1382年，方孝孺經(jīng)人舉薦應(yīng)征至京，正式引起朝廷的注意。朱元璋喜他學(xué)問博洽，品行又端莊，卻沒有給他安排什么職位，只把他禮送還鄉(xiāng)。后來因仇家構(gòu)陷，方孝孺被系于京，朱元璋在名單上看到，一筆就把他的名字給勾掉了，讓他回鄉(xiāng)繼續(xù)讀書。1392年，方孝孺又被薦召至京，此時的方孝孺已文名滿天下，史傳稱時人評價他的文章“醇深雄邁”，“每一篇出，海內(nèi)爭相傳誦”。這一回朱元璋給他安排了漢中府教授的一個閑職。朱元璋這么做倒并不是真的要把方孝孺給雪藏起來，朝中局勢叵測多變，他不希望看到這個性子耿直的年輕人一不小心卷入漩渦稀里糊涂掉了腦袋。朱氏江山要傳之久遠(yuǎn)，總得有些得力的臣子才行。到了漢中，方孝孺在教授這個職位上卻干得很用心，與當(dāng)?shù)刂T生講學(xué)不倦，言必稱“道德”；封地在成都的蜀獻(xiàn)王為其名聲所動，禮聘其為世子師，還尊之以殊禮，把方孝孺的讀書處名為“正學(xué)”，方孝孺“正學(xué)先生”的大號就是這么來的。

1398年建文帝即位，即把在士林中已然聲名卓著的方孝孺召為翰林侍講，第二年遷侍講學(xué)士，國家大政也經(jīng)常聽取他的意見。建文帝好讀書，每有疑難，就召來方孝孺講解。大臣臨朝奏事，每有決定不下的，就召方孝孺協(xié)助批答。舉凡修纂《太祖實(shí)錄》、《類要》諸書，方孝孺皆為總裁，可見圣眷之隆。燕王舉兵南犯，朝廷決定北上征討，所有詔檄也都出自方孝孺之手。

1401年，燕兵攻掠大名時，方孝孺曾向建文帝建議，可急令遼東諸將入山海關(guān)攻永平，真定諸將渡盧溝搗北平，趁燕兵回救可以大破之。到了第二年五月，燕兵即將過長江，建文帝身邊已無兵可調(diào)，他建議以割地的許諾來換得喘息的機(jī)會，等到四方勤王的兵馬到達(dá)，再與北軍在長江上作一決戰(zhàn)，雖是書生論兵，倒也切中關(guān)節(jié)。

當(dāng)燕兵掠沛縣，燒糧船，中原空虛之時，方孝孺深以為憂，無奈之下，他秘密寫信給燕王世子朱高熾，想離間朱棣父子，孰料朱高熾收到信后不啟封，直接送到了朱棣面前，使得這一計(jì)謀流產(chǎn)了。但后來許多史家認(rèn)為這一說法太不靠譜，臨陣對壘，哪有笨到想靠離間父子關(guān)系僥幸取勝的？張履祥在一份備忘錄中稱，方給世子寫信，本意是勸他以至誠感動其父退兵，終守臣節(jié)，使父子俱得保全，而不是要離間他們父子感情。

北軍渡江時，有大臣勸建文帝突圍出城，以圖他日再興，方孝孺則堅(jiān)持應(yīng)該固守京城以待援兵，“即事不濟(jì)，當(dāng)死社稷”。六月乙丑，金川門被李景隆和谷王指揮人打開，北軍蜂擁而入。是日，方孝孺被執(zhí)下獄。

朱棣記著當(dāng)日離開北平時姚廣孝的話，想讓方替他起草登基的詔書。要知道，起草新皇登基的詔書對一個文臣來說可是至高的榮譽(yù)，朱棣認(rèn)為，方孝孺沒有理由，也不應(yīng)該拒絕。朱棣派了方孝孺的兩個學(xué)生廖鏞、廖銘去獄中勸說，方破口大罵：虧你們跟我學(xué)了這么多年，連最基本的道義和是非都不懂嗎？