因此，朱棣對這些歸附者仍有疑慮，例如他在進軍時就要求將士加強戒備，并指出，如果有蒙古人往東走，可能是瓦剌派往韃靼的使者；如果有蒙古人往西走，可能是韃靼派往瓦剌的使者；而明軍一旦發(fā)現(xiàn)這些人，應當予以拘留。朱棣還在大戰(zhàn)結束之后的6月9日重申各路人馬要注意遵守戰(zhàn)場紀律，在廝殺時不許與敵人說話。這是因為明軍中有大量歸附的蒙古兵，他害怕這些人與瓦剌暗通消息。

明軍在戰(zhàn)區(qū)逗留了二三日來打掃戰(zhàn)場，便沿著進軍的路線回師。當天中午撤到回流甸的時候，朱棣遣使阿魯臺，通報擊敗瓦剌的戰(zhàn)況。

6月11日，北征大軍回到三峽口，峽口山上盤踞著一批瓦剌士兵，還有數(shù)百人在雙海子出沒。明軍用火器射擊雙海子，逼使敵人撤離了該地。峽口山上的敵人見勢不妙，也撤離了。八月初一日，朱棣率軍由安定門進入北京。歸心似箭的明軍回師用了不到兩個月的時間，而進軍則用了3個多月的時間，可見回師的速度比進軍的速度要快得多。

史載，明軍與瓦剌軍作戰(zhàn)時，“殺其王子10余人，斬虜首數(shù)千級”。在戰(zhàn)爭中，戰(zhàn)死與戰(zhàn)傷的比例通常為1：3。故此可以判斷瓦剌在作戰(zhàn)中可能有過萬人死亡或者受傷。而明軍的傷亡，據(jù)《明史紀事本末》的記載，與瓦剌差不多。

到目前為止，從神機營參與的兩次北征來看，其作戰(zhàn)方式有進攻、防御、埋伏、突擊等等。這支部隊在戰(zhàn)爭中經(jīng)常首當其沖、全程使用，套用一句成語，叫做“勇冠三軍”。朱棣后來根據(jù)神機營的優(yōu)異表現(xiàn)，規(guī)定在布陣時，手持神機銃的射手一定要布置在陣營的前面，馬隊排在后面，因為前面的隊形疏散開來，便于射擊，而后面的隊形密集一些會使陣營更加堅固。這個戰(zhàn)術根據(jù)以往的作戰(zhàn)經(jīng)驗而總結出來，意味著當明軍與對手作戰(zhàn)時，將首先用神機銃發(fā)射彈丸挫敵鋒芒，然后再用騎兵沖擊。實踐證明，神機營在其后的多次北征中不負眾望，縱橫馳騁于蒼茫塞外，如入無入之境，幾乎使那里成了自由開火區(qū)。

瓦剌遭到慘敗之后，不久，向明朝遣使謝罪，表示愿意重新歸附。韃靼的阿魯臺卻利用瓦剌中衰的機會，向西發(fā)動一連串的進攻，勢力獲得了較大的發(fā)展，并開始桀驁不馴，南下威脅明邊了。而明朝則于1413年（永樂十九年）遷都北京，以南京為陪都，顯然，遷都有利于經(jīng)略蒙古。