曾國藩隨即把兩江總督衙門從安慶移到江寧。八月二十日，是曾國荃四十一歲生日，晉爵延齡，人生得意，風光得不能再風光了。曾國藩題詞賀壽，其中三首云：

濡須已過歷陽來，無數(shù)金湯一翦開。

提挈湖湘良子弟，隨風直薄雨花臺。

邂逅三才發(fā)殺機，王尋百萬合重圍。

昆陽一捷天人悅，誰識中軍血染衣。

平吳捷奏入甘泉，正賦周宣六月篇。

生縛名王歸夜半，秦淮月畔有非煙。

曾國荃之所以能夠立下這不世之功，與李鴻章的謙退讓挹，不無關系。雖然趙烈文對李鴻章大加貶賤，近乎吹毛求疵，但曾國藩心里是很明白的，也十分感激。因此，當李鴻章到江寧時，他在下關迎接，整衣斂容，拉著李鴻章的手，誠心誠意地說：“愚兄弟薄面，賴子全矣?！?/p>

七月二十七日，淮軍郭松林、潘鼎新、劉秉璋、張樹聲，水師李朝斌等，會同浙軍攻克湖州府城。堵王黃文金、干王洪仁玕逃往廣德。二十九日，劉銘傳收復廣德，洪仁玕保護幼主再逃入江西，后兵敗石城，與幼主相繼被俘，就戮于南昌。侍王李世賢、康王汪海洋轉戰(zhàn)福建。

左宗棠在福建追剿，兵力不敷應用，朝旨命李鴻章派隊馳援福建。同治四年（1865）春天，李鴻章遂派郭松林、楊鼎勛兩部共十六營，乘坐輪船赴福建廈門。李鴻章認為，郭松林勇猛而性情暴戾，楊鼎勛則有謀略而明白曉事，更難得的是兩人性格雖異，卻關系融洽，打仗很有默契。四月二十一日，郭、楊兩軍會合浙軍，收復漳州府城。二十七日攻克漳浦。太平軍再起內訌，汪海洋殺死了李世賢，兵敗南逃廣東嘉應州（今梅州）。全閩亦告肅清。

李鴻章的平吳大功告成。從同治元年（1862）三月，李鴻章領淮軍東下，開赴上海，至同治三年（1864）七月，經(jīng)歷了兩年四個月，先后收復蘇、浙、皖所屬府廳州縣衛(wèi)汛二十四城。淮軍也從初到上海的十三營“叫花子兵”，發(fā)展成水陸一百四十營，計七萬余人。