章太炎憤怒之下，發(fā)表《偽民報(bào)檢舉狀》，而陶成章也作《布告同志書(shū)》一冊(cè)，兩人合力痛斥孫中山“乾沒(méi)巨款”、“借革命為新騙術(shù)”，“直言孫文種種之非”；最后，他們干脆公然與同盟會(huì)分裂并在東京恢復(fù)了光復(fù)會(huì)的名號(hào)。在一邊看熱鬧的?；逝蓚兇髽?lè)，也紛紛大事鼓噪，借以打擊革命氣焰。作為反擊，革命黨則將章太炎致劉師培賣(mài)身求助的信函加以公布。原來(lái)，章太炎在想去印度當(dāng)和尚期間，苦于缺乏經(jīng)費(fèi)，便向已投靠?jī)山偠蕉朔降母锩坝褎熍鄬?xiě)信，提請(qǐng)端方資助，但事未辦成反遭革命黨登報(bào)譏諷，于是章太炎與革命陣營(yíng)也就愈走愈遠(yuǎn)。

清帝退位后，革命大功告成，章太炎公開(kāi)聲稱(chēng)“革命軍起，革命黨消”，要求將原來(lái)秘密的革命黨組織改為合法組織，開(kāi)展公開(kāi)的政治活動(dòng)。1912年后，在“革命黨消”的呼聲中，一場(chǎng)熱火朝天的組黨運(yùn)動(dòng)也開(kāi)始在全國(guó)各大城市相繼上演，并在1913年國(guó)會(huì)選舉前形成高潮。

作為當(dāng)時(shí)的風(fēng)頭人物，章太炎成為了民初組黨運(yùn)動(dòng)的急先鋒。1912年1月3日，章太炎聯(lián)合江蘇都督程德全成立了中華民國(guó)聯(lián)合會(huì)，章太炎自任會(huì)長(zhǎng)，程德全為副，原清末立憲派中的名流張謇、熊希齡、唐文治等人都成為了會(huì)中骨干。不久，章太炎的同道、光復(fù)會(huì)領(lǐng)袖陶成章被陳其美派人刺死，章太炎將中華民國(guó)聯(lián)合會(huì)改組為統(tǒng)一黨，并更加激烈地指責(zé)和斥罵同盟會(huì)。在他看來(lái)，同盟會(huì)是一個(gè)有嚴(yán)重暴力傾向的組織，這些人置國(guó)家利益與民族大義于不顧，在和議已成的情況下還想繼續(xù)搗亂（革命），倘若這些人僥幸獲得了國(guó)家政權(quán)，必定要排斥異己，血流成河，搞一黨專(zhuān)制無(wú)疑。

章太炎甚至在自己的談話(huà)和通信中直言不諱地指出，他另搞其他政黨就是針對(duì)同盟會(huì)的，而這一時(shí)期他指責(zé)孫中山乃至公開(kāi)謾罵黃興、陳其美等人是“土匪”，也幾乎是家常便飯、張口就來(lái)。在“漢冶萍借款”、“遷都”、“善后大借款”等問(wèn)題上，章太炎處處與孫中山等人為難。對(duì)于章太炎的倒戈反向，同盟會(huì)的人也憤而反擊，他們?cè)趫?bào)紙上大罵章太炎是個(gè)“瘋子”，并放出流言說(shuō)章太炎要拿槍打國(guó)務(wù)總理唐紹儀，他才具有嚴(yán)重的暴力傾向。

說(shuō)到“瘋”字，章太炎確實(shí)有間歇性的癲癇癥狀，但被人稱(chēng)為“章瘋子”，則是因?yàn)槠渖较矚g特立獨(dú)行，好做驚人之語(yǔ)。對(duì)于這個(gè)綽號(hào)，章太炎非但不以為忤，反希望他的同志朋友都能帶點(diǎn)神經(jīng)病。他曾在東京發(fā)表演說(shuō)：“大凡非常的議論，不是神經(jīng)病的人斷不能想，就能想亦不能說(shuō)，遇著艱難困苦的時(shí)候，不是精神病的人斷不能百折不回，孤行己意。所以古來(lái)有大學(xué)問(wèn)成大事業(yè)的，必得有神經(jīng)病，才能做到。為這緣故，兄弟承認(rèn)自己有精神病，也愿諸位同志人人個(gè)個(gè)都有一兩分精神病。近來(lái)傳說(shuō)某某有精神病，某某也有精神病，兄弟看來(lái)，不怕有精神病，只怕富貴利祿當(dāng)面出現(xiàn)的時(shí)候，那精神病立刻好了，這才是要不得呢！”

《宋書(shū)?袁粲傳》中說(shuō)：“昔有一國(guó)，國(guó)中一水，號(hào)曰‘狂泉’。國(guó)人飲此水，無(wú)不狂；唯國(guó)君穿井而汲，獨(dú)得無(wú)恙。國(guó)人既并狂，反謂國(guó)王之不狂為狂。于是聚謀，共執(zhí)國(guó)主，療其狂疾，火艾針?biāo)?，莫不畢具。?guó)主不任其苦，于是到泉所，酌水飲之，飲畢便狂。君臣大小，其狂若一，眾乃歡然?！闭f(shuō)的大概就是這個(gè)意思。

魯迅也曾在他的文章中回憶說(shuō)，民國(guó)元年，章太炎先生在京期間好發(fā)議論，而且毫無(wú)顧忌地褒貶他人，常常被貶的一群人便給他起了個(gè)綽號(hào)，曰“章瘋子”，其人即是瘋子，議論當(dāng)然是瘋話(huà)，是沒(méi)有價(jià)值的人。但每有言論，也仍在他們的報(bào)章上發(fā)表，不過(guò)題目特別，道“章瘋子大發(fā)其瘋”。有一回，他可是罵到他們的反對(duì)黨頭上去了，第二天報(bào)上報(bào)道時(shí)，那題目卻成了：“章瘋子居然不瘋！”

章太炎的“瘋”，還影響到他的婚姻。章太炎早年曾發(fā)過(guò)癲癇病，加上滿(mǎn)嘴的反動(dòng)言論，當(dāng)?shù)厝藷o(wú)人敢將女兒嫁給他，沒(méi)辦法，他母親只好將自己的陪嫁丫頭王氏許配給了他。這種婚姻，按當(dāng)時(shí)習(xí)俗不能算正式婚儀而只能算“納妾”，王氏為章太炎生了三個(gè)子女后在1903年不幸去世。在之后的十年間，章太炎為革命而奔波流亡，一直未娶。