蔡元培了解中外教育制度，而且主持過全國的教育工作?？梢哉f他是五四時期中國極少數(shù)具有系統(tǒng)教育思想和理論的教育家，尤其是對高等教育，從教育宗旨、教育內容、教育體制，都有一整套的設想，他也是懷著這一整套設想去改革北大的。因而他一到任就能大刀闊斧，將改革全面鋪開。

首先是學科體制改革。

蔡元培非常強調大學的學理性質，認為大學是以培養(yǎng)研究高深學問的學者為目的的。他認為：“所謂大學者，非僅為多數(shù)學生按時授課，造成一畢業(yè)生之資格而已也，實以為共同研究學術之機關?！弊鳛榇髮W，就應該圍繞研究學術這一核心，設置合理的學科。對于“學術”二字，應該有深刻的理解。“學與術可分為二個名詞，學為學理，術為應用?！彼J為工商、法律、醫(yī)學等科目，既講學理又講適用，均為術，只有純粹的科學與哲學，才是學。他雖然認為“學必借術以應用，術必以學為基本，兩者并進始可”，但又強調“學應該重于術”，“以學為基本，術為支干”，而在基礎理論和應用學科之間，應該重“純粹的科學”研究。他主張在高等教育中要有所分工，“治學者可謂之‘大學’，治術者可謂之‘高等專門學校’。兩者有性質之別，而不必有年限與程度之差?！北本┐髮W既然稱大學，而且是全國唯一國立大學，就應該致力于把它辦成研究學理的中心。

1919年，蔡元培在北大進行了學科體制上的第二個重大改革——“廢門改系”。設立學系的思想動因，基于蔡元培對近代科學發(fā)展的理解和認識。他從科學演變的歷史及其發(fā)展趨勢，看到了學科之間相互滲透和相互影響的特點，認為“文理是不能分科的”，例如文科的哲學，必植基于自然科學，而理科學者最后的假定，亦往往牽涉哲學。從前的理學屬于哲學，而現(xiàn)在用實驗法，應列入理科。地理學的人文方面，應屬文科，而地質、地文方面則屬于理科。歷史學自有史以來，屬于文科，而推原于地質學的冰期與宇宙生成論，則屬于理科。教育學和美學，也漸用實驗法，有同一趨勢。他指出，許多專門學者，不明了科學發(fā)展的趨勢，不明白各學科之間的相互關系，以至存在“專己守殘之陋見”。如“治文學者，恒蔑視科學，而不知近世文學，全以科學為基礎；治一國文學者，恒不肯兼涉他國，不知文學之進步亦有資于比較。治自然科學者，局守一門而不肯稍涉哲學，而不知哲學即科學之歸屬，其中如自然哲學一部，尤為科學家所需要；治哲學者，以能讀古書為足用，不耐煩于科學之實驗，而不知哲學之基礎不外科學，即是超然之玄學，亦不能與科學全無關系”（見《北京大學月刊發(fā)刊詞》）。他進一步認為這種認識的局限，造成了大學文理科學生培養(yǎng)上的流弊，“文科之史學、文學，均與科學有關，而哲學則全以自然科學為基礎，乃文科學生，因與理科隔絕之故，直視自然科學為無用，遂不免流于空疏。理科各學，均與哲學有關，自然哲學，尤為自然科學之歸宿，乃理科學生，以與文科隔絕之故，遂視哲學為無用，而陷于機械的世界觀?！彼鲝堃谕ㄎ睦韮煽浦缦?，主張學生文理兼習。學文科者，不可不兼習理科之某種。如學史學的，兼學地質學；學哲學的，須兼習生物學等。而學理科的，不可不兼習文科的某些門，如哲學史、文明史之類。