劉仁軌別名正則，汴州尉氏縣人。
少年時代家境貧困，愛好學(xué)習(xí)。遇上隋朝末年的社會動亂，不能安靜地讀書，每當(dāng)勞動之余，就伸出手指在空中、在地上寫寫劃劃，來鞏固學(xué)得的知識，終于以學(xué)識淵博而聞名。唐高祖武德初年，河南道安撫大使任瑰起草奏疏議論國事，劉仁軌看到那份草稿，替他修改了幾句話。
任瑰對他的才學(xué)感到驚異，按照朝廷的授官規(guī)定任命他為息州參軍。后來改任陳倉縣尉。官署里有個名叫魯寧的折沖都尉，驕狂放縱違反法紀，縣署里沒有誰能制服他。劉仁軌警告他不得重犯，但魯寧兇暴蠻橫依然如故，劉仁軌用刑杖將他打死。州里的官員把這事報告了朝廷，太宗李世民說：“一個縣尉竟打死了我的折沖都尉，這能行嗎？”把他召進朝廷責(zé)問。劉仁軌回答說：“魯寧侮辱我，我因此殺了他?！碧谡J為劉仁軌剛毅正直，提升他任咸陽縣丞。
貞觀十四年(640)，太宗準備到同州設(shè)置柵欄圈圍野獸打獵。當(dāng)時秋收還沒有結(jié)束，劉仁軌勸諫說：“今年雨水豐沛，各種莊稼都長得茂盛，現(xiàn)在僅僅收割了十分之二。只按平常情況征用勞役，就已對秋收造成妨害。還要為打獵做準備工作，維修橋梁平整道路，勞力即使盡量節(jié)省，還是不能少于幾萬人。稍微推遲十來天，讓農(nóng)民收割完畢，陛下的車駕從容出動，于公于私都得到安寧?！碧诎l(fā)下加蓋御印的文書對他的勸諫表示贊同采納。后來任命他為新安縣令。接連提升到給事中。他遭到李義府的誹謗，離京任青州刺史。高宗顯慶五年(660)，征討遼東，李義府想捏造罪名排斥他，派他去督率從水路運輸軍糧，糧船果然翻沉了。劉仁軌因此獲罪免去了官職，以普通百姓的身份隨軍服務(wù)。
當(dāng)初，蘇定方平定百濟國以后，留下郎將劉仁愿鎮(zhèn)守百濟城，左衛(wèi)中郎將王文度任熊津都督，安撫收容百濟的殘余兵眾。王文度死了，百濟國的舊將福信以及和尚道琛接回原來的王子扶余豐立為國王，帶領(lǐng)兵眾圍攻劉仁愿。朝廷詔令劉仁軌任帶方州檢校刺史，統(tǒng)領(lǐng)王文度的兵眾，并且調(diào)遣新羅國的部隊作為援軍。劉仁軌帶兵嚴格整肅，輪番戰(zhàn)斗沖鋒陷陣，所向無敵。福信等人解去了對劉仁愿的包圍，退兵守衛(wèi)任存城。后來福信殺掉了道琛，吞并了道琛的人馬，招回了叛逃的百濟士卒，聲勢囂張得很。
劉仁軌和劉仁愿會合以后，這才休整部隊。這時蘇定方征討高麗，圍攻平壤沒有攻克。高宗李治命令劉仁軌帶領(lǐng)部隊到新羅國去和金法敏商議是回國是留守的主意。將士們都想回國，劉仁軌說：“按照《春秋》的義理，大夫出征國外，只要是可以使朝廷安寧、國家有利的事，就得專心一意地去做。如今皇上準備消滅高麗，首先消滅了百濟，留下部隊鎮(zhèn)守，控制了它的要害。雖然叛賊強橫，但它的兵卒勞役并不充足，我們應(yīng)當(dāng)磨好刀槍，喂飽戰(zhàn)馬，趁它沒有準備，打它個措手不及，百戰(zhàn)百勝萬無一失。到了勝利無疑的時候，擺開決戰(zhàn)陣勢，驅(qū)馬傳遞文書請求朝廷增派軍隊，聲援接應(yīng)，敵人就可消滅了。眼下平壤沒有攻克，熊津又放棄了，那么百濟死灰復(fù)燃，消滅高麗就不知是哪年哪月了。我們雖然駐進了新羅國，但這正像客人一樣，發(fā)生了不稱心的事，后悔還來得及嗎？百濟的扶余豐對福信心懷猜忌，貌合神離，勢必不會支撐多長時間。我們應(yīng)當(dāng)堅持守衛(wèi)等它發(fā)生變故再去消滅他們，目前不能輕率行動?！贝蠹衣爮牧怂囊庖?，于是請求朝廷派遣增援部隊。
百濟的兵眾守著真峴城，劉仁軌乘著夜晚催促新羅的兵卒悄悄來到真峴城下攀援城墻，黎明時分，攻進了真峴城，于是打通了新羅的運糧道路。扶余豐果然采用突然襲擊的辦法殺掉了福信，派遣使者到高麗、倭國請派援軍。朝廷正好詔令右威衛(wèi)將軍孫仁師率領(lǐng)軍隊渡過渤海到來了，士氣振奮。這時，將領(lǐng)們討論進攻目標，有人說：“加林城是水陸交通要道，何不首先攻打它？”劉仁軌說：“用兵的原則是避開堅實部位攻打薄弱環(huán)節(jié)，加林城地勢險阻守衛(wèi)堅固，進攻就會大量傷亡，守衛(wèi)也會曠日持久。周留城，是敵人的巢穴，敵軍頭目都集聚在那里。如果攻克周留城，其余各城自然就好奪取了?！庇谑菍O仁師、劉仁愿以及新羅國王金法敏率領(lǐng)陸軍進發(fā)，劉仁軌和杜爽、扶余隆沿著熊津、白江進軍去和陸軍會合。劉仁軌在白江口遇上了倭國的軍隊，打了四仗都取得勝利，焚燒敵戰(zhàn)船四百艘，海水都映紅了。扶余豐脫身逃走，繳獲了他的寶劍。百濟的王子扶余忠勝、扶余忠志率領(lǐng)自己的兵眾和倭國的軍隊投降，只有主帥遲受信占據(jù)的任存城還沒有攻克。當(dāng)初，蘇定方打敗百濟國，主將沙吒相如、黑齒常之糾集逃散的兵卒，憑借險要地勢接應(yīng)福信，到這時投降了唐軍。劉仁軌對他們表示了誠意，讓他們攻取任存城來證明自己的真誠，就給了他們充足的武器干糧。孫仁師說“：外族屬國心性放縱不可信任，如果給予武器糧食，就是為他們反叛提供條件?！眲⑷受壵f：“我觀察沙吒相如、黑齒常之真誠并有謀略，乘機立功，還懷疑什么？”他們兩人到底攻克了任存城。遲受信丟下老婆孩子逃往高麗，百濟國的殘余勢力全部消滅。孫仁師等人整頓部隊班師回朝，朝廷詔令劉仁軌留下率領(lǐng)軍隊鎮(zhèn)守百濟。
百濟國兩次遭受戰(zhàn)亂，僵尸遍地如同叢生的草木，劉仁軌命令著手對死者進行掩埋祭奠。重新登記戶籍，設(shè)置官署屬吏，開辟道路，建設(shè)村莊，修復(fù)堤壩塘堰，救濟貧困人家，鼓勵農(nóng)業(yè)生產(chǎn)，替他們建立土地神廟，百濟的民眾都安居下來。守軍于是墾種土地，籌劃平定高麗。劉仁愿回到京城，高宗慰問他說：“你本來是位武將，寫來的軍事奏表文書，都合乎禮儀格式，用什么辦法達到這個水平的呢？”劉仁愿回答說“：都是仁軌的手筆，不是我能寫出來的?！备咦谫澷p劉仁軌，破格提升他六級官階，正式任命他為帶方州刺史，獎給他一處住宅，給他夫人孩子豐厚的賞賜，送去蓋有御印的文書進行表彰。
在這之前，太宗貞觀、高宗永徽年間，陣亡將士都詔令使者前去慰問祭奠，有的還把追認的官職爵位轉(zhuǎn)授給他的后輩擔(dān)任。顯慶以后，獎賞出征將士的事差不多全沒有了；到了打敗百濟國、攻下平壤城時，有功的人完全沒有甄別任用。
州縣征募兵役，人們不愿當(dāng)兵出征，身體健壯家境富裕的人，用財物到官府打通關(guān)節(jié)，都可以逃避征調(diào)。招募到的人都愚弱貧困，沒有戰(zhàn)斗意志。劉仁軌全面論述了不計功行賞的弊病，要求朝廷對出征將士給予慰勞獎賞，以便鼓舞士氣。
還呈遞奏表建議任用扶余隆，讓他安撫百濟的民眾。高宗才任命扶余隆為熊津都督。
當(dāng)時劉仁愿任卑列道總管，高宗詔令他率領(lǐng)部隊渡過渤海，接替駐守百濟，再和劉仁軌一起回國。劉仁軌說“：皇上巡視各地，還要籌劃平定高麗。眼下正值農(nóng)忙季節(jié)，如果官兵全被接替，新來的人不熟悉情況，萬一這里發(fā)生變故，誰能保衛(wèi)？不如留下原來的部隊收割完畢之后，分批派他們回國。我應(yīng)當(dāng)留下，還不能離開。”劉仁愿不同意，說：“我只知道執(zhí)行詔令?！眲⑷受壵f“：不對。如果對國家有利，知道該做就沒有不做的，這是臣下應(yīng)守的節(jié)操?！庇谑窍虺㈥愂隼﹃P(guān)系，請求留守百濟。高宗詔令同意。因此認為劉仁愿不忠。
當(dāng)初，劉仁軌任帶方州的檢校刺史時，對別人說：“老天打算讓我這老頭富貴吧！”于是請求到了朝廷頒布的歷書和歷代皇帝的名諱，有人詢問這是為什么，劉仁軌回答說：“我會平定遼東，頒布使用大唐歷法?！苯Y(jié)果都像他說的那樣實現(xiàn)了。在高宗到泰山祭祀天地時，劉仁軌終于帶領(lǐng)新羅、百濟、儋羅、倭國這四個屬國的酋長奔赴泰山參加祭典集會。高宗特別高興，提升他為大司憲。后來升任右相，兼檢校太子左中護。累計功勞封他為樂城縣男。
總章元年(668)，劉仁軌任熊津道安撫大使，兼任灞江道總管，給李責(zé)力當(dāng)副手征討高麗，平定了它。劉仁軌由于生病要求辭職，高宗提升他為金紫光祿大夫，同意他退休。不久被召回朝廷任隴州刺史，授予太子左庶子、同中書門下三品頭銜，主持編纂本朝歷史。咸亨五年(674)，任雞林道大總管，東征新羅國。
劉仁軌率領(lǐng)軍隊橫渡瓠蘆河，進攻重鎮(zhèn)七重城，攻克了這座城鎮(zhèn)。進封爵號為樂城縣公，他的兒子以及哥哥的兒子中有三個人被授予上柱國頭銜，鄉(xiāng)親們?yōu)榇烁械焦鈽s，把他的故居稱為“樂城鄉(xiāng)三柱里”。不久被任命為尚書左仆射兼太子賓客，仍舊主持政務(wù)。
吐蕃入侵時，劉仁軌被任命為洮河道行軍鎮(zhèn)守大使。永隆二年(681)，任太子少傅。多次請求退休，朝廷同意他免去尚書左仆射職務(wù)。高宗游幸東都洛陽，皇太子留在京城處理軍政事務(wù)，高宗詔令劉仁軌和裴炎、薛元超留在長安輔佐太子。太子趕赴洛陽后，高宗詔令皇太孫李重照留守長安，劉仁軌任副留守。
則天皇后主持朝政，又任命他為尚書左仆射?；侍珜O被廢除后，劉仁軌獨自主持長安留守事務(wù)。他向則天皇后呈遞奏疏稱病辭職，乘機陳述西漢呂后、呂祿、呂產(chǎn)危害國家的事來勸說她，則天皇后派遣武承嗣帶上加蓋御印的文書慰問勉勵他。改任文昌左相、同鳳閣鸞臺三品。
終年八十五歲。則天皇后詔令全體官員登門哀悼，頒發(fā)詔書追認他為開府儀同三司、并州大都督，安葬在高宗的乾陵墓地。賜給他家庭收納三百戶租稅的實封。
劉仁軌雖然官高位顯，但是從不自高自大，接待親朋故舊跟當(dāng)老百姓時一樣謙虛恭敬。御史袁異式曾經(jīng)彈劾他，侮辱他，迫使他自殺。等到他任大司憲時，袁異式還是憲臺御史，心里惶惶不安，乘著酒性向他求情解釋，劉仁軌手端酒杯說“：如果不和您友好共事，就讓我跟這酒杯一樣立即罄罄而空?！焙髞碇鞴苷?wù)，推薦袁異式任司元大夫。他就是這樣從小小縣尉做到輔國大臣，善于提高自己的聲譽，得到屬吏部下的歡心。
到任洮河道行軍鎮(zhèn)守大使時，向朝廷呈遞的緊急機密奏折，多數(shù)被中書令李敬玄扣壓或退回，劉仁軌就上表推薦李敬玄接替自己去統(tǒng)率軍隊打仗，果然使兵眾覆沒。裴炎被關(guān)進監(jiān)獄時，劉仁軌正任京城留守，郎將姜嗣宗派使者來，向他談起裴炎的事，并且說：“裴炎行跡反常已很久了?！眲⑷受墕枴埃耗阒绬幔俊笔拐哒f“：知道?！钡葎t天皇后回到長安，上表彈劾姜嗣宗知道裴炎謀反的情況卻不告發(fā)。則天皇后惱怒，活活將他腰斬而死。
兒子劉浚，官職做到太子舍人。武則天垂拱年間，被酷吏殺害。中宗李顯登上帝位，由于劉仁軌曾任東宮屬吏的老交情，第二次追認他為司空。劉浚的兒子劉晃，玄宗開元中葉，任給事中，上表請求為劉仁軌立碑，追贈謚號為“文獻”。
少年時代家境貧困，愛好學(xué)習(xí)。遇上隋朝末年的社會動亂，不能安靜地讀書，每當(dāng)勞動之余，就伸出手指在空中、在地上寫寫劃劃，來鞏固學(xué)得的知識，終于以學(xué)識淵博而聞名。唐高祖武德初年，河南道安撫大使任瑰起草奏疏議論國事，劉仁軌看到那份草稿，替他修改了幾句話。
任瑰對他的才學(xué)感到驚異，按照朝廷的授官規(guī)定任命他為息州參軍。后來改任陳倉縣尉。官署里有個名叫魯寧的折沖都尉，驕狂放縱違反法紀，縣署里沒有誰能制服他。劉仁軌警告他不得重犯，但魯寧兇暴蠻橫依然如故，劉仁軌用刑杖將他打死。州里的官員把這事報告了朝廷，太宗李世民說：“一個縣尉竟打死了我的折沖都尉，這能行嗎？”把他召進朝廷責(zé)問。劉仁軌回答說：“魯寧侮辱我，我因此殺了他?！碧谡J為劉仁軌剛毅正直，提升他任咸陽縣丞。
貞觀十四年(640)，太宗準備到同州設(shè)置柵欄圈圍野獸打獵。當(dāng)時秋收還沒有結(jié)束，劉仁軌勸諫說：“今年雨水豐沛，各種莊稼都長得茂盛，現(xiàn)在僅僅收割了十分之二。只按平常情況征用勞役，就已對秋收造成妨害。還要為打獵做準備工作，維修橋梁平整道路，勞力即使盡量節(jié)省，還是不能少于幾萬人。稍微推遲十來天，讓農(nóng)民收割完畢，陛下的車駕從容出動，于公于私都得到安寧?！碧诎l(fā)下加蓋御印的文書對他的勸諫表示贊同采納。后來任命他為新安縣令。接連提升到給事中。他遭到李義府的誹謗，離京任青州刺史。高宗顯慶五年(660)，征討遼東，李義府想捏造罪名排斥他，派他去督率從水路運輸軍糧，糧船果然翻沉了。劉仁軌因此獲罪免去了官職，以普通百姓的身份隨軍服務(wù)。
當(dāng)初，蘇定方平定百濟國以后，留下郎將劉仁愿鎮(zhèn)守百濟城，左衛(wèi)中郎將王文度任熊津都督，安撫收容百濟的殘余兵眾。王文度死了，百濟國的舊將福信以及和尚道琛接回原來的王子扶余豐立為國王，帶領(lǐng)兵眾圍攻劉仁愿。朝廷詔令劉仁軌任帶方州檢校刺史，統(tǒng)領(lǐng)王文度的兵眾，并且調(diào)遣新羅國的部隊作為援軍。劉仁軌帶兵嚴格整肅，輪番戰(zhàn)斗沖鋒陷陣，所向無敵。福信等人解去了對劉仁愿的包圍，退兵守衛(wèi)任存城。后來福信殺掉了道琛，吞并了道琛的人馬，招回了叛逃的百濟士卒，聲勢囂張得很。
劉仁軌和劉仁愿會合以后，這才休整部隊。這時蘇定方征討高麗，圍攻平壤沒有攻克。高宗李治命令劉仁軌帶領(lǐng)部隊到新羅國去和金法敏商議是回國是留守的主意。將士們都想回國，劉仁軌說：“按照《春秋》的義理，大夫出征國外，只要是可以使朝廷安寧、國家有利的事，就得專心一意地去做。如今皇上準備消滅高麗，首先消滅了百濟，留下部隊鎮(zhèn)守，控制了它的要害。雖然叛賊強橫，但它的兵卒勞役并不充足，我們應(yīng)當(dāng)磨好刀槍，喂飽戰(zhàn)馬，趁它沒有準備，打它個措手不及，百戰(zhàn)百勝萬無一失。到了勝利無疑的時候，擺開決戰(zhàn)陣勢，驅(qū)馬傳遞文書請求朝廷增派軍隊，聲援接應(yīng)，敵人就可消滅了。眼下平壤沒有攻克，熊津又放棄了，那么百濟死灰復(fù)燃，消滅高麗就不知是哪年哪月了。我們雖然駐進了新羅國，但這正像客人一樣，發(fā)生了不稱心的事，后悔還來得及嗎？百濟的扶余豐對福信心懷猜忌，貌合神離，勢必不會支撐多長時間。我們應(yīng)當(dāng)堅持守衛(wèi)等它發(fā)生變故再去消滅他們，目前不能輕率行動?！贝蠹衣爮牧怂囊庖?，于是請求朝廷派遣增援部隊。
百濟的兵眾守著真峴城，劉仁軌乘著夜晚催促新羅的兵卒悄悄來到真峴城下攀援城墻，黎明時分，攻進了真峴城，于是打通了新羅的運糧道路。扶余豐果然采用突然襲擊的辦法殺掉了福信，派遣使者到高麗、倭國請派援軍。朝廷正好詔令右威衛(wèi)將軍孫仁師率領(lǐng)軍隊渡過渤海到來了，士氣振奮。這時，將領(lǐng)們討論進攻目標，有人說：“加林城是水陸交通要道，何不首先攻打它？”劉仁軌說：“用兵的原則是避開堅實部位攻打薄弱環(huán)節(jié)，加林城地勢險阻守衛(wèi)堅固，進攻就會大量傷亡，守衛(wèi)也會曠日持久。周留城，是敵人的巢穴，敵軍頭目都集聚在那里。如果攻克周留城，其余各城自然就好奪取了?！庇谑菍O仁師、劉仁愿以及新羅國王金法敏率領(lǐng)陸軍進發(fā)，劉仁軌和杜爽、扶余隆沿著熊津、白江進軍去和陸軍會合。劉仁軌在白江口遇上了倭國的軍隊，打了四仗都取得勝利，焚燒敵戰(zhàn)船四百艘，海水都映紅了。扶余豐脫身逃走，繳獲了他的寶劍。百濟的王子扶余忠勝、扶余忠志率領(lǐng)自己的兵眾和倭國的軍隊投降，只有主帥遲受信占據(jù)的任存城還沒有攻克。當(dāng)初，蘇定方打敗百濟國，主將沙吒相如、黑齒常之糾集逃散的兵卒，憑借險要地勢接應(yīng)福信，到這時投降了唐軍。劉仁軌對他們表示了誠意，讓他們攻取任存城來證明自己的真誠，就給了他們充足的武器干糧。孫仁師說“：外族屬國心性放縱不可信任，如果給予武器糧食，就是為他們反叛提供條件?！眲⑷受壵f：“我觀察沙吒相如、黑齒常之真誠并有謀略，乘機立功，還懷疑什么？”他們兩人到底攻克了任存城。遲受信丟下老婆孩子逃往高麗，百濟國的殘余勢力全部消滅。孫仁師等人整頓部隊班師回朝，朝廷詔令劉仁軌留下率領(lǐng)軍隊鎮(zhèn)守百濟。
百濟國兩次遭受戰(zhàn)亂，僵尸遍地如同叢生的草木，劉仁軌命令著手對死者進行掩埋祭奠。重新登記戶籍，設(shè)置官署屬吏，開辟道路，建設(shè)村莊，修復(fù)堤壩塘堰，救濟貧困人家，鼓勵農(nóng)業(yè)生產(chǎn)，替他們建立土地神廟，百濟的民眾都安居下來。守軍于是墾種土地，籌劃平定高麗。劉仁愿回到京城，高宗慰問他說：“你本來是位武將，寫來的軍事奏表文書，都合乎禮儀格式，用什么辦法達到這個水平的呢？”劉仁愿回答說“：都是仁軌的手筆，不是我能寫出來的?！备咦谫澷p劉仁軌，破格提升他六級官階，正式任命他為帶方州刺史，獎給他一處住宅，給他夫人孩子豐厚的賞賜，送去蓋有御印的文書進行表彰。
在這之前，太宗貞觀、高宗永徽年間，陣亡將士都詔令使者前去慰問祭奠，有的還把追認的官職爵位轉(zhuǎn)授給他的后輩擔(dān)任。顯慶以后，獎賞出征將士的事差不多全沒有了；到了打敗百濟國、攻下平壤城時，有功的人完全沒有甄別任用。
州縣征募兵役，人們不愿當(dāng)兵出征，身體健壯家境富裕的人，用財物到官府打通關(guān)節(jié)，都可以逃避征調(diào)。招募到的人都愚弱貧困，沒有戰(zhàn)斗意志。劉仁軌全面論述了不計功行賞的弊病，要求朝廷對出征將士給予慰勞獎賞，以便鼓舞士氣。
還呈遞奏表建議任用扶余隆，讓他安撫百濟的民眾。高宗才任命扶余隆為熊津都督。
當(dāng)時劉仁愿任卑列道總管，高宗詔令他率領(lǐng)部隊渡過渤海，接替駐守百濟，再和劉仁軌一起回國。劉仁軌說“：皇上巡視各地，還要籌劃平定高麗。眼下正值農(nóng)忙季節(jié)，如果官兵全被接替，新來的人不熟悉情況，萬一這里發(fā)生變故，誰能保衛(wèi)？不如留下原來的部隊收割完畢之后，分批派他們回國。我應(yīng)當(dāng)留下，還不能離開。”劉仁愿不同意，說：“我只知道執(zhí)行詔令?！眲⑷受壵f“：不對。如果對國家有利，知道該做就沒有不做的，這是臣下應(yīng)守的節(jié)操?！庇谑窍虺㈥愂隼﹃P(guān)系，請求留守百濟。高宗詔令同意。因此認為劉仁愿不忠。
當(dāng)初，劉仁軌任帶方州的檢校刺史時，對別人說：“老天打算讓我這老頭富貴吧！”于是請求到了朝廷頒布的歷書和歷代皇帝的名諱，有人詢問這是為什么，劉仁軌回答說：“我會平定遼東，頒布使用大唐歷法?！苯Y(jié)果都像他說的那樣實現(xiàn)了。在高宗到泰山祭祀天地時，劉仁軌終于帶領(lǐng)新羅、百濟、儋羅、倭國這四個屬國的酋長奔赴泰山參加祭典集會。高宗特別高興，提升他為大司憲。后來升任右相，兼檢校太子左中護。累計功勞封他為樂城縣男。
總章元年(668)，劉仁軌任熊津道安撫大使，兼任灞江道總管，給李責(zé)力當(dāng)副手征討高麗，平定了它。劉仁軌由于生病要求辭職，高宗提升他為金紫光祿大夫，同意他退休。不久被召回朝廷任隴州刺史，授予太子左庶子、同中書門下三品頭銜，主持編纂本朝歷史。咸亨五年(674)，任雞林道大總管，東征新羅國。
劉仁軌率領(lǐng)軍隊橫渡瓠蘆河，進攻重鎮(zhèn)七重城，攻克了這座城鎮(zhèn)。進封爵號為樂城縣公，他的兒子以及哥哥的兒子中有三個人被授予上柱國頭銜，鄉(xiāng)親們?yōu)榇烁械焦鈽s，把他的故居稱為“樂城鄉(xiāng)三柱里”。不久被任命為尚書左仆射兼太子賓客，仍舊主持政務(wù)。
吐蕃入侵時，劉仁軌被任命為洮河道行軍鎮(zhèn)守大使。永隆二年(681)，任太子少傅。多次請求退休，朝廷同意他免去尚書左仆射職務(wù)。高宗游幸東都洛陽，皇太子留在京城處理軍政事務(wù)，高宗詔令劉仁軌和裴炎、薛元超留在長安輔佐太子。太子趕赴洛陽后，高宗詔令皇太孫李重照留守長安，劉仁軌任副留守。
則天皇后主持朝政，又任命他為尚書左仆射?；侍珜O被廢除后，劉仁軌獨自主持長安留守事務(wù)。他向則天皇后呈遞奏疏稱病辭職，乘機陳述西漢呂后、呂祿、呂產(chǎn)危害國家的事來勸說她，則天皇后派遣武承嗣帶上加蓋御印的文書慰問勉勵他。改任文昌左相、同鳳閣鸞臺三品。
終年八十五歲。則天皇后詔令全體官員登門哀悼，頒發(fā)詔書追認他為開府儀同三司、并州大都督，安葬在高宗的乾陵墓地。賜給他家庭收納三百戶租稅的實封。
劉仁軌雖然官高位顯，但是從不自高自大，接待親朋故舊跟當(dāng)老百姓時一樣謙虛恭敬。御史袁異式曾經(jīng)彈劾他，侮辱他，迫使他自殺。等到他任大司憲時，袁異式還是憲臺御史，心里惶惶不安，乘著酒性向他求情解釋，劉仁軌手端酒杯說“：如果不和您友好共事，就讓我跟這酒杯一樣立即罄罄而空?！焙髞碇鞴苷?wù)，推薦袁異式任司元大夫。他就是這樣從小小縣尉做到輔國大臣，善于提高自己的聲譽，得到屬吏部下的歡心。
到任洮河道行軍鎮(zhèn)守大使時，向朝廷呈遞的緊急機密奏折，多數(shù)被中書令李敬玄扣壓或退回，劉仁軌就上表推薦李敬玄接替自己去統(tǒng)率軍隊打仗，果然使兵眾覆沒。裴炎被關(guān)進監(jiān)獄時，劉仁軌正任京城留守，郎將姜嗣宗派使者來，向他談起裴炎的事，并且說：“裴炎行跡反常已很久了?！眲⑷受墕枴埃耗阒绬幔俊笔拐哒f“：知道?！钡葎t天皇后回到長安，上表彈劾姜嗣宗知道裴炎謀反的情況卻不告發(fā)。則天皇后惱怒，活活將他腰斬而死。
兒子劉浚，官職做到太子舍人。武則天垂拱年間，被酷吏殺害。中宗李顯登上帝位，由于劉仁軌曾任東宮屬吏的老交情，第二次追認他為司空。劉浚的兒子劉晃，玄宗開元中葉，任給事中，上表請求為劉仁軌立碑，追贈謚號為“文獻”。
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