根據(jù)中國政府的要求，三門峽大壩工程由蘇聯(lián)的伯克夫主持設(shè)計，大壩代號“360”。動工之前的1957年4月，中國政府水利部在北京邀請了70位中國專家、教授參加了設(shè)計方案論證會議。在邀請者中，清華水利系的張光斗與黃萬里這兩位30年代自美國學(xué)成歸國的水利專家均榜上有名（張光斗，1935年赴美留學(xué)，先后獲美國伯克利加利福尼亞大學(xué)水利工程學(xué)碩士、哈佛大學(xué)土木工程學(xué)碩士學(xué)位，后中斷博士學(xué)位學(xué)業(yè)于1937年歸國；黃萬里，黃炎培之子，1934年赴美留學(xué)，先后讀過三所大學(xué)，分別獲碩士與博士學(xué)位。是伊利諾伊大學(xué)的第七個博士，也是中國第一個水利工程學(xué)博士，1937年歸國）。據(jù)說這是一個“務(wù)虛”的會議，論證進行了7天。當(dāng)時主持設(shè)計的蘇聯(lián)專家伯克夫與負責(zé)這一項目的中國各級官員以及絕大多數(shù)專家認為，通過綠化，黃河流域水土保持能很快生效，上游進入三門峽的泥沙能很快減少，因此可用三門峽的高壩大庫全部攔蓄泥沙。大壩蓄水后，經(jīng)過沉淀變清，然后用下泄清水來刷深黃河下游的河床，從而把黃河一勞永逸地變成地下河——這一思路導(dǎo)致了三門峽工程規(guī)劃沒有設(shè)計泄流排沙的孔洞（后設(shè)計，但在施工中又被封死）。在當(dāng)時的政治環(huán)境下，參加論證的70位專家，絕大多數(shù)人對在三門峽建壩攔沙于上游，壩下不設(shè)排沙孔洞這一方案，或真心或違心或別有用心地表示擁護。只有“不知天高地厚”的清華教授黃萬里和一個大學(xué)畢業(yè)不久、名叫溫善章的小技術(shù)員，對大壩工程提出反對意見。據(jù)說黃萬里在七天會期中，單槍匹馬，舌戰(zhàn)群儒，和蘇聯(lián)專家、中國專家展開激烈論戰(zhàn)。按黃的說法：“三門峽大壩建成后，黃河潼關(guān)以上流域會被淤積，并不斷向上游發(fā)展，到時候不但不能發(fā)電，還要淹掉大片土地；同時，黃萬里對舉國上下大喊大叫的‘圣人出，黃河清’的說法甚為不屑，認為‘黃河清’只是一個虛幻的政治思想，在科學(xué)上是根本不可能實現(xiàn)的。而贊成這種說法的官員、專家，實出于政治阿諛而缺乏起碼的科學(xué)精神。黃河水流必然挾帶一定泥沙的科學(xué)原理不能違背，即是從水庫流出的清水，由于沖刷力要比挾帶泥沙的濁水強大，將猛烈沖刷河床，必然使黃河大堤成片崩塌，清水也必將重新變成濁水”云云。

不久，黃萬里在校內(nèi)報紙《新清華》上，以小說的形式發(fā)表了《花叢小語》。文章批評北京新修的道路反漿，公共汽車停駛，要是在美國，市長早干不成了，等等。又從“文人多無骨”引伸到當(dāng)年黃河三門峽工程的論證。其中一段說，“你看章×原來有他自己一套治理黃河的意見，等到三門峽計劃一出來，他立刻敏捷地放棄己見，大大歌頌一番。并且附和著說‘圣人出而黃河清’從此下流河治” 云云。

很快，清華校方把黃氏“大作”《小語》上報毛澤東，毛看后隨即加上“什么話”按語在6月19日的《人民日報》上刊出。同時，毛澤東還針對黃的文章說：“有這么一些中國人，說美國一切都好，月亮也比中國的圓?！保ㄔ褗^《江河萬里》，載《清華園隨筆》，清華大學(xué)出版社2004年出版。以下引文同）黃的文章立即成了反黨、反蘇、反社會主義的“鐵證”，黃萬里被打成“右派”，下放農(nóng)場接受勞動改造。后來黃萬里曾對人說：“我的右派帽子是毛主席‘欽定’的，逃也逃不了?！?/p>

當(dāng)1937年黃萬里從美國學(xué)成歸來時，途經(jīng)橫濱暫泊，偶遇在日本學(xué)醫(yī)的丁玉雋小姐，二人一見鐘情，同船歸國后即在廬山舉行了婚禮。丁玉雋的父親乃國民黨元老丁惟汾，第一次國共合作時期，丁任組織部長，毛澤東任宣傳部長，二人同為黨國大員，且頗為友善。而黃炎培則是教育界名宿，國共合作時期亦擔(dān)任政府要職，因而黃、丁二位名門子女的廬山之戀，曾轟動一時，給世人留下了難以忘懷的印象。事隔22年之后的1959年，毛澤東在廬山與彭德懷展開政治決戰(zhàn)，他在批彭時說了“你彭德懷和黃萬里一樣腦后長著一塊反骨”等語。