在袁世凱的不斷保薦下，徐世昌在仕途上也是平步青云，先后出任練兵處提調(diào)、兵部侍郎、軍機大臣、民政部尚書等要職。1907年的時候，徐世昌出任東三省總督并兼管三省將軍事務(wù)，成為名重一時的封疆大吏。兩年后，徐世昌回京再任郵傳部尚書、軍機大臣、協(xié)理大臣等要職，而此時袁世凱已經(jīng)被罷回鄉(xiāng)，北洋系的勢力實際上都是由徐世昌在暗中維持。在武昌起義后，袁世凱出山也是靠徐世昌的堅持舉薦下才得以成行。

在袁世凱當(dāng)上民國大總統(tǒng)后，徐世昌作為他多年的至交好友，按理應(yīng)該飛黃騰達，而當(dāng)時袁世凱也是有意要讓他出任國務(wù)總理一職的，但出人意料的是，徐世昌卻和王士珍一樣，退隱到青島做寓公去了。

原來，徐世昌自認(rèn)為曾受清廷厚恩，清帝退位時尚兼任太保，如果接受袁世凱的委任，難免遭到封建士大夫們的“一時之謗”。另外，徐世昌也考慮到民國初年局勢不穩(wěn)，與其去冒風(fēng)險，倒不如閑居兩年，看看風(fēng)頭再說，同時還可以賺個“不負(fù)皇恩”的好名聲。

1914年，袁世凱在*“二月革命”后，再次請徐世昌出山任國務(wù)卿之職，這時徐世昌動心了，正當(dāng)他要登上火車的時候，其弟徐世光抱住他的腿痛哭：“大哥啊，難道你忘了清室對你的皇恩浩蕩嗎？你前年還親口說過‘不忘清室’，言猶在耳，怎能當(dāng)成耳邊風(fēng)？當(dāng)年議和之時，你曲從袁謀，已為人所議；如今再為袁世凱效力，將來有何面目見先帝于九泉之下？”

徐世昌聽后，也忍不住與弟弟抱頭痛哭。但是，他最后還是耐不住寂寞，不甘心就此沉淪，終老林下，后來還是入京當(dāng)上了袁世凱的國務(wù)卿，并一度參與了洪憲帝制的活動。袁世凱死后，徐世昌在負(fù)責(zé)處理完老朋友的喪事后，再度退隱。

倒是張勛復(fù)辟的時候，徐世昌一度有點想法。當(dāng)張勛前來拉攏他的時候，徐世昌提出一個條件——讓自己的女兒婚配溥儀?！芭畠鹤龌屎?，自己做國丈”——張勛和一幫子遺老遺少聽說后，立刻跳腳大罵徐世昌是個“活曹操”（曹操曾經(jīng)逼漢獻帝立自己女兒為皇后），竟然獅子大開口，要價比他們那些干實事的人還要高！于是，雙方的合作沒有成功，而張勛的復(fù)辟也很快就失敗了。

徐世昌為官多年，加上仕途頗為坎坷，因此他對做官深有體會。后來，徐世昌將他的為官之道總結(jié)為四點：一是說話要圓滑，模棱兩可才主動；二是遇事要沉穩(wěn)，不要急于表態(tài)；三是要以靜制動，后發(fā)制人，看出對方破綻再出手；四是反應(yīng)要機警，時候未到要心平氣和，時候一到要迅速抓住機會。

馮國璋下臺后，徐世昌憑著純熟的為官之道游走于各派軍閥勢力間，竟然也能維持總統(tǒng)之位不倒達三年之久，這在民國史上，僅次于袁世凱的在任時間。在被曹錕、吳佩孚逼下臺之后，徐世昌返回天津做寓公，開始過詩文“隱逸”生活，而且老有所為，頗有成就。他的詩，人稱“超越前人”，書、畫也堪稱精品，但不輕易送人，因而流傳不多。

1939年6月6日，徐世昌于天津病逝，享年85歲，是北洋系中是相當(dāng)高壽的。