錢玄同和黃侃師出同門，黃侃被稱為“章門天王”，錢則被稱為“章門南王”，章太炎在其《自撰年譜》“宣統(tǒng)二年條”中說：“弟子成就者，蘄黃侃季剛，歸安錢夏季中，海鹽朱希祖逖先?！秉S侃反對白話，戲呼錢玄同為“錢二瘋子”，有詩戲之曰：“芳湖聯(lián)蜀黨，浙派起錢瘋?！?/p>

錢玄同寫給兒子錢三強的條幅1932年，章太炎在北京講學，錢玄同對老師畢恭畢敬，親自擔任翻譯，因為章的浙江話，很多北方同學聽不懂。一次，錢、黃二人在章太炎住處的客廳里相遇，與在座客人一起等候老師出來，黃侃忽呼錢玄同曰：“二瘋！”錢玄同聞之不悅。黃侃繼續(xù)說道：“二瘋！你來前！我告你！你可憐?。∠壬瞾砹?，你近來怎么不把音韻學的書好好地讀，要弄什么注音字母、白話文?！眱扇擞谑菭庌q起來，最后錢玄同大怒之下，拍案厲聲曰：“我就是要弄注音字母！要弄白話文！混賬！”于是雙方吵了起來。章太炎聞聲，連忙出來排解，哈哈地笑著說：“你們還吵什么注音字母、白話文，快要念‘アイウエオ’了??！”

又在《致潘景鄭書》中寫道：“季剛兄作古，聞之心痛。弟與季剛自己酉年訂交，至今已廿有六載。平日因性情不合，時有違言。唯民國四五年間商量音韻，最為契合。廿一年之春于余杭師座中一言不合，竟至斗口。豈期此別竟成永訣。尤今思之，吾同門中精于小學文辭如季剛者有幾人耶？”由此可見，錢、黃二人，雖因“性情不合，時有違言”，但錢對黃還是心懷敬重的。

當外在的壓力消失，個人也跨過激昂漸漸冷靜成熟，不惑之年的錢玄同曾說自己從前種種過激的言論“十之八九都成懺悔之資料”。1919年后，錢玄同決意退回書齋，專攻語言文字研究。錢玄同編著的《文字學音篇》是我國高等院校漢語音韻學課程最早的一部教材，但錢玄同對這部教材不甚滿意，說其“百孔千瘡”、“多一個人看見，就使我心中加一分難受”，常說要修改，不愿公開出版。但該書的影響實在太大，不僅北大校內，校外也有很多人來買，所以一版再版。1921年這部講義重印時，錢玄同在《文字學音篇·再版序》里自己列出了該書的六條不足。

錢玄同在北大主講文字學時，上課從來不帶書本，除粉筆之外，身無長物，口講指畫，滔滔不絕。一個字的含義，往往要解釋好幾個小時，隨口引證《說文解字》、《爾雅》，原原本本，絕無差錯。

錢玄同生性狂狷，治學不守“家法”。作為古文派大師章太炎的入室弟子，錢玄同有非常高的古文經(jīng)學造詣，然而后來他又拜今文經(jīng)學大師崔適為師，并自稱“乃始專宗今文”。但據(jù)實來說，對于古文和今文，錢玄同都是“離經(jīng)叛道”之徒。章太炎就曾因為錢玄同學習今文經(jīng)學和提倡白話，戲稱錢“畔師”。20年代初，錢玄同和大學剛畢業(yè)的顧頡剛討論今古文，以《聊齋志異》上的故事舉例，說明他們這一代學人治學應該有的態(tài)度。書生桑生先后接納了兩名女子，這兩個不安分的女人，老是互相攻擊，一個說對方是鬼，一個說對方是狐，桑生起初以為她們只是妒忌，說著玩玩，經(jīng)過一段時間的考驗，發(fā)現(xiàn)她們果然是鬼是狐，事實證明兩個女人說得都對。這個故事正好可以用來面對今古文之爭。今文學家說古文經(jīng)過劉歆偽造，說的是對的；古文學家說今文不符合孔子的意思，也是對的。因此，現(xiàn)代學人今天要做的事情，就是用古文學家的觀點來批評今文學家，用今文學家的觀點來批評古文學家，從相互指責之中，把各自的假面目戳破。