近年，他在大陸累計出版了《華夏邊緣—歷史記憶與族群認同》（社會科學文獻出版社，2006）、《楚鄉(xiāng)悲歌：項羽傳》（廣西師范大學出版社，2007）、《羌在漢藏之間—川西羌族的歷史人類學研究》（中華書局，2008）和《游牧者的抉擇：面對漢帝國的北亞游牧部族》（廣西師范大學出版社，2009）、《尋羌：羌鄉(xiāng)田野雜記》（中華書局，2009）、《英雄祖先與弟兄民族：根基歷史的文本與情境》（中華書局，2009）。此間，王明珂還整理出版了史語所前輩黎光明、王元輝合著的《川西民俗調查記錄1929 》（原名為《川康民俗調查報告》）。

王明珂試圖建立一種歷史知識，讓當下所有的漢族與少數(shù)民族都對自身在歷史上的存在有深入了解，從而知道如何珍惜及改進社會現(xiàn)實，進而讓整個體系具有自我調節(jié)的功能。但以“歷史記憶”來研究族群認同與歷史的努力也招致了懷疑：有臺灣史學前輩質疑，“歷史怎么會是人們想什么就是什么”；也有人類學者不認為王明珂研究的是歷史人類學，因為“西方歷史人類學者沒研究這些問題”。王明珂在羌寨多次聽到“毒藥貓”（一般指有毒、有巫術的人，多為女性）的傳說，他發(fā)現(xiàn)這事實上是人們創(chuàng)造的一個內部敵人，作為代罪羔羊以化解群體內部的緊張與敵對，這是人類凝聚我族的慣用伎倆。王明珂想創(chuàng)作一套完整的“毒藥貓理論”，同時，他自己無懼于各學科的主流權威，寧愿做一個有主動穿越、破壞邊界能力的毒藥貓。