一九○六年十一月六日，清廷發(fā)布中央各衙門官制上諭。

上諭基本上采納了之前端方在官制改革的奏折中提出的方案。

軍機處仍為“行政總匯”，各部尚書作為參與政務大臣“輪班值日，聽候招對”；外務部、吏部不變；巡警部改為民政部；戶部改為度支部；太常、光祿、鴻臚三寺并入禮部；練兵處和太仆寺并入兵部，兵部改為陸軍部，增設海軍部和軍咨府，未設之前統(tǒng)歸陸軍部辦理；刑部改為專任司法的法部，大理寺改為專掌審判的大理院；工部與商部合并為農(nóng)工商部；增設專管輪船、鐵路、電信、郵政事務的郵傳部。各部官員“均設尚書一員、侍郎二員，不分滿漢”。其余內(nèi)閣、宗人府、翰林院、內(nèi)務府、順天府等均“毋庸更改”。上諭最后特別要求：“所有新簡及原派各大臣責無旁貸，惟當顧名思義，協(xié)力同心，盡去偏私，真任勞怨，務使志無不通，政無不舉，庶幾他日頒行憲法，成效可期?！?/p>

上諭發(fā)布的第二天，新任各部大臣的名單公布了：

外務部尚書瞿鴻禨（原任）

吏部尚書鹿傳霖（原任）

民政部尚書徐世昌（原任巡警部尚書）

度支部尚書溥颋（宗室）

禮部尚書溥良（宗室）

學部尚書榮慶（蒙族）

陸軍部尚書鐵良（滿族）

法部尚書戴鴻慈

農(nóng)工商部尚書載振（皇族）

郵傳部尚書張百熙

理藩部尚書壽耆（宗室）

大理院正卿沈家本

按照清朝舊制，政府各部均設滿漢尚書兩人。現(xiàn)在號稱滿漢不分，結(jié)果十二個政府部別中，漢官六人，滿蒙貴族六人。但是，外務部尚書瞿鴻禨雖是漢人，但上面有總理大臣奕劻和會辦大臣那桐，瞿鴻禨不能算是該部的實權主管。于是，滿漢比例實際上是六比五。且軍務、財政等最為重要的部門，權力都掌握在滿人手中。特別是陸軍部由鐵良把持，這就意味著連同袁世凱的北洋新軍在內(nèi)，鐵良將統(tǒng)轄全國的新軍。

有評論說，所謂中央集權，實際上就是軍權和財權集中在滿人手中。

這份名單不但導致了統(tǒng)治集團內(nèi)部的滿漢紛爭立即顯現(xiàn)，而且讓國內(nèi)以民族資本家張謇為代表的立憲派們大為失望。他們認為，官制改革并沒有實質(zhì)性的內(nèi)容，反而暴露了朝廷預備立憲的虛偽。

實際上，官制改革中的矛盾是滿漢交錯的。

滿族大臣奕劻始終支持袁世凱，而向慈禧太后打小報告的卻是漢大臣瞿鴻禨。毫無疑問的是，除奕劻之外，滿族大吏們之所以對袁世凱心懷戒備，并不僅僅因為他是一個漢大臣，而是他手中日益擴大的軍權。

官制改革會議結(jié)束后不久，朝廷突然宣布在河南彰德舉行南北大會操。所謂“大會操”，就是“大比武”的意思。北軍指定的是袁世凱的北洋新軍第三鎮(zhèn)，南軍指定的是張之洞的湖北新軍第八鎮(zhèn)。選擇這兩支部隊比武，是瞿鴻禨的主意。而更讓袁世凱感到不妙的是，具有裁判權的閱兵大臣，是對他疑忌最大的滿族大臣鐵良和良弼。果然，比武的結(jié)果是袁世凱輸給了張之洞。緊接著，就有御史參奏袁世凱，說他擁兵自重。袁世凱知道，慈禧太后并不知道內(nèi)幕，這全是皇親國戚們搞的鬼。自己積極呼吁官制改革，改革的內(nèi)容之一就是減少官員的兼職，現(xiàn)在皇親國戚們顯然是有意讓他交出軍權。與皇親國戚抗拒？沒那個力量，也不到那個時候。把苦心經(jīng)營多年的軍權交出去？心血白費不說，于心何甘？思來想去，袁世凱決定把北洋新軍第一、第三、第五、第六共四個鎮(zhèn)交給鐵良掌控的陸軍部直接管轄，然后借口現(xiàn)在外國軍隊還沒有從京城周邊撤離完畢，奏請駐防山海關的第二鎮(zhèn)和駐防天津的第四鎮(zhèn)仍歸自己指揮，以有效保衛(wèi)京畿的安全。袁世凱的奏折剛呈遞上去，朝廷立即委派滿族將軍鳳山接管了北洋四鎮(zhèn)的指揮權。

這是袁世凱升任直隸總督以來遭受的第一次嚴重挫折。

他從身兼十一職，即直隸總督兼北洋大臣、兼管長蘆鹽政、督辦關內(nèi)外鐵路、參預政務大臣、督辦商務大臣并會議各國商約、督辦蘆漢鐵路公司事宜、督練八旗兵丁、督修正陽門工程、督辦電政大臣、會訂商律大臣、會辦練兵大臣，一下子只剩下直隸總督和北洋大臣兩個官職了。其實，即使袁世凱才略非比尋常，也很難想象他能一人勝任十一種責任莫大之職。

在官制改革中，中了瞿鴻禨暗算的奕劻，以及被滿族貴族合力排擠的袁世凱，成了最大的輸家。

接著，地方官制改革開始了。