自從明末以來(lái)，山東一省地方性的農(nóng)民起義連綿不斷，明朝廷的統(tǒng)治已經(jīng)很不穩(wěn)固。大順政權(quán)接管該省后，由于實(shí)行免賦政策，派遣的官員奉公守法，吏治嚴(yán)明，受到當(dāng)?shù)刎毧喟傩盏膿碜o(hù)。原先所謂的“土賊”有的自行解散歸農(nóng)，有的改編為大順政權(quán)的地方武裝，一度出現(xiàn)了多年未見(jiàn)的平靜局面。大順軍主力西撤后，明朝官紳乘機(jī)顛覆大順地方政權(quán)，實(shí)行反攻倒算，許多地方的農(nóng)民又自發(fā)地組織武裝同官紳勢(shì)力作對(duì)。如靠近北直隸的冠縣在大順縣令逃跑后，有“土賊裴守政、馬瑞恒、劉桐相等蜂起”，兩年后才被清政府鎮(zhèn)壓下去。膠東地區(qū)隨著大順政權(quán)的瓦解也陷入一片混亂之中，許多地方在當(dāng)?shù)亓x軍控制之下，原明朝設(shè)置在登州的防撫曾化龍也掌握部分兵力，盤踞地方。五月間，靈山衛(wèi)義軍張大雅、張千出、韓繼本，高密縣義軍單之賞、張宇等部圍攻膠州。六月初六日，曾化龍派登州守將滕胤玉等統(tǒng)兵擊退義軍，解膠州之圍。昌邑縣土豪李好賢率眾向曾化龍投降，張大雅、張千出被擒殺?？墒?，曾化龍得知清軍占領(lǐng)京畿以后，卻丟下防守地區(qū)，同膠州知州郭文祥一道航海南逃。膠東地區(qū)處于無(wú)政府狀態(tài)。清廷在這年秋天任命柯永盛為膠鎮(zhèn)總兵，輕而易舉地接管了該地。這一地區(qū)的義軍膠州韓繼本，高密單之賞、張宇，即墨黃宗賢、周六、丘尚佐、王爾璽，平度搭毛、翟五和尚、張廣等部先后被柯永盛部清軍掃滅?！都茨h志》載：“無(wú)賴賊郭爾標(biāo)倡眾為亂，諸孽附之。賊之在姑密膠東者亦相與為響應(yīng)，眾十余萬(wàn)，號(hào)十四營(yíng)，環(huán)圍即墨。”當(dāng)?shù)丶濕葡认蛎鞒賳T請(qǐng)?jiān)?，毫無(wú)所得，改向清膠州總兵柯永盛求救，才將義軍擊潰。其時(shí)聲勢(shì)特別浩大的是兗州府、濟(jì)寧州、曹州府以至沂州府屬蒙陰縣一帶的農(nóng)民起義。嘉祥滿家洞有宮文彩“僭稱擎天王，擁賊二萬(wàn)有奇”，傅家樓等地還有馬應(yīng)試（大順政權(quán)授掌旅之職）、李文盛、宋二煙、楊鴻升、楊之華、閻清宇等領(lǐng)導(dǎo)的武裝，為眾不下數(shù)萬(wàn)。在大順軍西撤后，他們?nèi)匀弧皥?jiān)事逆闖”，“安心附逆，旗幟之上大書(shū)闖賊年號(hào)”。順治元年九月，清山東巡撫方大猷在“為塘報(bào)事”揭帖中寫(xiě)道：“嘉祥地方滿家洞土寇聚眾數(shù)萬(wàn)攻破馮家等堡二十余處，殺人不計(jì)其數(shù)，捕官率領(lǐng)鄉(xiāng)兵俱被殺傷，勢(shì)甚緊急，恐該縣被陷……”

面對(duì)各地風(fēng)起云涌的反清運(yùn)動(dòng)，清朝委派的官員束手無(wú)策，七月間巡撫方大猷在啟本中說(shuō)：“今則無(wú)百姓、無(wú)官、無(wú)兵，而總因無(wú)餉。雖奉令旨準(zhǔn)免三分之一，部臣王鰲永復(fù)推廣德意請(qǐng)免新、練二餉。臣又除去荒地，止就成熟者姑征一分。然究竟民無(wú)以應(yīng)也。久已拋棄農(nóng)業(yè)，漸有從賊巢中觀望來(lái)歸，而一旦聞?dòng)虚_(kāi)征之示，掉臂而返，有以相率從賊為得計(jì)者。此開(kāi)征兩字求之一百四州縣中不過(guò)十?dāng)?shù)處耳?！狈酱箝嗟膯⒈菊f(shuō)明了山東百姓留戀大順政權(quán)的免征賦稅，才以永昌年號(hào)為旗幟奮起抗清，這和當(dāng)?shù)孛鞒偌澋膭?dòng)向正好相反。它還清楚地反映了清廷雖然在名義上接管了山東，統(tǒng)治力量卻非常單薄。

這年九月二十九日發(fā)生了青州之變。事情的經(jīng)過(guò)是，原屬大順政權(quán)的一支軍隊(duì)同主力失去了聯(lián)絡(luò)，在旗鼓趙應(yīng)元和投降了大順政權(quán)的明朝官員楊王休率領(lǐng)下來(lái)到青州。九月二十九日晨以入城拜會(huì)為名，乘機(jī)奪門而入。當(dāng)時(shí)清廷委任的招撫山東、河南戶、工二部侍郎王鰲永正在城內(nèi)，趙應(yīng)元派步兵上城頭擺垛，自己帶著騎兵直入王鰲永的部堂轅門。王鰲永以為趙應(yīng)元是率部前來(lái)歸降，突然看到兵將持刀露刃蜂擁而進(jìn)，倉(cāng)皇躲避到上房。后來(lái)聽(tīng)見(jiàn)人聲鼎沸，“城內(nèi)震地”，又翻過(guò)院墻藏到姓房的鄉(xiāng)紳家中。趙應(yīng)元下令搜捕，“揚(yáng)言拿獲部堂者賞金五十兩，拿獲部堂下官一員者賞銀十兩”。王鰲永被軍士搜獲，趙應(yīng)元下令把他處斬。

趙應(yīng)元的收復(fù)青州，并不是為了重建大順地方政權(quán)。據(jù)文獻(xiàn)記載，他自己聲稱：“我也不愿做皇帝，只是扶立明朝一人。”清山東巡撫方大猷的題本中說(shuō)他以“擁立衡藩為號(hào)召計(jì)”，定于十月初八日“扶衡王坐殿”。這位衡王卻是個(gè)膿包，他在七月間已在王鰲永招誘下向清廷獻(xiàn)上降書(shū)，惟恐趙應(yīng)元擁戴復(fù)明將召來(lái)殺身之禍，只知“涕哭，眼腫如桃”。趙應(yīng)元為了增強(qiáng)抗清力量，“四門豎旗招兵：有馬給銀四兩八錢，騾兵給銀三兩八錢，步兵一兩八錢，外加一錢”。山東昌樂(lè)、壽光等縣的抗清武裝首領(lǐng)趙慎寬、秦尚行、郭把牌、翟五和尚都派人來(lái)青州會(huì)商合作事宜。

青州事件發(fā)生后，在省會(huì)濟(jì)南的清山東巡撫方大猷惶惶不安，他手頭只有兵馬六百多人，防守省城還不夠，只好請(qǐng)求清廷發(fā)“真滿洲官兵一萬(wàn)，星夜南馳”。清廷得報(bào)知道事態(tài)嚴(yán)重，派梅勒章京和讬、李率泰領(lǐng)兵趕赴山東。十月初六日，和讬、李率泰部到達(dá)濟(jì)南，初八日前往青州。早已降清的明青州守備李士元獻(xiàn)計(jì)智取，他同清廷委任的青州道韓昭宣等官紳暗中勾結(jié)，進(jìn)入青州城內(nèi)充當(dāng)說(shuō)客。李士元對(duì)趙應(yīng)元威脅利誘，勸他轉(zhuǎn)投清方，由巡撫上疏清廷解釋青州之變“只以總督虐民誅之，其余不戮一人，今復(fù)以全城歸命天子，則通侯之賞可立至矣”。趙應(yīng)元果然受騙，帶了甲士數(shù)百名出城同清將和讬等會(huì)面，雙方鉆刀歃血對(duì)天起誓。當(dāng)天晚上，趙應(yīng)元在府城北門的瞻辰樓設(shè)筵，大張酒樂(lè)。清軍按李士元等約定的計(jì)劃，伏兵城外。席間炮聲突發(fā)，李士元、韓昭宣和隨從當(dāng)場(chǎng)擊殺趙應(yīng)元、楊王休，趙軍大亂。清軍擁入城中，格殺招降余黨，青州的反清事件遂告失敗。