從溝通各科的目的出發(fā)，1919年北大決定取消科別，改門為系。全校當(dāng)時共設(shè)數(shù)學(xué)、物理、化學(xué)、地質(zhì)學(xué)、哲學(xué)、中國文學(xué)、法國文學(xué)、德國文學(xué)、俄國文學(xué)、史學(xué)、經(jīng)濟、法律等14個系。學(xué)長制同時廢除，改設(shè)系主任。這樣，原屬文、理、法三科的各學(xué)系分別稱為第一、第二、第三院。第一院在沙灘漢花園，第二院在馬神廟公主府，第三院在北河沿。第一、第二、第三院只是各學(xué)系所在地區(qū)的標(biāo)志，已不是一級機構(gòu)。

蔡元培在北大進行學(xué)制方面的第三個重大改革是改年級制為選科制。

改制之前，北大實行的是日本的年級制，一學(xué)年要學(xué)習(xí)若干課程，都是必修課。這種年級制之流弊，使銳進者無可見長；而留級者每因幾門課程之不及格，須全部復(fù)習(xí)，興味毫無，遂有在教室中瞌睡，偷閱他書及時時曠課之弊，而其弊又傳染于同學(xué)。而且年級制太束縛學(xué)生的思想，不能讓學(xué)生發(fā)展個性、自由地鉆研其心向之學(xué)科，不符合學(xué)術(shù)自由、思想自由的原則。早在1917年10月，蔡元培在教育部召集的在京各高校代表會議上就提出廢除年級制，采取選科制議案，并決定由北大試行。1919年暑假后，隨著文理科教務(wù)處的設(shè)立、廢門改系，文理科各系陸續(xù)地改年級制為選科制。

選科制仿美國辦法，大學(xué)生在必修一定數(shù)量的課程之外，同時可以自由選修一定數(shù)量的其他課程，這些課程可以是本系開設(shè)的，也可以是其他相關(guān)系開設(shè)的。北大的選科制是和實施單位制（即后來的學(xué)分制）相聯(lián)系的。當(dāng)時北大本科生必須修完80個單位方可畢業(yè)（按每周1學(xué)時，學(xué)完一年的課程即為1個單位）。80個單位中，一半為必修課，一半為選修課。預(yù)科學(xué)生必須修滿40個單位，其中四分之三為必修課，四分之一為選修課。各系選科由教授會決定，學(xué)生選課必須經(jīng)過教員審定。

自從北大在近代高等教育史上開了選科制的先河之后，各大學(xué)紛紛效仿。選科制的實行，被公認為是我國大學(xué)教育上一個極大的進步。直至今天仍為我國大學(xué)的一項基本制度。

蔡元培鼓勵師生集中精力進行學(xué)術(shù)研究，改變學(xué)生“奔競及游蕩的舊習(xí)”，但又反對死讀書、讀死書的壞傳統(tǒng)。他認為“研究學(xué)理，必要有一種活潑的精神，不是學(xué)古人‘三年不窺園’的死法能做到的”。為鼓勵和提倡學(xué)術(shù)研究，引導(dǎo)學(xué)生參加各種有益的社會活動，在他的倡導(dǎo)下，北京大學(xué)組織了各種學(xué)術(shù)和社會團體。1918年到1919年間，比較重要的學(xué)會和社團就有國文學(xué)會、史學(xué)會、地質(zhì)學(xué)會、數(shù)學(xué)會、心理學(xué)會、教育研究會、新文學(xué)研究會、俄羅斯文學(xué)研究會、畫法研究會、音樂會、馬克思學(xué)說研究會、平民教育講演團、新潮雜志社、國民雜志社、進德會、哲學(xué)研究會、新聞研究會、體育會、靜坐會等。其中進德會、哲學(xué)研究會、新聞研究會、畫法研究會等是由蔡校長親自發(fā)起的，其他各會也多是在他的倡導(dǎo)和支持下得以建立起來的。這些社團，有的是為了砥礪德行、提高修養(yǎng)，有的是從事學(xué)術(shù)研究，有的是把學(xué)生引向正當(dāng)?shù)膴蕵贰８鞣N社團活動改變了北大從前沉悶和頹廢的空氣，學(xué)術(shù)討論和思想爭辯蔚然成風(fēng)，全校出現(xiàn)了生機勃勃的景象。楊晦教授在《五四運動與北京大學(xué)》一文中回憶當(dāng)時的情景，感慨萬千地說：“當(dāng)時校內(nèi)的學(xué)術(shù)活動和社會活動是很活躍的，特別是到了1918年、1919年，隨著政治上的變動和外交的吃緊，隨著新舊思想斗爭的展開，就一天比一天開展，一天比一天活躍。平常，除了北京大學(xué)日刊每天出版外，還有宿舍的影壁上、墻上隨時出現(xiàn)的海報、布告等。有人發(fā)出什么號召，就有人響應(yīng)；說開會，就有人去。開會的地點，大些的會，在飯廳開的時候多，要說話的，站在板凳上就說起來，甚至在廁所里開辟‘廁刊’，互相辯難。北大當(dāng)時還有一個特點，就是有什么活動或有什么社團組織，一般都是放一個簽名簿在號房，誰愿意參加就可以自由簽名。學(xué)術(shù)思想斗爭跟社會活動同時在北大活躍?！边@么多的社團和活動，在中國是獨一無二的，許多社團及其刊物對當(dāng)時社會發(fā)生過重大影響。