這時，代表威斯康星州國會議員的約瑟夫·麥卡錫開始插手此事。麥卡錫在1950年至1953年期間任國會常設(shè)委員會調(diào)查分委會主席時，決意進(jìn)一步增加民眾心中的“紅色恐怖”，并繼續(xù)在美國人中推行他借共產(chǎn)主義為名的政治迫害。麥卡錫所關(guān)注的不是好萊塢，而是關(guān)注共產(chǎn)主義對政府部門的所謂“滲透”。在1950年的一場演講中他裝腔作勢地?fù)]舞著一份所謂共產(chǎn)主義分子及其同情者名單的文件，聲稱共產(chǎn)主義滲透入美國的國務(wù)院。美國國會為此專門成立一個特別委員會，調(diào)查麥卡錫的指控，但是發(fā)現(xiàn)這些指控都是無中生有。但是他還是不知悔改，利用自己的地位和權(quán)力，繼續(xù)推動歇斯底里的反共運動。他毫無根據(jù)地胡亂譴責(zé)任何他懷疑可能是共產(chǎn)主義者的公務(wù)員和政府官員，并在國會主持一系列的完全公開的聽證會。這些被指控的個人必須在這樣的聽證會上證明自己的清白。該委員會的狂熱、無中生有的指控經(jīng)常毀了人們的生活卻毫無悔意，任憑受害者在政治迫害的漩渦中苦苦支撐。

愛因斯坦建議許多被麥卡錫瞄上的人拒絕與這些非法聽證會合作，包括由國內(nèi)安全委員會和國會類似于眾議院非美活動調(diào)查委員會主持的聽證會。他認(rèn)為這些調(diào)查活動有違憲法規(guī)定的個人權(quán)益，并在1953寫信給紐約布魯克林的一位教師威廉·弗勞恩格拉斯，建議他說：“我覺得用甘地的非暴力不合作的方法最合適……拒絕作證的同時還應(yīng)該聲明這種拒絕是基于這樣的認(rèn)識，即讓清白的美國公民接受這樣的調(diào)查是讓民主和人權(quán)蒙羞的，也是違反美國憲法精神的?！苯o另外一個類似的受害者的信中，他寫道，在美國這樣標(biāo)榜自由的國家，公民不應(yīng)該因為其屬于特定的政黨而被國家清算。

1953年，麥卡錫決定將清除共產(chǎn)黨的運動推廣到軍隊。他聲稱軍隊里也被共產(chǎn)主義滲透，并命令在軍隊里廣泛開展調(diào)查。在各種各樣的聽證會里，軍隊的法律代表覺得麥卡錫信口開河的指控太過分了，氣憤地朝他咆哮：“你能稍微有點羞恥感，行嗎，先生？你這個人能留下點羞恥感嗎？”麥卡錫的影響力開始消退，特別是1954年一場通過電視向全國直播的聽證會過后。那場聽證會讓全國數(shù)百萬人首次領(lǐng)教了麥卡錫那套政治迫害的方法，也使他的瘋狂做法更加失去人心。1954年底，國會通過一項議案，一致投票通過批評麥卡錫參議員“引領(lǐng)一種負(fù)面的潮流，導(dǎo)致國會陷于不名譽、不光彩的尷尬境地”。從那時起，“麥卡錫主義”成為政府任意懲罰懷有不同看法、進(jìn)行政治迫害的代名詞。麥卡錫身敗名裂兩年半以后，死于過度酗酒導(dǎo)致的肝硬化。

由于麥卡錫主義大行其道，愛因斯坦大感失望之余，以前曾對政客抱有的幻想徹底破滅了。他號召人們將無德政客拒之于科學(xué)發(fā)展的決策之外。他在1952年寫道，既不能讓這些政客控制科學(xué)，也不能讓其阻止國與國之間自由的科學(xué)交流活動。他不相信政客，認(rèn)為他們的不可信是注定的，特別是在和平時期。不過他認(rèn)為在戰(zhàn)時，政治家倒是可以通過政治動員將人們組織起來準(zhǔn)備戰(zhàn)斗，將工作朝向贏得戰(zhàn)爭方面努力。

1953年，愛因斯坦在物理學(xué)方面的活動還是很少。他的身體狀況不斷走下坡路，身體上的不適讓他感覺到年歲不饒人的無奈。這年夏天，甚至連他在普林斯頓大街上蹣跚而行的情景都很少見了。當(dāng)他聽著樹陰里陪伴了他十七年的知了的清鳴，想必總在問自己，這次是否最后一次看到這些景象；那些吃著冰淇淋、逗小狗和鄰居們閑聊的平淡而祥和的日子可能很快就要隨他而去了。他在這年還是設(shè)法寫了一篇關(guān)于統(tǒng)一場論的短文章，這是他關(guān)于這個題目的最后一篇文章。在文章中，人們?nèi)阅芨杏X到他始終如一的樂觀和自信。

1954年，愛因斯坦患上溶血性貧血癥，即他的骨髓不能產(chǎn)生足夠的血液紅細(xì)胞來補充正常代謝損失的數(shù)量，但依然堅持寫作他的最后一篇科學(xué)論文。這篇文章的合作者是女物理學(xué)家布魯里婭·考夫曼。她是一位生于巴勒斯坦，在美國接受教育的年輕物理學(xué)家。這一整年，考夫曼到了愛因斯坦家數(shù)次，向他報告論文的進(jìn)展情況。他們將在下一年完成整篇論文并最后發(fā)表。

1954年，正當(dāng)麥卡錫和非美活動調(diào)查委員會的政治迫害甚囂塵上的時候，美國有關(guān)部門稱前洛斯阿拉莫斯國家實驗室主任、“原子彈之父”羅伯特·奧本海默是共產(chǎn)主義同情者。奧本海默的兄弟弗蘭克20世紀(jì)30年代加入了共產(chǎn)黨。這個家庭聯(lián)系使得他更加為神經(jīng)過敏的美國政府所猜疑。政府人事安全委員會為此召開聽證會，認(rèn)為奧本海默行為不可預(yù)測、不能信任，宣布收回對他的忠誠調(diào)查的肯定。他們還解除了他在原子能委員會的職務(wù)，并大力消除奧本海默在該委員會決策和學(xué)術(shù)界的影響力。委員會所作出的結(jié)論部分基于備受后人詬病的“氫彈之父”愛德華·特勒的證詞。他在證詞中也對奧本海默持有相同指控，可能因為奧本海默在位時曾極力反對制造氫彈，成為他推動氫彈制造的絆腳石（巧合的是，第二顆氫彈同一年在比基尼環(huán)礁試爆，將其中三個小島夷為平地）。