在皇帝授意下，經(jīng)一班文臣的遮掩粉飾，正統(tǒng)的官方歷史把這場(chǎng)政變?nèi)缡菙⑹觯汉槲淙迥炅拢ㄕ?qǐng)注意年代的表述方式），靖難的軍隊(duì)打到了南京金川門(mén)外，“建文君欲出迎，左右悉散，惟內(nèi)侍數(shù)人而已，乃嘆曰，‘我何面目相見(jiàn)耶！’遂闔宮自焚”。稱(chēng)“建文君”而不稱(chēng)建文帝，暗示他不是合法的皇位繼承人，又說(shuō)他因無(wú)臉見(jiàn)人，慚愧而自殺，御用史家的春秋筆法顯露無(wú)遺了。在他們的筆下，“今上”的姿態(tài)則要高得多，他摒棄前嫌，即命太監(jiān)前往援救，施救不及，太監(jiān)只好把“建文君”尸體從火中找出來(lái)，報(bào)告燕王，燕王哭著說(shuō)：果然如此癡呆？我來(lái)是為了幫助你做好皇帝，你竟渾然不覺(jué)，走上了絕路！

這假惺惺的眼淚能蒙世人一時(shí)，血的事實(shí)卻任誰(shuí)也掩飾不了。城破后，建文帝的幾個(gè)弟弟無(wú)一幸免，小兒子圭甫，當(dāng)時(shí)只有兩歲，朱棣派人把他幽禁到安徽鳳陽(yáng)老家，直到三世以后明英宗時(shí)，這個(gè)廢皇子才重新得見(jiàn)天日，那時(shí)他已五十有七，智力水平卻像個(gè)孩子一樣，連大街上在走的牛馬都分不清楚。此是后話(huà)不提。

對(duì)一班主張削藩的儒生，朱棣更是恨之入骨，大兵一入南京城，就“大索齊泰、黃子澄、方孝孺等五十余人，榜其姓名曰奸臣”，對(duì)他們展開(kāi)了毫不手軟的屠殺，這些人多遭族誅，株連甚廣，人稱(chēng)“瓜蔓抄”。南京陷落時(shí)，齊泰正出外募兵徒勞而返，為了不讓燕王認(rèn)出，他就把騎著的白馬用墨涂黑，馬跑得大汗淋漓，涂上去的墨汁全都洗掉了，有認(rèn)得他的馬的大叫，這是齊尚書(shū)的馬！于是被燕兵逮住，押往京城處斬，他的從兄弟敬宗等皆坐死，叔時(shí)永、陽(yáng)彥等謫戍，才六歲的兒子免死為奴。黃子澄還想圖謀起事，被人告發(fā)抓住后，朱棣親自審問(wèn)，不屈，被磔死。族人無(wú)論年少年長(zhǎng)全都問(wèn)斬，姻親全都發(fā)配戍邊。

而至為酷烈的，莫過(guò)于方孝孺因不肯為朱棣撰即位詔，“夷十族”，誅殺八百七十三人。

朱棣兵發(fā)北平時(shí)，姚廣孝特地以方孝孺為托。他對(duì)朱棣說(shuō)，南京城破之日，方孝孺一定不肯降服，不管如何千萬(wàn)別殺他，“殺孝孺，天下讀書(shū)種子絕矣”。朱棣答應(yīng)了他。

一向目無(wú)余子的姚廣孝如此垂目的方孝孺，可說(shuō)是明初知識(shí)界的一面旗幟，以道德學(xué)問(wèn)著稱(chēng)于世。方孝孺是開(kāi)國(guó)儒臣、大學(xué)問(wèn)家宋濂的學(xué)生，“幼警敏，雙眸炯炯”，手不釋卷的他童年時(shí)就被鄉(xiāng)人目為“小韓子”。日后成為建文朝典章制度執(zhí)筆者的他，年輕時(shí)卻自恃才華看不起文章事業(yè)，認(rèn)為那只是雕蟲(chóng)小技，他真正的志向是輔佐明主成就一番事業(yè)。早年在臺(tái)州府寧?？h鄉(xiāng)下的時(shí)候，他生了病，家里又?jǐn)嗔思Z，他卻不以為憂(yōu)，那副安貧樂(lè)道的樣子讓周?chē)硕加X(jué)得此人真是不可理喻。如同他的名字所透露出來(lái)的氣息，方孝孺最早是以一個(gè)孝子的形象出現(xiàn)在世人面前。1376年秋天，他的父親、曾任濟(jì)寧知府的方克勤因“空印案”株連死在北京，他一路扶櫬南歸，哀慟于路，曾引得許多同樣身受冤屈而又不得放言的人們?yōu)橹粸⑼橹疁I。