在那篇文章中，章太炎劈頭罵道：“載湉小丑，不辨菽麥”，非但把康梁等人借以自重的光緒皇帝掀倒在地，也將清廷的威嚴(yán)一掃而空，令當(dāng)權(quán)派極為惱怒，最后向租界當(dāng)局施加了強大的壓力，必欲去之而后快。章太炎在得知了抓捕的消息后，卻效仿譚嗣同，說清廷要抓我，已經(jīng)不是第一次了，革命就要流血，怕什么！巡捕來了，他迎上去，說：“我就是章炳麟，抓我！”租界當(dāng)局最后判了章炳麟三年、鄒容兩年的拘禁。要說起來，章太炎服了三年的苦刑也還合算，因為清廷的損失更大，一個大逆不道的罪犯居然只判了三年囚禁，王朝的尊嚴(yán)何以為堪？在專制時代，皇權(quán)是神圣而不容侵犯的，一旦撤下這遮羞布，那就沒有什么神圣可言了。

后來，鄒容因病先死，章太炎頗為悲痛，寫詩悼念道：“鄒容吾小弟，被發(fā)下瀛洲?？祠宓冻p，干牛肉作糇。英雄一入獄，天地亦悲秋。臨命須摻手，乾坤只兩頭?！?906年6月，章太炎光榮出獄，隨即東渡日本找到革命組織，并當(dāng)上了《民報》的主編。

章太炎與孫中山的關(guān)系原本是不錯的，1902年他到日本的時候，孫中山曾將橫濱幾十名義士召集起來為章太炎接風(fēng)洗塵，極其器重。在這次聚會上，章太炎自稱喝了七十余杯而不醉，興致之高，可見一斑。在接任《民報》主編的這段時期里，章太炎除了腦病發(fā)作改由張繼、陶成章編輯三期外，其余各期的所有編務(wù)和發(fā)行，都是由他一人擔(dān)當(dāng)?shù)摹?/p>

章太炎的才氣與性格，決定了他與任何人都不能相處太久。1907年3月，日本政府在清廷的壓力下，贈送孫中山5000元促其離境，日商鈴木久五郎也向其饋贈了一萬元。孫中山接受了這兩筆錢之后，也沒有和同盟會本部商議，便留下2000元做《民報》的經(jīng)費，然后帶著胡漢民和汪精衛(wèi)等人離開日本，去西南邊境搞革命去了。

章太炎在得知孫中山得了兩筆款子卻只給《民報》留了2000元后，立刻嚷嚷了起來，同盟會本部也炸開了鍋，革命義士們一個個拍桌摔凳。張繼說：“走就走嘛，你要人家的錢干什么！真是丟人！”劉師培則罵道：“孫文受賄！”章太炎更是火氣沖天，他上前一把撕下孫中山的相片，然后批上了“賣《民報》之孫文應(yīng)即撤去”數(shù)字。這還不解氣，他以為孫中山在同盟會香港分會，于是又將批了字的相片寄到香港，以示羞辱。

在同盟會東京本部鬧成一團的時候，孫中山卻在西南地區(qū)連續(xù)策動了三次起義，但都以失敗而告終。消息傳到東京后，“反孫”聲浪更是進一步高漲，張繼、章太炎、劉師培、譚人鳳等人紛紛要求主持同盟會本部工作的劉揆一召開大會，罷免孫中山的總理職務(wù)，改選黃興繼任。張繼等人聲稱：“革命之前，必先革革命黨之命。”劉揆一不同意這些人的意見，于是張繼便和劉揆一互相扭打起來；章太炎則意氣用事，他以明碼電報泄露孫中山購買槍彈準(zhǔn)備武裝起義的軍事秘密，以至于起義無法發(fā)動。章太炎的理由是，以日本奸商所賣的窳劣武器發(fā)動起義，無異于讓革命義士白白送命。

在與革命同道們鬧翻后，章太炎一度萌生去印度做和尚的念頭。1908年4月27日的廣州《國民報》上，革命同志給章太炎編了一則名叫《章炳麟出家》的活劇曲借以勸誡：“（同志掃板唱）章炳麟拋卻了、平生抱負(fù)；（慢板）眼見得漢人中、少個幫扶；披袈裟，坐蒲團，不顧宗祖；縱不念、眾同胞，該念妻孥；況且是、我支那，蹉跎國步。望同志，抱熱心，休作浮屠。”

“（章炳麟中板唱）……除卻了三千苦惱，逼著我請個高僧來到東京披剃頭毛。我非是、主持厭世遁入空門愛棲凈土，我國人莫予肯服故把禪逃，從今后理亂不聞興亡不顧，入沙門、參佛祖做貝葉工夫?！?/p>

1908年10月，《民報》（第二十四號）被日本政府封禁，章太炎因為支撐《民報》事務(wù)而費盡心機，吃盡苦頭，加上與黃興、宋教仁不合，于是憤而辭去社長一職，并“聲稱不再與聞《民報》之事”。一年后，汪精衛(wèi)來東京恢復(fù)《民報》，原編委陶成章、章太炎被排除在外，這下又激起了更大的風(fēng)波。