8月中旬，時任國民政府參政員、中央研究院史語所所長兼北京大學(xué)文科研究所副所長的傅斯年，在同北大、清華、南開等三所大學(xué)校長及學(xué)界名流反復(fù)商討、權(quán)衡后，力主將北大、清華和南開等三校師生撤出平津,在相對安全的湖南長沙組建臨時大學(xué)，這一決定得到了南京國民政府的同意。9月10日，國民政府教育部發(fā)出第16696號令,宣布由北大、清華、南開三校校長蔣夢麟、梅貽琦、張伯苓等三人為長沙臨時大學(xué)籌備委會常務(wù)委員,教育部代表楊振聲為籌委會主任秘書（代表教育部常務(wù)次長周炳琳），籌委會成員每校委派一人，北大胡適，清華顧毓琇，南開何廉。此外還有中央研究院史語所所長兼北大文科研究所副所長傅斯年、湖南教育廳廳長朱經(jīng)農(nóng)、湖南大學(xué)校長皮宗石等，籌委會主席由教育部部長王世杰親自擔(dān)任。9月13日，籌備委員會召開了第一次會議，確定租賃地處長沙市韭菜園原美國教會創(chuàng)辦的圣經(jīng)書院作為臨時校舍，明確院系設(shè)置、組織結(jié)構(gòu)、經(jīng)費分配等事宜。9月28日，開始啟用國立長沙臨時大學(xué)關(guān)防，校務(wù)由三校校長及主任秘書所組織的常務(wù)委員會負責(zé)。

在此之前，由教育部發(fā)出的撤退命令已在平津三校師生中用書信和電報秘密傳達, 早已心力交瘁，翹首以盼的北大、清華、南開三校教職員工和學(xué)生們接到口頭傳達的通知后,紛紛設(shè)法奪路出城，盡快逃離淪于敵手的平津兩地，輾轉(zhuǎn)趕赴湖南長沙——中國現(xiàn)代歷史上最為悲壯的一次文化知識分子大撤退開始了。由于這一決定是在時局激變的緊急情況下倉促做出,因而，此次撤退實際上是一次毫無組織和秩序可言的慌亂大逃亡。