護(hù)法軍政府的活動(dòng)取得了一定的成果，幾個(gè)月內(nèi)就有十多個(gè)省份卷入了這場(chǎng)捍衛(wèi)共和的斗爭(zhēng)，“如火如荼，一日千里”《張開儒致唐繼堯電》，云南檔案館藏。。但是，西南軍閥——特別是盤踞廣東的桂系卻加強(qiáng)了對(duì)孫中山領(lǐng)導(dǎo)的軍政府的干擾、壓制和打擊。陸榮廷、唐繼堯之流完全是“借護(hù)法之名，收蠶食鷹攫之效”《章太炎年譜長(zhǎng)編》上冊(cè)，第580頁。。他們與捍衛(wèi)共和的事業(yè)是背道而馳的。所以，他們從一開始就反對(duì)“另設(shè)政府”，說什么“元帥名義，尤滋疑義”。廣東督軍署從內(nèi)政、財(cái)政和對(duì)外交涉方面極力壓制軍政府，財(cái)政限扼尤為狠毒，不僅不予資助，反而竭力攘奪。軍政府千方百計(jì)爭(zhēng)取到的鹽稅余款，莫榮新卻強(qiáng)要截取，“經(jīng)人調(diào)和，始指定用途……軍政府經(jīng)費(fèi)，依然無著”?！犊偫砣废聝?cè)，《文電》，第130頁。軍事方面的挾制十分嚴(yán)重，陰謀使軍政府無“軍”可用。軍政府的募兵人員，屢遭捕殺。對(duì)于粵軍的發(fā)展，更是諸多束縛和壓迫。甚至誘捕軍政府陸軍總長(zhǎng)張開儒，槍殺了次長(zhǎng)崔文藻。此外，還以金錢軟化和收買南下的海軍。1918年初，西南軍閥和政客又組織西南聯(lián)合會(huì)議，企圖架空或取代軍政府。奸計(jì)未能得逞后，進(jìn)而脅迫國(guó)會(huì)非常會(huì)議通過《軍政府改組大綱修訂案》，悍然改組軍政府，以合議制取代大元帥制，選舉唐紹儀、唐繼堯、孫中山、伍廷芳、林葆懌、陸榮廷和岑春煊為政務(wù)總裁。不久，又推舉臭名昭彰的官僚政客岑春煊為主席總裁。孫中山遭到排斥，軍政府的民主主義性質(zhì)改變，喪失了捍衛(wèi)共和的作用，淪為桂系軍閥的工具。顯而易見，壓制并最終扼殺軍政府的主要罪魁就是陸榮廷等桂系軍閥頭子。

當(dāng)然，孫中山同桂系軍閥進(jìn)行了堅(jiān)決的斗爭(zhēng)。這種限制與反限制的矛盾，貫穿于孫中山領(lǐng)導(dǎo)的軍政府存在的始終，甚至幾乎激化為武裝沖突。軍政府建立不過兩個(gè)月，桂系軍閥的窮兇極惡的行徑迫使孫中山忍無可忍，下令海軍炮擊廣東督軍駐地觀音山，以驅(qū)除陳炳焜。由于程璧光拒絕執(zhí)行命令，對(duì)桂系軍閥的懲罰未能實(shí)行。孫中山在后來舉行的招待會(huì)上申明炮擊督署的用意：“實(shí)所以表公道，伸不平，而使軍政府自辟其生路也。”上海《民國(guó)日?qǐng)?bào)》1918年1月17日。并指出陳炳焜督粵時(shí)尚“謂聽軍政府自生自滅”，而莫榮新取代陳炳焜后，“只許自滅，不許自生”。對(duì)于軍政府的改組，孫中山認(rèn)為是關(guān)乎軍政府的極為嚴(yán)重的“存亡問題”。斷言“軍政府基礎(chǔ)已搖，日后必?zé)o進(jìn)步可言”。表示“根本反對(duì)，即于改組后有欲以為總裁者，亦決不就之”。邵元沖：《總理護(hù)法實(shí)錄》，載《建國(guó)月刊》第1卷第3期。當(dāng)國(guó)會(huì)非常會(huì)議在軍警包圍下于1918年5月4日通過《軍政府改組修正案審查報(bào)告》后，孫中山立即向國(guó)會(huì)辭去大元帥職并發(fā)表通電，追述了護(hù)法運(yùn)動(dòng)的短促過程，痛切地指出發(fā)人深省的事實(shí)：“顧吾國(guó)之大患，莫大于武人之爭(zhēng)雄。南與北如一丘之貉。雖號(hào)稱護(hù)法之省，亦莫肯俯首法律及民意之下。”表示“仍愿以匹夫有責(zé)之身，立于個(gè)人地位，以盡其扶助民國(guó)之天職”。原件，云南檔案館藏。下旬，孫中山離開廣州。第一次護(hù)法運(yùn)動(dòng)至此告終。軍政府雖然還存在了兩年多，而孫中山也曾為免使“岑、陸等一致主和”而派遣徐謙為自己的代表，但軍政府已為岑春煊、陸榮廷等所把持，“假護(hù)法之名，行害民之實(shí)”。1919年8月，孫中山堅(jiān)決辭去總裁職務(wù)：“決不與之共飾護(hù)法之名，同當(dāng)誤國(guó)之罪。”原件，云南檔案館藏。

迫于形勢(shì)，孫中山離穗赴滬。