第二年9月，《青年雜志》改名為《新青年》，繼續(xù)為新文化運動搖旗吶喊。《新青年》的創(chuàng)辦是中國近代史上劃時代的大事件，標志著五四新文化運動的開端，陳獨秀是當之無愧的旗手。

在偉大的反帝愛國的五四運動中，陳獨秀也十分活躍。他以《每周評論》為陣地，以極大的熱情來關(guān)注和報道運動的情況，并撰寫評論文章，指導(dǎo)愛國運動向深入發(fā)展。

陳獨秀在五四運動中的積極活動早就引起了北洋軍閥政府的不滿，給他招來了牢獄之災(zāi)。1919年6月11日，在新世界屋頂花園，陳獨秀悠然地喝著茶，突然從大衣口袋里掏出一大卷《北京市民宣言》傳單拋向空中，向熙熙攘攘的群眾散發(fā)。這一出格的舉動，其直接后果就是被盯了他很久的軍警當場逮捕了。

聽到陳獨秀入獄的消息，李大釗、胡適等社會名流都非常著急，紛紛商量營救的辦法。他們決定把陳獨秀被捕的消息公之于眾，以造成強大的社會輿論壓力，“使北洋政府有所顧忌，不敢胡作非為”。

兩天后，北京《晨報》、《北京日報》就刊出了陳獨秀被捕的消息。上海的《民國日報》也全文刊出《北京市民宣言》，發(fā)表《北京軍警逮捕陳獨秀黑暗勢力之猖獗》時評。全國各界紛紛譴責北洋政府的丑惡行徑，為陳獨秀辯護，要求立即將其釋放。

有人在《每周評論》發(fā)表短詩《懷陳獨秀》：“依他們的主張，我們小百姓痛苦。依你的主張，他們痛苦。他們不愿意痛苦，所以你痛苦。你痛苦，是替我們痛苦。”