1904年7月3日，科學補習所正式成立。呂大森任所長，胡宗畹任總干事，曹亞伯任宣傳，時功璧任財政，宋教仁任文書，康建唐任庶務，軍營和學堂都設干事。參加科學補習所的革命活動者，還有朱子淘、陳從新、雷天壯、毛復旦、李勝美、歐陽瑞華、王漢、易本羲、田桐、余誠、季雨霖、孫武等人。其中有些人同時還是華興會的會員。由于科學補習所表面是一所補習學校，它的師生并非全部都是革命黨人，但不少人是在這里開始接觸到反清革命思想的。

科學補習所正式成立時，到會者三十余人，其中“以各學堂及各軍營中人為最多”。稍后，所址移至魏家巷。

科學補習所對外是一所補習學校，主要招收在校學生進行課余補習，每逢星期日由教員輪流講授史地、數學、外語、理化、衛(wèi)生。科學補習所的章程標明其宗旨為“集合省同志，取長補短，以期知識發(fā)達無不完全”，但實際上，它是革命黨人賴以聚集同志進行革命宣傳，組織革命活動的重要機構。

科學補習所的一項重要活動，便是招待“遠來愿入學堂及入營者”，代為安置一切。當時，劉靜庵在新軍馬隊營管帶黎元洪處當書記，了解招兵情況?？茖W補習所便大量介紹知識分子進入行伍。據曹亞伯《武昌革命真史》一書記載，胡宗畹還招來會黨分子，介紹入伍。會黨分子入伍前，必須接受密約，“謂吾漢人四萬萬，亡國于滿清之手，已二百數十年，受盡苦痛，諸君此次入伍，務學成健兒，待時機至，起而革命，光復漢族，為一定之宗旨”。密約中的排滿革命說教，雖然簡單狹隘，但它體現了聯絡會黨的一種新方式。這就是，革命黨人突破會黨的組織，對其成員直接進行初步教育和約束，并送至新軍中去接受訓練。

胡宗畹派易本羲回湘籌措經費，因而得知黃興正在組織長沙起義，科學補習所遂決定響應。此后，胡宗畹被推為華興會鄂分部總理，呂大森為施南及四川分部總理，負責組織響應。當時，已經是7月，離長沙起義時間已經不遠，呂大森便偕康建唐赴施南。胡宗畹負責武漢方面的指揮，派何自新赴荊宜，周維楨、張榮楣赴四川聯絡會黨，宋教仁赴長沙與黃興聯絡，武漢的軍隊和學堂都派有專人負責運動。華興會購買的槍械彈藥，也由胡宗畹、王漢去江西湖口運來。胡宗畹與劉靜庵等集議：得到長沙發(fā)難的消息，就先殺死張之洞、張彪等人，王漢刺張之洞，易本羲刺張彪，李勝美率工程營劫火藥庫，劉靜庵督率前衛(wèi)營為接應。

響應的準備工作正緊張進行時，長沙華興會機關被查抄，科學補習所與華興會的關系暴露?？茖W補習所得到長沙方面的密電，急忙布置隱蔽。胡宗畹、王漢將槍械埋藏在漢陽鸚鵡洲，劉靜庵銷毀所內文件，張難先通知成員躲避。10月28日，張之洞得湘撫電報，連夜派兵搜查魏家巷所址，結果一無所獲，僅探聽到租房人是由文普通學堂 學生歐陽瑞驊。當時，梁鼎芬仍然主持學務處，由于補習所師生大多是學堂師生，他怕案情擴大于己不利，便向張之洞說情，僅將歐陽瑞驊和已離校的宋教仁二人開除了事。