噶爾丹的戰(zhàn)略步驟取得節(jié)節(jié)勝利的同時(shí)，還展開(kāi)了積極的對(duì)俄外交活動(dòng)。在噶爾丹看來(lái)，“和俄國(guó)結(jié)盟才有可能征服蒙古”，因而采取了“北通好于俄羅斯”的方針，力求結(jié)成軍事同盟。沙俄想利用噶爾丹實(shí)現(xiàn)其侵略我國(guó)西北地區(qū)的野心，而噶爾丹則想利用沙俄力量來(lái)牽制清政府，實(shí)現(xiàn)其一統(tǒng)蒙古的政治圖謀，這就是雙方互相接近、進(jìn)而勾結(jié)的共同政治基礎(chǔ)。

康熙十七年（1678）三月，噶爾丹為實(shí)施其“東進(jìn)政策”，即準(zhǔn)備進(jìn)軍青海，理由是和碩特是衛(wèi)拉特蒙古一部，理應(yīng)歸他統(tǒng)轄。清廷得知消息后，即命甘肅提督張勇等整飭軍隊(duì)嚴(yán)加防范，同時(shí)敕諭噶爾丹，要他“堅(jiān)立信誓，不許騷擾人民”。噶爾丹羽毛未豐，未敢與清政府為敵，撤兵而歸。

噶爾丹“東進(jìn)”受挫，心有不甘，便到沙俄尋求支持，找借口打擊與清政府保持臣附與友好關(guān)系的喀爾喀蒙古土謝圖汗。土謝圖汗倉(cāng)促迎戰(zhàn)，初戰(zhàn)即失利，噶爾丹的騎兵乘勢(shì)擊潰車(chē)臣汗和扎薩克圖汗兩部，大肆掠奪土謝圖汗和哲布尊丹巴·呼圖克圖的牧地，致使喀爾喀蒙古諸部蒙受空前浩劫，舉部?jī)?nèi)遷，“潰卒布滿(mǎn)山谷，行五晝夜不絕”。

噶爾丹是從背后向正在抗擊俄國(guó)侵略的蒙古人民猛砍一刀，使他們陷入腹背受敵、兩線(xiàn)作戰(zhàn)的不利地位。噶爾丹占領(lǐng)漠北后，參加尼布楚談判的清朝使團(tuán)不得不中途撤回，影響了清政府在談判中的實(shí)力地位，迫使清廷在談判中對(duì)俄國(guó)做出重大讓步。

清廷很生氣，后果很?chē)?yán)重。噶爾丹與清廷決裂，陷入以戰(zhàn)為主的泥潭。

噶爾丹東進(jìn)初戰(zhàn)告捷，聲勢(shì)大振，沒(méi)想到這時(shí)準(zhǔn)噶爾內(nèi)部發(fā)生內(nèi)訌，嚴(yán)重分裂。僧格之子策妄阿拉布坦和兩個(gè)兄弟長(zhǎng)大成人，噶爾丹視他們?yōu)闇?zhǔn)噶爾汗位的潛在爭(zhēng)奪者，便設(shè)計(jì)暗中加害。策妄阿拉布坦英武非凡、為人機(jī)警，率部眾5000人出逃到額琳哈畢爾噶（今新疆沙灣縣境），接著奪取了噶爾丹的冬營(yíng)地——博爾塔拉，并全殲了噶爾丹率領(lǐng)的追兵。

噶爾丹的死敵楚琥爾烏巴什之子額琳臣率眾投靠清廷。這兩件事打擊了噶爾丹的士氣，他不僅失去了根據(jù)地，而且兵員銳減，只有冒險(xiǎn)進(jìn)入漠南蒙古，劫掠駝馬牛羊，以圖發(fā)展。

清廷經(jīng)過(guò)一系列的精心備戰(zhàn)，康熙二十九年（1690）八月，康熙皇帝決定親征。噶爾丹被沙俄全權(quán)大使戈洛文欺騙和忽悠，親率準(zhǔn)噶爾鐵騎在烏蘭布通與清軍決戰(zhàn)。據(jù)傳教士張誠(chéng)（法國(guó)人讓·弗朗索瓦·熱比?。┑挠涊d，雙方當(dāng)日以大炮火槍互轟開(kāi)始，激戰(zhàn)竟日，以雙方士卒肉搏為止。可見(jiàn)此戰(zhàn)之激烈。最終以準(zhǔn)噶爾軍的潰敗、噶爾丹逃竄而告終。

噶爾丹在烏蘭布通戰(zhàn)敗后，雖曾向清廷認(rèn)罪立誓，但反叛之心猶存。他悄悄在科布多（今蒙古國(guó)西部）集合舊部，并向沙俄乞援，企圖重整旗鼓，東山再起。

康熙三十四年（1695）九月，噶爾丹率騎兵3萬(wàn)，攻入喀爾喀蒙古車(chē)臣汗部，隨后沿克魯倫河?xùn)|下，進(jìn)抵巴顏烏蘭。揚(yáng)言過(guò)冬后，將借俄羅斯鳥(niǎo)槍兵6萬(wàn)，大舉內(nèi)犯。

形勢(shì)嚴(yán)峻，康熙三十五年（1696）二月，清廷發(fā)兵10萬(wàn)，康熙再次親征噶爾丹。兩軍在昭莫多對(duì)壘，清軍幾路夾攻，噶爾丹慘敗。烏蘭布通之戰(zhàn)使噶爾丹喪失了進(jìn)攻的銳氣，而昭莫多之戰(zhàn)使噶爾丹喪失了有生力量，戰(zhàn)后噶爾丹率殘部流竄于塔米爾河流域一帶。史料記載，噶爾丹“困窮已極”，“糗糧廬帳皆無(wú)，四向已無(wú)去路，狼狽不堪，目下掘草根為食”。

噶爾丹因連年征戰(zhàn)，四處樹(shù)敵，處境十分困難。老根據(jù)地伊犁河流域，早已為自己的宿敵策妄阿拉布坦所控制，西歸之路斷絕；想北投奔沙俄，他們視噶爾丹為政治包袱；長(zhǎng)期支持噶爾丹的西藏僧俗上層威懾于清廷的重壓，不敢接納噶爾丹。

噶爾丹在政治上、軍事上山窮水盡，眾叛親離。他“怨恨數(shù)日，飲食俱廢，于十二日頭痛，召丹濟(jì)拉前去，十三日午前身死”，隨從當(dāng)即“夜焚其尸”。

一代梟雄噶爾丹的生命悲劇就此結(jié)束。