為民盟代表參加了1946年的政治協(xié)商會(huì)議，堅(jiān)決地與中共站在一起。隨后，他又通過(guò)調(diào)停東北內(nèi)戰(zhàn)的切實(shí)經(jīng)歷，進(jìn)一步認(rèn)識(shí)到：“調(diào)停失敗，責(zé)任完全在國(guó)民黨，蔣介石背信棄義……中共說(shuō)話算數(shù)，說(shuō)到一定做到，他們是真正為了人民，為了國(guó)家。還有一點(diǎn)，中共不僅方針正確，論人品，他們每個(gè)人都品質(zhì)高尚，作風(fēng)正派。魯迅生前曾說(shuō)過(guò)，中國(guó)的希望在他們肩上，這一論斷完全正確?！?/p>

全面內(nèi)戰(zhàn)爆發(fā)后，沈鈞儒始終堅(jiān)持政協(xié)協(xié)議，拒絕參加國(guó)民黨一黨“國(guó)大”，更加堅(jiān)定地站在了中共一邊。1947年3月，民盟發(fā)表《為國(guó)共和談?wù)狡屏研浴?，沈鈞儒和章伯鈞在討論宣言稿時(shí)，曾反對(duì)宣言語(yǔ)意過(guò)于“中立”，不分是非，責(zé)備雙方。據(jù)黃炎培日記記載：“衡山、伯鈞等以語(yǔ)意太中立，多切責(zé)雙方。彼等一向不許一句話侵及中共者，故對(duì)此文百端阻止發(fā)表?！憋@然，這反映了沈鈞儒、章伯鈞在民盟內(nèi)部是屬于親共的左派。

1947年11月，民盟被迫解散時(shí)，沈鈞儒心情十分沉重，反對(duì)在國(guó)民黨的劫持和威脅下屈服。民盟被迫解散后，沈鈞儒曾對(duì)周新民說(shuō)：“民盟一定要搞下去，國(guó)內(nèi)不能公開搞，我們只有去香港吧！”并表示：“我如走不脫，剃掉胡子也要走?！蓖?1月底，沈鈞儒在中共地下黨組織的幫助下，秘密離開上海到達(dá)香港。