李克農(nóng)從重慶回延安時(shí)，經(jīng)過(guò)胡宗南部隊(duì)駐防的陜西潼關(guān)。國(guó)民黨見(jiàn)了李克農(nóng)這樣一位共產(chǎn)黨的情報(bào)要員豈能放過(guò)，胡宗南部隊(duì)將李克農(nóng)扣押起來(lái)。此時(shí)，李克農(nóng)昔日在中統(tǒng)臥底時(shí)的上司徐恩曾正好在潼關(guān)主持反共，為報(bào)被李克農(nóng)臥底的一箭之仇，他力主把這位昔日的對(duì)手關(guān)進(jìn)集中營(yíng)。

李克農(nóng)被扣押的消息，很快被遠(yuǎn)在重慶的周恩來(lái)獲悉。當(dāng)時(shí)還是國(guó)共合作抗日時(shí)期，經(jīng)過(guò)周恩來(lái)的緊急交涉，李克農(nóng)被關(guān)押了一天兩夜之后，徐恩曾不得已將他“押解出境”。

1941年初春，李克農(nóng)終于回到了他做夢(mèng)都想去的延安。毛澤東親自接見(jiàn)了李克農(nóng)，一見(jiàn)面，毛澤東就握著他的手風(fēng)趣地說(shuō)：“你們?cè)┘衣氛?，我還以為你回不來(lái)了。”幾天后，毛澤東在他住的窯洞請(qǐng)李克農(nóng)一家人吃飯，讓朱德作陪。喜歡開(kāi)玩笑的毛澤東問(wèn)李克農(nóng)的孩子李冰、李倫：“小鬼，你知道你爸爸是干什么的嗎？”兩個(gè)孩子搖搖頭。毛澤東笑著說(shuō)：“你爸爸是個(gè)大特務(wù)。不過(guò)他是共產(chǎn)黨的大特務(wù)，大功臣?！?/p>

毛澤東親自提名，讓李克農(nóng)擔(dān)任中央社會(huì)部副部長(zhǎng)。中央社會(huì)部成立于1939年2月，部長(zhǎng)是康生，其主要任務(wù)是承擔(dān)情報(bào)與保衛(wèi)工作。社會(huì)部下設(shè)偵察、情報(bào)、無(wú)線電通訊等業(yè)務(wù)部門(mén)，另設(shè)干部管理部、辦公室、秘書(shū)處。一方面要防止敵特混入黨內(nèi)，另一方面要派人打入敵人內(nèi)部。

1941年9月，中共中央和中央軍委決定成立中央情報(bào)部。部長(zhǎng)由康生兼任，李克農(nóng)擔(dān)任副部長(zhǎng)?？瞪侵醒胝尉治瘑T，延安整風(fēng)運(yùn)動(dòng)開(kāi)始后，他全力抓整風(fēng)工作，因此中央社會(huì)部和中央情報(bào)部的常務(wù)工作，實(shí)際上都是由李克農(nóng)負(fù)責(zé)。

1945年8月，日本宣布無(wú)條件投降?？箲?zhàn)勝利后，蔣介石三次致電毛澤東，要他到重慶談判。當(dāng)時(shí)黨內(nèi)很多人不主張毛澤東去，因?yàn)閾?dān)心蔣介石加害他。張學(xué)良被軟禁南京，李濟(jì)深、胡漢民被囚禁湯山，就是最好的證明。但如果不去，蔣介石會(huì)說(shuō)共產(chǎn)黨沒(méi)誠(chéng)意，把內(nèi)戰(zhàn)的責(zé)任推到共產(chǎn)黨身上。蔣介石還提出派專(zhuān)機(jī)赴延安，由美國(guó)駐華大使陪同去請(qǐng)毛澤東。

毛澤東決定去重慶。8月28日下午，毛澤東、周恩來(lái)、王若飛登機(jī)前往重慶，李克農(nóng)到機(jī)場(chǎng)送別：“主席，請(qǐng)多保重！”由于此前李克農(nóng)的情報(bào)部門(mén)一直制造“毛澤東不去重慶”的假象，國(guó)民黨特務(wù)以及聯(lián)絡(luò)參謀周勵(lì)武、羅伯倫給蔣介石的密報(bào)也是“毛澤東不會(huì)來(lái)重慶”。當(dāng)幾小時(shí)后毛澤東出現(xiàn)在重慶北碚機(jī)場(chǎng)時(shí)，蔣介石有點(diǎn)措手不及，大罵軍統(tǒng)、中統(tǒng)：“廢物！全廢是物！”