當然，史學家追求的歷史真實不僅指現(xiàn)象的真實，也指原因的真實。古往今來一切有大成就的歷史家都力圖透過現(xiàn)象認識本質，在求得歷史細部真實的基礎上發(fā)現(xiàn)歷史各個細部之間的內在聯(lián)系。但這兩個認識歷史的過程從前后順序上講，總是求現(xiàn)象的真實為先，求解釋的真實為后。這是因為邏輯思維中的歸納邏輯的路線是由個別到一般，而演繹邏輯的展開只能在歸納邏輯順利完成之后。所以前者的真實是實現(xiàn)后者真實的前提，歷史細部的準確是歷史歸納和進一步演繹的先決條件。近代思辨的歷史哲學家設計的形形色色的歷史模式和所謂規(guī)律之所以在現(xiàn)代失去了魅力，就是因為他們普遍對經驗的歷史缺乏深入細致的考察，造成體系越大，漏洞越多的弊病。因此，旨在求得現(xiàn)象真實的實證方法仍然是史學研究不可替代的第一道工序。

由于顧誠對南明史各個細部（具體的時間、地點、人物和事件）的實證與復原相對真實可信，所以顧誠的第二道工序－－無論是對南明史局部的概括還是全局的概括，便具有了史實和邏輯的雙重力量，顯示出作者的智慧和洞見。比如他擴大了傳統(tǒng)南明史的內涵，拋棄了僅著眼于幾個朱家小朝廷的做法，把大順軍余部、大西軍余部、鄭成功的“?？堋币约捌渌麧h族與少數(shù)民族的抗清斗爭也納入南明史，認為如果不是這種抗清力量的大換血，南明政權根本不可能維持20年之久。 

他堅決否定明清的代換具有必然性的成說，指出歷史必然性不是上帝的代名詞，它只能通過人們主動的歷史實踐來開辟行進的道路。如果說有歷史必然，那也只有一個，就是社會要發(fā)展進步，其間穿插著迂回曲折。至于統(tǒng)治王朝的更迭則大抵是偶然因素，只不過人們太習慣于將既成事實當作歷史必然了。以明為例，自萬歷中期以降，覆亡雖不可避免，但有可能接替明的新王朝絕非清一家，大順政權、孫可望政權均在可能之列，同時也不排除長期分裂的局面。就清而言，八旗兵根本不是什么天兵天將，老弱丁壯不過十萬，力量對比起初并無優(yōu)勢。歷史給了各方同樣的機遇，甚至給了大順軍更多的有利條件，但在這種“博弈”過程中抓住機遇的卻只是清軍，其因在于它的競爭者犯了更多和更嚴重的錯誤，用書中的話說：“漢族各派抗清勢力的失敗在很大程度上是自己打倒了自己”。作者指出，這樣的錯誤通過歷史創(chuàng)造者的主觀努力本來是可以避免的，這也正是歷史經驗和教訓具有價值的原因。如果把既成事實誤作歷史的必然，那等于說封建史籍中所謂“天命眷顧” 的說法是合理的了，而借鑒歷史上的成功經驗、避免重蹈失敗的覆轍也就無從談起了。從認識論的角度說，顧誠強調人的能動作用，拋棄傳統(tǒng)機械決定論的“必然性”，使用了現(xiàn)代統(tǒng)計決定論的或然性或概率性，這無疑更符合歷史實際。 

他一反習見的認識，將清王朝的建立看作是破壞并阻礙了社會生產力進步、打斷了中國歷史正常的發(fā)展進程的一個事件，是中華民族內部一個落后的、人數(shù)不多卻又十分驃悍的滿族的上層人士同漢族中最反動的官紳地主勾結在一起，竊取農民大起義勝利果實的產物。其基本論據(jù)為：明中期以前，我國在世界上處于領先地位。中期以后在科學技術等方面雖漸有落后，但到明末為止同西方的差距仍然不大，末代皇帝崇禎還孜孜引進西方科技和新知識。大順軍接管整個黃河流域也對社會生產力幾乎未造成破壞，且狠狠打擊了嚴重阻礙生產力發(fā)展的貴族官紳勢力。如果這一勢頭不被滿族貴族和變節(jié)的吳三桂等漢族官紳打斷，中國社會將在明代既定的基礎上實現(xiàn)較快的發(fā)展，近三百來年的歷史也許是另一種樣子。而清的建立卻以全國生產力的大幅度破壞為代價，穩(wěn)定后的統(tǒng)治雖被人吹捧為康雍乾盛世，但正是在所謂盛世期間，中國同西方社會發(fā)展水平的距離越拉越大。換句話說，顧誠認為明清的易代乃是影響中國近現(xiàn)代歷史進程的一個重要關節(jié)點。當然，他并不否認清王朝的積極歷史作用，即“對于多民族國家的奠定起了重要的積極作用。”從而避免了認識的偏頗。