1945年9月9日，顧毓琇以陸軍總司令部中將參議的身份，出席了日本在南京的受降典禮。典禮之后，他心潮澎湃，即刻寫了一首詩：

受降臺筑紫金山，

八載艱辛奏凱還。

雪盡馬關(guān)奇恥辱，

功成觀禮我隨班。

在顧毓琇看來，參加日本受降典禮無疑是此生最高興的一件事情，“奇恥異辱，至此方可透過氣來”。

然而，勝利的喜悅未能持續(xù)多久，很快，國共兩黨交鋒開始，內(nèi)戰(zhàn)爆發(fā)。全中國再次陷入炮火的糾纏中，經(jīng)濟崩潰，民生艱難，而國民政府卻一意為戰(zhàn)，獨裁和腐敗讓國家唯能在存亡之際掙扎。此時的顧毓琇，心里也積累了很多對國民黨的不滿。

顧宜凡：他一直是有一些左傾的，比如說他跟陳誠討論的，要讓農(nóng)民“耕者有其田”、國家要發(fā)展工業(yè)、不能長期無限制地搞訓政等等這些思維，都是有一些左傾的。

顧慰慶：有時候也會議論到國民黨的腐敗，特別是當時在重慶，對孔祥熙、宋子文等四大家族，老百姓也有很多不滿的言論，那他們有時候也會議論到這些問題。

正是這份不滿，讓顧毓琇的心里漸漸有了遠離國民黨的想法，他也并不像旁人一般關(guān)心戰(zhàn)爭局勢的變化、計劃自己的前程。國民黨逐漸敗了，共產(chǎn)黨漸占上風了：1949年春，國民政府行政院遷往廣州；4月23日，百萬雄師橫渡長江占領(lǐng)南京——顧毓琇并沒有在這些變化面前聞風而動。

此時的他正在上海，因為高燒不退而進入哥哥開辦的醫(yī)院醫(yī)治。很多人都來勸說身為國立政治大學校長的他隨國民政府南遷，但身體好轉(zhuǎn)之后，他卻留在了上海。他開始做在新政權(quán)下到大學教書的打算。

顧慰慶：他曾經(jīng)表示他不走，說他對國民黨已經(jīng)失望了，而且隱隱約約地講，“共產(chǎn)黨來了，我一樣教書”。而且他在共產(chǎn)黨內(nèi)也有不少學生，都歡迎他留下來。

但顧毓琇最終卻并沒有留下來：“5月9日，我和婉靖及女兒登‘中興輪’從上海到達臺灣基隆。因我身體依然虛弱，又只有極少時間安排旅程，我們所攜物品不多?！?/p>

顧慰慶：后來為什么走呢？據(jù)我所知，國民黨當時有個人叫杭立武（時任教育部部長），這個杭立武代表國民黨當局來找他，說：“你一定要走，你不走的話，要加以制裁。”另一個原因是，他當時是政治大學的校長，他說依照老傳統(tǒng)，校長還沒辭掉而他又不在的話，學校的經(jīng)費、教職員工的生活都有問題，他要去辭職，正式地把大學校長的職務辭掉，才能到美國去教書。所以在這個情況下，他離開了大陸。

但他的子女中卻有三個人都留了下來，這有些出乎顧毓琇的意料。