由于從氏族公社中才獨(dú)立出來的人民的反抗與斗爭，這種過渡終于不可避免了。例如，公元555年吉備的白豬（今之地名不詳）曾設(shè)過屯倉。由于田部的賦稅被免征者很多，公元569年，朝廷派來名為膽津的外來移民，調(diào)查了田部，編制了戶口，并任命膽津?yàn)樘锪罴崔r(nóng)場長官。田部賦役被免征者很多，其含義就是指這些人的自主性加強(qiáng)了，以虛擬的氏族制再也管不住他們了。由于這一新的人民的動(dòng)向，導(dǎo)致了一種苗頭，即朝廷不再用原有的，將人民作為一個(gè)整體由伴造統(tǒng)治的方式，而采取了將人民作為一個(gè)個(gè)的個(gè)體進(jìn)行直接掌控的新的統(tǒng)治方式的萌芽。這并不單純是改變屯倉經(jīng)營方式，照此發(fā)展下去，按氏族原則形成的社會關(guān)系與統(tǒng)治方式的整個(gè)舊體系都將會受到影響。蘇我氏對此采取了積極的方針，相反物部氏則代表了保守派。

6世紀(jì)中期，蘇我稻目與物部尾輿之間圍繞著朝廷是否應(yīng)承認(rèn)佛教和信仰佛教問題，爆發(fā)了兩派之間的矛盾。接受佛教，意味著接受了超越了氏姓制度諸神的神。接受了佛教雖并不立即否定固有的神，但奉舊信仰和舊意識為至高無上的物部尾輿們卻激烈反對。他們列舉當(dāng)時(shí)流行的瘟疫和饑荒等社會極度動(dòng)蕩的形勢，認(rèn)為，就因?yàn)轫敹Y膜拜蠻神（即外國的神）才引起了這樣的災(zāi)難。而蘇我氏則認(rèn)為信奉新神，以其威力就可消除社會動(dòng)蕩。總之，這是以宗教問題為契機(jī)的統(tǒng)治人民的新舊方式之爭。

蘇我氏成了最后的、完全的勝利者。公元585年，蘇我稻目的外孫繼承了皇位（用明天皇），并倡導(dǎo)大興佛教。用明天皇死后，圍繞著皇位問題蘇我馬子與物部守屋發(fā)生矛盾，最后又發(fā)展為戰(zhàn)爭。蘇我馬子與用明天皇之子廄戶皇子（后來的圣德太子）一起消滅了物部守屋及其一族，擁立蘇我馬子自己的外甥為天皇即崇峻天皇。

宮廷里再也沒有人敢反抗蘇我馬子了。崇峻天皇憎惡蘇我馬子的跋扈，蘇我馬子惱怒，竟指使手下官員殺了崇峻天皇。隨后又擁立本族的皇女為天皇（即推古天皇），并由圣德太子（公元574—622年）充任攝政（公元593年）。從此蘇我馬子與圣德太子就實(shí)施了獨(dú)裁政治。

圣德太子與蘇我馬子的執(zhí)政

蘇我馬子和圣德太子執(zhí)政達(dá)30年。在這期間他們在東國等地大加擴(kuò)展朝廷的屯田，同時(shí)也沒有忘記增加自家的田莊。在經(jīng)營方式上，上述白豬屯田用過的方式，很可能又得到進(jìn)一步的發(fā)展。與此同時(shí)，近畿的國造們也開始具備了地方行政官的性質(zhì)。另外，在朝廷的組織方面，還出現(xiàn)了以財(cái)政機(jī)關(guān)為中心將舊“伴造”部民制改編為官府長官管轄官府駐地周圍的勞動(dòng)者群的形式。蘇我馬子與太子就是如此的改組并加強(qiáng)了權(quán)利的物質(zhì)基礎(chǔ)，開創(chuàng)了官僚制機(jī)關(guān)，并著手創(chuàng)建以天皇著者注：過去稱“大王”，這時(shí)卻改稱為“天皇”，詳見后述。為至高無上的中央集權(quán)國家觀念即倡導(dǎo)佛教、制定十二級官級、頒布十七條憲法、編纂《天皇記》及《國記》等歷史，等等。

倡導(dǎo)佛教是有其政治意義的。它既可用這種超“氏”的新信仰統(tǒng)一貴族的思想，又使中央及地方的氏姓貴族和群眾對朝廷的威力有了強(qiáng)烈的印象。太子和蘇我馬子的朝廷，以巨額的國幣興建四天王寺、法興寺、法隆寺等與當(dāng)時(shí)日本的建筑水平有天壤之別的、結(jié)構(gòu)復(fù)雜又宏偉壯觀的大寺院，并從朝鮮招聘了大批僧侶以及佛畫、佛像和寺院建筑的專家。在這些人的教導(dǎo)下，還產(chǎn)生了外來移民血統(tǒng)的佛教美術(shù)家。現(xiàn)藏于法隆寺的釋迦三尊銅像的作者鞍作鳥，就是中國血統(tǒng)的外來移民之孫。就這樣，日本才開始創(chuàng)造出高超的造型藝術(shù)，產(chǎn)生了堪稱做學(xué)術(shù)的學(xué)術(shù)。太子還親自向高麗僧學(xué)佛經(jīng)，隨后甚至還能向天皇講授。