戊戌變法后，與維新派沾邊的人命運各不相同。張騫去辦實業(yè)了，蔡元培回老家當老師，張元濟逢兇化吉，到上海的南洋公學做譯書院院長，也算不錯。

到南洋公學任職，得益于李鴻章。李鴻章本就認為張元濟是個人才，而變法后張又不再是政治人物，李鴻章認為更加可用，于是他向?qū)崢I(yè)家盛宣懷推薦了張元濟。盛宣懷創(chuàng)辦的南洋公學正急需人才，而這個工作又符合張元濟以西學開啟民智的想法，所以對他的吸引力很大。

南洋公學是當時中國難得的設備精良、人才濟濟的高等學府。張元濟到譯書院工作了一段時間后，和老朋友嚴復取得聯(lián)系，并出版了他翻譯的亞當?斯密的《原富》。這本書直到今天，仍然是經(jīng)濟學的經(jīng)典著作。

譯書院的工作要求張元濟會編書，并且和出書的人打交道，這樣張元濟就結(jié)識了商務印書館的夏瑞芳。只是世間很多事難以預料，張元濟自己也沒想到后來會和商務印書館有那樣深厚的緣分。

歷史剛步入20世紀，北方就爆發(fā)了義和團運動，清政府岌岌可危。義和團雖然沒有波及上海，但上海一些有識之士開始組建自立會，意在武裝起義，推翻清廷。和“戊戌變法”時一樣，張元濟參加了一些外圍活動。自立會的正副會長分別是首位帶中國幼童到美國留學的容閎和從北方到上海來避難的翻譯家嚴復，秘書長則是湖南人唐才常。唐才常是譚嗣同的好友，譚死后，唐才常一直為起義的事情奔走。自立會第二次開會的時候，容閎提議張元濟做會計事，但被張元濟婉拒，他仍然不愿意直接參與政治活動。自立會存在時間不長，就因為起義消息泄露而被鎮(zhèn)壓。唐才常不幸在漢口被張之洞捕獲殺害。

張元濟這次沒有受到牽連。其時，南洋公學的負責人突然病故，總理校務的工作就暫時落到了張元濟身上。一直有改革想法的張元濟于是開設“特班”，并且請來蔡元培做班主任。所謂“特班”，意在培養(yǎng)中西合璧的人才?！疤匕唷眱H僅辦了一屆，日后卻涌現(xiàn)出眾多的名流，如李叔同、邵力子、黃炎培、謝無量等，可謂張元濟在人才培養(yǎng)方面的一次有益嘗試。

如果說此前的張元濟認為教育是啟蒙思想的最好方式，那么后來他的想法也在一點一點地改變。1902年，張元濟辭去南洋公學職務，應夏瑞芳的邀請加入商務印書館，這讓他的很多熟人頗為吃驚。當年的商務印書館只是夏瑞芳、鮑咸恩等人辦的一個手工作坊式的印刷工場，張元濟放棄了在南洋公學的顯赫地位，到一個弄堂的小廠里，跟一個小業(yè)主合作，這樣的轉(zhuǎn)身，令人多有猜測和不解。