大會討論《中國國民黨總章》時，圍繞著通過黨內合作方式實現國共合作的關鍵問題展開了尖銳的斗爭。右派分子把阻撓國共合作的破壞活動帶到大會上，提出“本黨章程應規(guī)定不許黨內有黨，黨員不許跨黨”。李大釗當即批駁右派分子的叫囂，他在發(fā)言和散發(fā)的《意見書》中義正詞嚴地宣稱：“我們參加本黨而兼跨固有的黨籍，是光明正大的行為，不是陰謀鬼祟的舉動。”因為“我等之加入本黨，是為有所貢獻于國民革命的事業(yè)而來的”。對于共產黨員加入國民黨的“猜疑防制，實為本黨發(fā)展前途的障礙，斷斷乎不可不于本黨改造之日明揭而掃除之”。國民黨左派廖仲愷等贊同共產黨人的意見，堅持了孫中山的聯(lián)共方針，指出“想要打倒帝國主義，非與共產黨親善不可”。強調了共產黨員加入國民黨的重要意義——“此次彼等之加入是本黨一個新生命……是與我們同作國民革命工夫的。”《北京代表李大釗意見書》。大會最后表決，同意共產黨員和社會主義青年團員以個人資格加入國民黨。共產黨人同國民黨左派并肩戰(zhàn)斗，挫敗了國民黨右派分子的卑鄙伎倆。中國國民黨由此獲得新生，從一個“非民權的集中制”的、“黨員不奮斗”的、“缺乏紀律，不能收一致行動之效”的松散組織，改造成為“實行民權的權力集中，以為團體奮斗”的、“黨律既嚴”的革命政黨《中國國民黨第一次全國代表大會紀事錄》。。中國國民黨的面貌為之一新，成為工人、農民、小資產階級和民族資產階級的聯(lián)盟形式。

大會選舉了中央執(zhí)行委員和中央監(jiān)察委員，組成新的中央領導機構。國民黨左派廖仲愷等和共產黨人李大釗、毛澤東、譚平山、瞿秋白、林祖涵等被選為中央執(zhí)委或候補執(zhí)委。中央監(jiān)委的不少名額則為右派分子占據。在中央執(zhí)委、監(jiān)委首次全體會議上，組建了中國國民黨中央黨部。譚平山、林祖涵分任組織部長、農民部長，毛澤東任代理宣傳部長。會議還決定在上海、北京、漢口等特別區(qū)成立執(zhí)行部，指導和監(jiān)督當地黨務。中央黨部下設省、市、縣、區(qū)和海外黨部、特別黨部，而以區(qū)分部為基層組織。由于中央領導機構注入了新血液，黨的健全體制基本確立。因而使得中國國民黨獲得了前所未有的、健康的發(fā)展。

中國國民黨第一次全國代表大會的勝利召開，是孫中山和他的戰(zhàn)友們忠實于愛國主義、民主主義以及與時俱進的結果，也是中國共產黨和國際無產階級積極幫助、支持的結果，又是對國民黨右派分子進行斗爭的結果。大會取得了巨大成果，以至具有歷史里程碑的意義——既是國共合作正式形成的標志，又是國民革命走向高潮的起點。