抗戰(zhàn)期間，潘漢年被任命為第十八集團軍駐滬辦事處主任。他在香港、上海、南京等地周旋于日、偽、頑之間，領(lǐng)導(dǎo)地下黨多次取得重要戰(zhàn)略情報，還在敵戰(zhàn)區(qū)與解放區(qū)之間建立了極為重要的地下交通線。解放戰(zhàn)爭中，為籌備召開新的政治協(xié)商會議，需要組織大批民主黨派領(lǐng)導(dǎo)人、工商業(yè)家、文化界人士，從西南、西北、華中、上海等地秘密轉(zhuǎn)到香港，再租船把他們送往解放區(qū)。夏衍后來說過：“這件事，用現(xiàn)在的話說，完全是由漢年同志‘牽頭’的，事無巨細，從要到華北去參加新政協(xié)的人士們從內(nèi)地到香港起，歡迎、宴請、商談、幫助他們安頓家務(wù)，一直到妥善地送他們上船為止，他無時無刻不為這些事操心?！痹趪矁牲h分裂、合作、再分裂的過程中，在“你中有我，我中有你”之類的斗爭中，潘漢年長期處于特定的環(huán)境下，站在最前沿的陣地上，忠心耿耿地為黨工作了幾十年。

在黨內(nèi)，由于工作關(guān)系，陳云是與潘漢年最熟悉的領(lǐng)導(dǎo)人之一，也是最了解潘漢年的人之一。要論對黨忠誠，陳云深知，潘漢年絕對稱得上“絕無二心”。然而，由于歷史的復(fù)雜性，進入和平時期，潘漢年的歷史軌跡被人為地扭曲了。

新中國成立后，潘漢年留在了他熟悉的上海工作，先后擔(dān)任中共上海市委第三書記、第一副市長等職。到了1955年，厄運降臨到潘漢年頭上。這年，中國大陸反對美蔣“共同防御條約”的熱潮一浪高過一浪，與臺灣敵對勢力的斗爭也進一步升級。潘漢年作為反特前輩、上海市的重要領(lǐng)導(dǎo)人，在公眾面前露了幾次面以后，卻突然以反面人物的形象在中國的政治舞臺上消失了……

1955年1月初，潘漢年以中共上海市委第三書記的身份，在上海市各界代表集會上，號召大家以實際行動粉碎美蔣“共同防御條約”。他鄭重提出：“上海處在解放臺灣斗爭的前線，因此，上海人民在解放臺灣的斗爭中，負有重大的責(zé)任?！?/p>

1955年2月12日，潘漢年在上海市第一屆人民代表大會第二次會議上，當選為上海市第一副市長，陳毅當選為上海市市長。第二天，潘漢年以上海市中蘇友好協(xié)會副會長身份在慶祝中蘇友好同盟互助條約簽訂五周年大會上做報告，他提出號召，要人們“堅決完成我國第一個五年計劃第三年的巨大任務(wù)，以實際行動支持解放臺灣的正義斗爭，粉碎美帝國主義的侵略計劃和戰(zhàn)爭政策，保衛(wèi)遠東和世界和平。”

1955年3月15日，潘漢年以副市長身份在上海中蘇友好大廈，主持了“蘇聯(lián)經(jīng)濟及文化建設(shè)成就展覽會”開幕式。開幕式上，他仍提出，上海人民要以實際行動響應(yīng)毛主席的號召，來進一步鞏固中蘇兩國的偉大友誼，為支援人民解放軍解放臺灣、保衛(wèi)世界和平、反對美國侵略而奮斗，為把我們的祖國建設(shè)成為一個偉大的社會主義國家而奮斗。

“問題”出在4月。

1955年4月初，潘漢年在全國性的黨代表會議期間，以他對黨的坦誠，主動向黨組織交代了他在抗戰(zhàn)期間的一次經(jīng)歷：一次去敵占區(qū)工作時，被人挾持到南京，會見了汪精衛(wèi)。沒想到的是，潘漢年的坦誠，成了他被打成“內(nèi)奸”的導(dǎo)火線。

本來是在特殊斗爭環(huán)境中發(fā)生的一件歷史陳案，又是潘漢年自己主動交代的，按黨的原則不應(yīng)成其為“問題”。但是，在那種特殊的年代，特殊的背景下，潘漢年作為長期在復(fù)雜的隱蔽戰(zhàn)線工作的高級干部，被放到了黨內(nèi)肅反工作中去考查。很快被懷疑為“內(nèi)奸”遭到逮捕。

當年7月，就在全國人大常委會宣布潘漢年因為已經(jīng)發(fā)現(xiàn)“有進行反革命活動的證據(jù)”而被逮捕審判后，有的不明真相的代表在全國人大一屆二次會議期間提出：要求大會建議政府對“反黨反人民”的潘漢年等人“予以嚴厲懲處”。不明真相的“人民代表”，居然將昔日的人民功臣當成了“隱藏在人民內(nèi)部的反革命分子”。