坐上臺大校長交椅的傅斯年，再度“聊發(fā)少年狂”，施展出當(dāng)年敢打硬沖，“凡事先騎上虎背”的本領(lǐng)，對臺大積習(xí)實實在在地來了一番大刀闊斧的改造，不論是通過誰的條子和門路，后臺有多硬，凡不合學(xué)術(shù)水準(zhǔn)，濫竽充數(shù)的教授，全部驅(qū)逐出校門。校內(nèi)職員，特別是原“帝大”時遺留的醫(yī)務(wù)人員，凡無醫(yī)療常識，不知救死扶傷為何事，只想自己的薪水待遇者，一律解聘。未出幾個月，傅斯年掄圓了手中的權(quán)力之刀，如同切西瓜一樣“稀里咔嚓”，將七十余名不合格教授與職工切掉，趕出校園。自此，臺大面貌為之一新，形成了一個蓬勃向上的局面。許多年后，無論是傅的追捧者還是被趕走的對立面，在回憶這段往事之際，都不得不承認，假如沒有傅斯年，臺灣大學(xué)在那樣動蕩的時局中，想要在短時間中迅速崛起，奠定一個現(xiàn)代大學(xué)的基礎(chǔ)，確是難以想象和不可能的。據(jù)陳雪屏回憶，傅赴臺時健康情形已很是令人擔(dān)憂，“但他一方面心憂大局，同時銳志要把臺大建設(shè)成一個夠世界水準(zhǔn)的學(xué)府，殫精竭慮，竟無一刻的輕松”。[7]也正由于世事紛亂與勞累過度，導(dǎo)致傅斯年英年早逝。

傅在臺大的改革使一部分人為之叫好歡呼的同時，自然觸及了許多權(quán)貴者的利益，令對方極為不快和惱怒。當(dāng)時臺大師生反對國民黨腐敗無能，以權(quán)謀私等令人激憤的丑行，學(xué)潮一浪高過一浪，而傅的對立面借學(xué)潮運動趁機發(fā)難。有國民黨政客在報紙上發(fā)表致傅斯年的公開信，指責(zé)臺灣大學(xué)優(yōu)容共產(chǎn)黨，并指名道姓地說法學(xué)院院長薩孟武“參共親共”，某某院長、系主任是“共產(chǎn)黨分子或參共分子，他們把持院系，排除異己”，把各院系變成培植親共勢力的溫床等，企圖置傅氏于不忠、不孝、不仁、不義的絕地。

傅斯年對臺大師生特別是臺灣一幫鬧獨立的土著反蔣倒蔣活動一直深惡痛絕，對學(xué)生中有真憑實據(jù)的共產(chǎn)黨員亦不寬容，每有發(fā)現(xiàn)均嚴(yán)懲不貸，其態(tài)度與他處理西南聯(lián)大學(xué)潮時并無二致，曾不止一次地喊出了“讓布爾什維克滾出臺大！”的響亮口號。但他同時認為，如沒有真憑實據(jù)，當(dāng)局不能肆意進入校園在師生中搜查，更堅決反對隨意指責(zé)他人為共產(chǎn)黨。當(dāng)年西南聯(lián)大爆發(fā)學(xué)潮，并鬧出了人命，他在致俞大綵的信中謂西南聯(lián)大學(xué)潮“地方當(dāng)局荒謬絕倫，李宗黃該殺，邱清泉該殺”等便是他做人處世的主張與原則。

正是緣于這一指導(dǎo)思想，傅斯年讀了報上對臺灣大學(xué)師生的指責(zé)后，既惱又怒，毫不顧及地以“他媽的！”開罵起來，而后采取以牙還牙的戰(zhàn)略進攻態(tài)勢，在報上兩次發(fā)表措辭強硬的檄文予以反擊：“學(xué)校不兼警察任務(wù)”，“我不是警察，也不兼辦特工”，“若當(dāng)局有真憑實據(jù)說某人是共產(chǎn)黨，我將依法查辦，但是我辦理這種事，決不能含糊其辭，血口噴人”。最后聲明：“反共須有反共的立場，貪官污吏及其他既得利益階級而把事情辦壞了的，我不能引以為同志?！盵8] 傅氏聲色俱厲與咄咄逼人的態(tài)勢，令對方不得不暫時退卻，伺機而動。

機會很快到來，1949年3月底，臺灣省立師范大學(xué)與“國立臺灣大學(xué)”學(xué)生聯(lián)合鬧將起來，并且高呼中國大陸的學(xué)運口號：“反內(nèi)戰(zhàn)、反饑餓、反迫害”等，引發(fā)當(dāng)局的嚴(yán)重關(guān)切，認為臺灣校園確實受到共產(chǎn)黨的統(tǒng)戰(zhàn)與滲透，必須捉拿主謀分子，給予嚴(yán)厲懲治。臺灣省主席兼警備總司令陳誠，命令警備副總司令彭孟緝率部緝拿。4月6日，臺北大批軍警按預(yù)定計劃闖入校園欲開殺戒，傅斯年對當(dāng)局不經(jīng)法律程序的進入臺大校園內(nèi)逮捕師生表示不滿，親自找國民黨最高當(dāng)局交涉，要求逮捕臺大師生必須經(jīng)過校長批準(zhǔn)。傅對前往執(zhí)行任務(wù)的彭孟緝道：“我有一個請求，你今天晚上驅(qū)離學(xué)生時，不能流血，若有學(xué)生流血，我要跟你拼命！”彭孟緝禁于傅的氣勢，不敢造次，遂當(dāng)場保證:“若有人流血，我便自殺。”[9]未久，臺大被捕的學(xué)生多數(shù)放回，而師范學(xué)校不但近百名學(xué)生被送進監(jiān)獄，還有7名學(xué)生以反革命罪名被槍殺。事件過后，省立臺灣師大受到了停課整頓，師生重新登記并接受軍訓(xùn)、校園戒嚴(yán)等懲處。而國立臺灣大學(xué)雖受波及，但比之師大要好得多，此皆得益于傅斯年竭力庇護、斡旋之功。許多年后，臺灣師大師生還就這次事件與臺大相比，并大罵當(dāng)年的學(xué)校領(lǐng)導(dǎo)者軟弱無能，幾乎就是一文不值的臭狗屎一堆，而對傅斯年夸贊不絕。