吉本在這次會議上吃到了一顆軟釘子，但他堅信自己的方向是正確的，于是繼續(xù)改進各方面的細節(jié)。到1938 年, 在39次動物實驗中，已有13 次可以獲得存活，這在當時已是極為可貴的紀錄了。吉本詳細記錄分析著每一只動物的死亡情況，發(fā)現(xiàn)死亡的主要原因是低血壓、休克和低氧血癥。問題總是隨著實驗的逐步深入而漸次浮出水面，那就一個一個地啃好了。雖然在當時，也有別的科學家為完善心肺機作出了貢獻，但相關的最主要的難題多是由吉本解決的。高處不勝寒，這個孤獨的領軍人物在這一布滿未知困難的領域里披荊斬棘，躑躅而行。

1942 年，就在吉本參軍前夕，他已經(jīng)建成了稍大一些的體外循環(huán)機。在軍隊期間雖然無法繼續(xù)自己的研究，但是他一刻也不曾停止對這一問題的思考。戰(zhàn)火的洗禮使他更加堅定了自己的信念。1946 年，杰斐遜醫(yī)學院將吉本聘為外科學教授，并讓其負責外科學研究工作，這樣他又有了許多外科住院醫(yī)師作為幫手，繼續(xù)人工心肺機的改進。他的堅持與階段性的成果終于使其獲得了部分人的認可，在此期間他得到了美國國立衛(wèi)生研究院（NIH）的資助，并受到IBM公司負責人湯姆·華森 （Thomas Watson）的賞識。得益于這兩大巨頭的經(jīng)濟和技術支持，吉本如虎添翼，打算大干一番了。有錢了，自然可以鳥槍換炮，實驗動物也由貓改成了狗，吉本開始測試其最新制成的大容量心肺機的實驗效果了。雖然實驗過程中的主要問題還是由吉本負責，但IBM強大的技術力量為其助力頗多，又兼結合了其他同道的合理建議，人工心肺機在這一階段得到了極大改進。

當時需要攻克的技術難點包括心肺機血流調(diào)節(jié)的精度問題，為抗凝血而加入的肝素與血液的比例問題，混合氣體的比例問題，減少溶血的問題，防止各種血栓進入血管的問題，如何選擇適當麻醉劑的問題……甚至器械拆卸、清洗、消毒、裝配等瑣碎的問題均須一一加以解決。這些問題（遠非全部）羅列到一起，普通人看著都要頭暈的，可吉本卻憑著過人的智慧與精力與它們死磕。

經(jīng)過對死亡動物的詳細研究，吉本發(fā)現(xiàn)，一個極主要的死亡原因是臟器里的小血栓形成。這使吉本意識到，在血液回到動物體內(nèi)之前，需要一個過濾器來去除轉(zhuǎn)流過程中形成的栓子。開始，他們用動物的肺組織充當濾網(wǎng)，但這一招似乎沒有奏效，實驗動物還是死。而后，他們選用了一種人工材料的濾網(wǎng)，才使這一問題得以解決。