在質(zhì)量管理方面，同仁堂的優(yōu)秀傳統(tǒng)仍在繼承、發(fā)揚(yáng)。至今，各藥廠在配料工序中仍一絲不茍地執(zhí)行著“三檢斤、四核對(duì)”的制度?！叭龣z斤”就是各種原料在起貨、摻料、移送時(shí)一定要依配料單檢查各味原料藥材的重量，“四核對(duì)”是將每一味原料藥在配料、抓樣、剩料、計(jì)算余虧時(shí)一一核對(duì)。這樣就自始至終地堅(jiān)持了“不合格的原材料不投產(chǎn)，不合格的半成品不往下道工序送，不合格的成品堅(jiān)決不出廠”。這些不厭其繁的質(zhì)量把關(guān)程序，與當(dāng)年供奉御藥時(shí)的要求是一脈相承的?，F(xiàn)在同仁堂始終堅(jiān)持不合格的原材料不投產(chǎn)，不合格的產(chǎn)品不往下道工序轉(zhuǎn)，不合格的成品堅(jiān)決不出廠。

中藥行里有句行話——“丸散膏丹，神仙難辨”，意思是藥材一旦被制成了丸散膏丹，就很難檢驗(yàn)了?，F(xiàn)在同仁堂經(jīng)過長(zhǎng)期的科技攻關(guān)，已經(jīng)能夠采用現(xiàn)代檢測(cè)儀器對(duì)藥材和成藥進(jìn)行分析檢驗(yàn)了。在同仁堂的檢驗(yàn)室里可以看到氣相色譜儀、液相色譜儀等現(xiàn)代化的儀器，即使有氣味、帶水分的原料，也會(huì)在這些現(xiàn)代化儀器的監(jiān)測(cè)下露出真容。在同仁堂先進(jìn)的生產(chǎn)線上，還安置有在線檢測(cè)設(shè)備，可以在生產(chǎn)過程中進(jìn)行質(zhì)量控制。因此，也就不會(huì)出現(xiàn)樂達(dá)義吃到嘴里才發(fā)現(xiàn)藥丸有渣的情況了。當(dāng)然，由于中藥的特殊性，現(xiàn)在有些特殊工序，如某些藥材的真?zhèn)?、炮制的火候等，仍然需要用人的?jīng)驗(yàn)進(jìn)行鑒別。因此，同仁堂一是充分發(fā)揮專家和老技工的作用，二是注重對(duì)年輕一代的傳幫帶，同時(shí)不斷研究用現(xiàn)代科學(xué)技術(shù)手段來替代人的感官鑒定。同仁堂各子公司都按照ＧＭＰ的要求，建立起了設(shè)施完備的化驗(yàn)室和專職質(zhì)量檢查隊(duì)伍。雖說“丸散膏丹，神仙難辨”，但掌握了現(xiàn)代科學(xué)技術(shù)的質(zhì)量檢查人員，猶如有了“火眼金睛”，他們比神仙可高明多了。

在門市上，同樣有嚴(yán)密的規(guī)章制度，保證顧客的利益。凡是在門市上出售的飲片，必需在購(gòu)進(jìn)后進(jìn)行二次加工，去除雜質(zhì)后方能上柜銷售。因此，同仁堂銷售的飲片質(zhì)量更高。對(duì)于名貴藥材，如人參、鹿茸、牛黃等，在收購(gòu)時(shí)要由經(jīng)驗(yàn)豐富的中藥鑒別專家把關(guān)。藥品一經(jīng)購(gòu)入，要由專人進(jìn)行加工、分級(jí)，如人參就要分為七個(gè)等級(jí)。在門市上出售的五級(jí)以上的參，還要附上本品的照片及專家鑒定書。藥店在抓方取藥過程中，還采取了算方、抓藥、核方、遞藥“四簽字”和姓名與人、雙方的牌號(hào)、藥與方、有配伍禁忌、付款與收據(jù)是否相符的“五對(duì)號(hào)”。這些行之有效的制度，在執(zhí)行了ＧＳＰ（即《藥品經(jīng)營(yíng)質(zhì)量管理規(guī)范》）之后，得到了更好的貫徹執(zhí)行。

同仁堂集團(tuán)對(duì)質(zhì)量的監(jiān)督管理，有一整套嚴(yán)密完整的制度，其中有些還是同仁堂的創(chuàng)新。例如同仁堂集團(tuán)實(shí)行了“質(zhì)量派出制度”，下一級(jí)的質(zhì)量管理人員均由上一級(jí)質(zhì)量管理機(jī)構(gòu)聘任后派出。他同時(shí)對(duì)本單位和上級(jí)質(zhì)量管理機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)，叫作“一崗雙責(zé)”。這樣就充分體現(xiàn)了母公司對(duì)子公司的質(zhì)量監(jiān)管權(quán)。這個(gè)創(chuàng)新做法得到了上級(jí)的肯定。

澳大利亞藥品管理局（ＴＧＡ）首次對(duì)同仁堂股份公司下屬四個(gè)企業(yè)的八條生產(chǎn)線進(jìn)行了三天的考察認(rèn)證，就一次性全部通過。澳大利亞衛(wèi)生部藥品管理局局長(zhǎng)斯雷特爾先生還專程飛到中國(guó)，親自向同仁堂頒發(fā)了認(rèn)證證書，并且對(duì)同仁堂在藥品生產(chǎn)各方面的先進(jìn)管理給予了充分的肯定。