武漢保衛(wèi)戰(zhàn)中具體戰(zhàn)役的勝利，與何應(yīng)欽無(wú)緣，但總的戰(zhàn)略指導(dǎo)計(jì)劃及戰(zhàn)略部署卻與他有關(guān)。戰(zhàn)后陳誠(chéng)總結(jié)武漢會(huì)戰(zhàn)的教訓(xùn)時(shí)，暗中流露出對(duì)何應(yīng)欽的指責(zé)。他說(shuō)：武漢會(huì)戰(zhàn)這種持久戰(zhàn)消耗戰(zhàn)雖取得了一定的成功，卻也暴露了最高指揮計(jì)劃“變更頻繁”，使部隊(duì)有“不能追隨之苦”；而且“處處追隨敵人，時(shí)時(shí)作試探性之處置”，以致原定8月底撤退的計(jì)劃，改為九一八、9月底、“雙十節(jié)”，直到10月20日，仍未決定。及至決定撤退時(shí)，又陷于潰退；以無(wú)訓(xùn)練之部隊(duì)參戰(zhàn)，致影響戰(zhàn)斗全局；對(duì)裝備優(yōu)良之?dāng)常闯浞终T至山地決戰(zhàn)等。陳誠(chéng)所言，雖不能完全由何應(yīng)欽負(fù)責(zé)，但確實(shí)說(shuō)破了何應(yīng)欽指導(dǎo)作戰(zhàn)也如官場(chǎng)中善逢迎、無(wú)定見(jiàn)、無(wú)主見(jiàn)的通病，以及整編后的部隊(duì)和未整編過(guò)的部隊(duì)優(yōu)劣雜用所帶來(lái)的消極后果等。

在武漢危急之時(shí)，兼任第四戰(zhàn)區(qū)司令長(zhǎng)官的何應(yīng)欽，也負(fù)有兩廣方面的作戰(zhàn)指導(dǎo)任務(wù)，可供使用的總兵力除特種兵及要塞守備部隊(duì)外，共有九個(gè)步兵師又兩個(gè)步兵旅，而日軍在大亞灣登陸后，竟也未遇到嚴(yán)重抵抗，于10月21日占領(lǐng)廣州。何既兼任第四戰(zhàn)區(qū)司令長(zhǎng)官，卻又不能坐鎮(zhèn)廣州，兩廣防務(wù)由副司令長(zhǎng)官余漢謀主持，廣州幾乎是在不設(shè)防的情況下淪陷。當(dāng)時(shí)的報(bào)紙反省廣州失陷的原因有三：一、“軍事上防務(wù)空虛”，當(dāng)?shù)剀婈?duì)“被調(diào)一空”；二、“外表轟轟烈烈，口頭慷慨激昂”，實(shí)質(zhì)的內(nèi)容“完全是紙老虎”；三、不發(fā)動(dòng)民眾，“在過(guò)去一年多以來(lái)，所有廣州乃至廣東全省的民眾運(yùn)動(dòng)，主要完全是空洞的宣傳”等。這些，何應(yīng)欽也難辭其咎。

在1939年1月召開(kāi)的國(guó)民黨五屆五中全會(huì)以前，何應(yīng)欽盡管對(duì)抗日戰(zhàn)爭(zhēng)最終將取得勝利的信心并不很足，但決定國(guó)民黨抗戰(zhàn)政策的主流，畢竟是業(yè)已形成的統(tǒng)一戰(zhàn)線，是國(guó)共之間在抗日問(wèn)題上的空前團(tuán)結(jié)。何應(yīng)欽思想和行動(dòng)的主流，也不能不圍繞抗戰(zhàn)旋轉(zhuǎn)。何應(yīng)欽在抗戰(zhàn)初期思想中的積極面，反映在他的許多報(bào)告、講話中。1939年1月，他在國(guó)民黨中央紀(jì)念周上所作的《堅(jiān)定抗戰(zhàn)建國(guó)必成的信念》的講話中說(shuō)：

敵人對(duì)我作戰(zhàn)，原期在三個(gè)月至多半年的時(shí)間，將我戰(zhàn)斗力完全消滅，但現(xiàn)在已一年半了，不但不能將我國(guó)的戰(zhàn)斗力消滅，而其自身的損失，也大大超過(guò)預(yù)料以外，已經(jīng)使敵國(guó)人民乃至軍人發(fā)生了懷疑和恐懼，敵人的精神上已經(jīng)受到極大的打擊?！匀毡镜膰?guó)力，現(xiàn)在已經(jīng)感到困難，若戰(zhàn)爭(zhēng)不能結(jié)束，終久必會(huì)自行崩潰?！志蛙娛律蟻?lái)說(shuō)，敵人愈益深入，今后在交通線不便的地方，和我軍作戰(zhàn)，其重火器如戰(zhàn)車重炮等，已不能發(fā)揮多大效力，后方補(bǔ)給，也將感受極大困難，作戰(zhàn)地形上，也是于敵不利的。同時(shí)我們?cè)跀橙撕蠓降倪\(yùn)動(dòng)戰(zhàn)游擊戰(zhàn)，隨時(shí)隨地，可以襲擊敵人。簡(jiǎn)單的說(shuō)，……敵人始終是要失敗的。

再就我們自己方面來(lái)說(shuō)，全國(guó)一致團(tuán)結(jié)對(duì)外，和全國(guó)將士犧牲奮斗的精神，確實(shí)已經(jīng)建立了勝利的基礎(chǔ)。我們的抗戰(zhàn)，早已決定為長(zhǎng)期抗戰(zhàn)，我們初期的失敗，是早在預(yù)料中的?！灰珖?guó)軍人能夠加倍努力，切實(shí)苦干，我們的戰(zhàn)力，必定是永遠(yuǎn)不竭，愈戰(zhàn)愈強(qiáng)，最后勝利的獲得，一定是屬于我們的。我國(guó)土地如此廣大，人民如此眾多，物產(chǎn)如此豐富，而且有優(yōu)長(zhǎng)久遠(yuǎn)的文化歷史，只要四萬(wàn)萬(wàn)五千萬(wàn)人心凝結(jié)成為一體，……確定我們共同奮斗的目標(biāo)，堅(jiān)定我們必勝必成的信念，不為一時(shí)一地的勝敗得失所動(dòng)搖，抗戰(zhàn)必將勝利！