重回海軍受阻，劉華清于1965年1月被任命為第六機械工業(yè)部副部長兼艦艇研究院院長。

1966年，“文革”禍起。國防科委首當其沖，五位副主任不是被罷官，就是遭批斗，無一幸免。危難之際，身兼中央軍委副主席、國務院副總理和國防科委主任的聶榮臻元帥急令劉華清到國防科委工作，并當面告訴他：“命令怎么下，我去跟林彪商量?！?/p>

1966年8月，劉華清就任國防科委副主任。來不及辨識“風向”，他就像消防隊長似的，一頭扎進勸導成千上萬來京“造反”的師生隊伍中，很快便引火燒身，難以自拔。

羅舜初副主任被北京航空學院造反派揪到學校批斗，關押月余仍不放人。劉華清使盡渾身解數(shù)，終于將羅解救出來。

西安電訊工程學院師生要把獨腿將軍鐘赤兵副主任押往西安批斗。劉華清聞訊，火速出面斡旋，化解危機。

動亂不止，登峰造極。11月初，斗爭矛頭直指聶榮臻元帥。劉華清再次受命出面平息事態(tài)，卻被造反派作為“人質”扣押。葉劍英元帥得知情況，幾次派人給劉華清捎信，叮囑他一定要頂住，千萬不能干擾正在前方指揮氫彈科研試驗的聶榮臻元帥。劉華清死頂硬撐，困了就用稻草鋪地和衣而臥，甚至借“尼古丁”排憂解乏，從此染上“煙癮”。一直相持到1967年元旦過后，聶帥從西北返回北京，得知劉華清還被造反學生死死糾纏不得解脫，便毅然決定親自出面與學生交涉。中央“文革”領導小組要員聞訊，不得不派出陳伯達等人陪同前往現(xiàn)場，劉華清才得以返回工作崗位。

極“左”歲月，滄海橫流，令劉華清這條山鄉(xiāng)漢子忠誠老實與襟懷坦蕩的人格本色大放異彩。與造反派對話，他有問即答，答則必錯，錯即挨批。如此惡性循環(huán)，他仍“不思悔改”。矛盾與斗爭的焦點往往糾結在如何評價聶榮臻元帥，由此導致的兩次典型事件甚至驚動了周恩來總理。

一次是1967年在國防科委大院毛主席塑像落成典禮上。劉華清講話稱，聶榮臻同志是高舉毛澤東思想偉大紅旗的，從歷史上看是緊跟偉大領袖毛主席的，是堅持毛主席革命路線的，對國防科研是有貢獻的。造反派將其講話概括為“一貫高舉、一貫緊跟、一貫正確”，驟然升溫對聶榮臻的批判。周總理知道后，馬上把劉華清找去，囑咐他不要給聶帥“幫倒忙”。