《瑜伽師地論》翻譯完成后，李世民看了大為興奮。下令讓人把此經抄寫九份，分發(fā)到全國主要寺廟閱讀保存。玄奘適時地請皇上撰寫一篇文章，作為序言性質放在經的前面。李世民親自撰寫了《大唐三藏圣教序》，高度贊賞玄奘求經的艱辛和求來的真經的寶貴。

因李世民極其喜歡書圣王羲之的書法，一沙門叫懷仁的花了二十年時間，專門全部集了書圣的字，勒碑于石。一千多年來，此碑帖成為愛好書法者必臨的范本。

貞觀二十二年，唐高宗李治還是太子，為報慈母大恩，決定建立大慈恩寺。請五十位高僧大德入寺，玄奘為該寺住持。此外，玄奘沒有擔任過僧界任何的職務。

貞觀二十三年對玄奘是個不利的年頭。年初他的愛徒辯機東窗事發(fā)，被腰斬于市。辯機是玄奘的主要助手，《大唐西域記》是玄奘口述，辯機記錄的。如果不出事，他會成為玄奘的繼承人。辯機和高陽公主有情的事和玄奘無關，辯機和公主認識的時候，玄奘還在回國的途中。但玄奘的傷心是肯定的，而且也給玄奘帶來不好的影響。

這件事對李世民的打擊很可能是致命的。四月十五日，李世民在翠微宮，玄奘陪他談話。李世民感嘆和玄奘相識得晚了，沒有機會參與更多的佛事。到五月上旬感到頭疼，下旬，就崩于宮中。

唐高宗李治繼位，按既定方針辦，對玄奘也還不錯。

玄奘以為自己的時間不多，就加緊譯經。還要收徒，包括一些外國人：日本、朝鮮、印度等。還為一些大官授戒什么的。總之他很忙。顯慶元年二月，玄奘為高宗的婕妤薛夫人落發(fā)授戒。薛夫人是隋文學家薛道衡之女，愿意出家。高宗很尊重薛夫人，就請玄奘為其削發(fā)為尼。

3月，唐高宗為慈恩寺撰寫碑文，高宗有一手好書法。碑落成后，舉行了盛大的儀式，“觀者有百萬余人”。