從宮中出來(lái)，袁世凱在宮門(mén)口正好撞見(jiàn)他的恩師榮祿。榮祿問(wèn)他：“這么晚了，慰亭來(lái)宮中作甚？”這時(shí)，袁世凱的萬(wàn)人軍隊(duì)正停留在皇城之外，選擇光緒還是選擇慈禧就在一念之間。如果在金鑾殿上，袁世凱還在猶豫不決，見(jiàn)到榮祿之后，他的立場(chǎng)就已經(jīng)明確了，在榮祿的追問(wèn)下，袁世凱告知了事情的始末。9月，慈禧發(fā)動(dòng)政變，囚禁光緒，康有為、梁?jiǎn)⒊荒芴拥絿?guó)外，以譚嗣同為首的“戊戌六君子”慘遭殺害，持續(xù)了三個(gè)多月的維新變法運(yùn)動(dòng)宣告失敗。

值得一提的是，在這件事情上，袁世凱并非后人想象的那么冷酷無(wú)情。戊戌六君子被殺后，他曾在給徐世昌的家書(shū)中寫(xiě)道：“此非弟賣(mài)主求榮，實(shí)緣榮祿是余恩師，遂使忠君之心，而被天良所戰(zhàn)勝，斷送六君子之命，弟之過(guò)也……若然拘囚太后，后世又將責(zé)弟助君為不孝也?！?/p>

從他給徐世昌的家書(shū)中我們看到，袁世凱其實(shí)是處于兩難的境地，對(duì)于戊戌六君子的被害，他也親口承認(rèn)是自己的過(guò)錯(cuò)。

因?yàn)閹椭舜褥?，袁世凱得到了朝廷很高的待遇，他的仕途也越來(lái)越順利。1899年，山東義和團(tuán)起義，義和團(tuán)打著忠君愛(ài)國(guó)的旗號(hào)，焚毀教堂，殺死洋人，當(dāng)時(shí)山東屬于德國(guó)的勢(shì)力范圍，義和團(tuán)的興起讓德國(guó)頭痛不已。起初，慈禧因義和團(tuán)殺洋人滅洋人，感到心中大快，對(duì)義和團(tuán)沒(méi)有進(jìn)行強(qiáng)有力的鎮(zhèn)壓。袁世凱任職山東巡撫后，發(fā)現(xiàn)這樣一來(lái)就激化了中國(guó)和德國(guó)之間的矛盾。為了盡快平息與德國(guó)的矛盾，袁世凱對(duì)義和團(tuán)進(jìn)行了鎮(zhèn)壓。

但另一方面，袁世凱也不是完全維護(hù)洋教徒。他以保護(hù)的名義把西方教會(huì)集中起來(lái)，實(shí)際上是加強(qiáng)對(duì)其監(jiān)管，防止其在中國(guó)再生事端。這個(gè)做法盡管引起了駐扎在山東的外國(guó)使臣的不滿(mǎn)，袁世凱卻仍舊強(qiáng)制執(zhí)行。慢慢地，在袁世凱的治理下，山東出現(xiàn)了一段相對(duì)穩(wěn)定的局面。

可以說(shuō)，在處理山東復(fù)雜局勢(shì)上，袁世凱做得相當(dāng)圓滑。一方面，他通過(guò)鎮(zhèn)壓義和團(tuán)運(yùn)動(dòng)維護(hù)了清廷與各國(guó)之間的關(guān)系，另一方面，他以保護(hù)的名義限制了洋教徒在山東的行動(dòng)，在一定程度上減少了教案的發(fā)生。

義和團(tuán)在山東的活動(dòng)被限制，他們轉(zhuǎn)而攻入直隸，直逼京城。義和團(tuán)隨后殺入天津、北京，這反而給袁世凱帶來(lái)了極大的機(jī)會(huì)。義和團(tuán)所到之處必切斷當(dāng)?shù)厮须娋€(xiàn)，這樣一來(lái)，南方各省與逃至西安的慈禧之間的聯(lián)系就被切斷，各省只能通過(guò)袁世凱這個(gè)“中轉(zhuǎn)站”向朝廷匯報(bào)政務(wù)，朝廷也只能通過(guò)袁世凱向南方各省下達(dá)命令。這個(gè)時(shí)期，袁世凱利用各省與中央政府通訊不便的時(shí)機(jī)，將山東的補(bǔ)給餉銀送到西安，解決了朝廷官僚們的燃眉之急，不僅得到了慈禧的感激和贊賞，連袁的反對(duì)派也對(duì)他連連稱(chēng)贊，一時(shí)間，清朝廷形成了一邊倒支持袁世凱的局面。

袁世凱在山東的出色表現(xiàn)使他進(jìn)一步得到了朝廷的提拔。1901年，李鴻章彌留之際，極力舉薦袁世凱接任自己北洋大臣兼直隸總督的職務(wù)，與其他各省不同，直隸省緊鄰北京，其地位比任何一省的總督都高，幾乎等于“一人之下，萬(wàn)人之上”的位置。擔(dān)任直隸總督期間，袁世凱“一手拿金子，一手拿銀子”，他的身邊聚集了一大批甘心為其奔走的人才，被袁世凱賄賂過(guò)的人上到慈禧太后王宮貴胄，下到普通官員宮女太監(jiān)。袁世凱也因此備受后人詬病。

袁世凱善于用人，更善于收買(mǎi)人。他通過(guò)威逼利誘等手段，苦心經(jīng)營(yíng)著自己的關(guān)系網(wǎng)。擔(dān)任直隸總督期間，袁世凱也曾遭到過(guò)反對(duì)者的彈劾。但是，上到慈禧下到太監(jiān)都被袁世凱收買(mǎi)，在這樣的情況下，反對(duì)者彈劾袁世凱實(shí)在是螳臂當(dāng)車(chē)，毫無(wú)作用。

袁世凱把持朝政多年，直到光緒、慈禧相繼去世，幼帝溥儀即位，一直對(duì)袁世凱心懷不滿(mǎn)的攝政王載灃才下令革除了袁世凱的職位。1908年，袁世凱回到了河南老家靜養(yǎng)休憩，等待再次出山的時(shí)機(jī)。