當袁世凱回老家的時候，北洋大臣交給了直隸藩司吳重熹護理。袁世凱回到天津后，就上書請求接回印綬，接到的圣旨是：

袁世凱著派充督辦商務大臣，與張之洞會同辦理，并會議各國商約事宜。欽此。

十一月初九，又接到圣旨：

現在八旗挑選兵丁已逾萬人，著派魁斌、溥倫、桂春、景灃、榮慶、鐵良于所挑人數內，再行挑選四千人，并著姜桂題隨同遴選。所挑之人數，先派三千人交袁世凱認真訓練，期成勁旅；其未經挑入之兵丁，如有尚堪充選者，著一并記名。俟著有成效，再行輪次分派前往，俾資練習。欽此。

袁世凱接到訓練八旗兵丁的圣旨后，就入京陛見，袁世凱在回答皇帝提出的問題時說，沒有軍隊就無法立國，全國除湖北省之外，各省的軍制都還是以前的舊制，只是在浪費國家的錢財，必須各省通力協(xié)作才行。這時西太后把袁世凱看做股肱心腹，所以對他言聽計從。于是下詔：

練兵之道，最忌紛歧，曾經迭次降旨，飭各省督撫整頓兵制，期歸一律。乃近來各省奏報，仍多搪塞，絕少切實辦法，殊難望有成效。查北洋、湖北訓練新軍，頗具規(guī)模，自應逐漸推廣。所有河南、山東、山西各省，著速即選派將弁頭目，赴北洋學習操練。江蘇、安徽、江西、湖南各省，選派將弁頭目，赴湖北學習操練，成后即發(fā)回各原省，令其管帶新兵，認真訓練，以資得力而期畫一。每年由湖北、北洋請旨簡派大員，分往校閱，按其優(yōu)劣，嚴加甄別，用副朝廷整飭武備，實事求是之至意。其詳細章程，著袁世凱、張之洞妥議會奏，請旨遵行。欽此。

十一月二十七日又下旨：

正陽門工程，著派袁世凱、陳璧核實查估修理。欽此。

十二月十七日又下旨說：

前因電務為軍國要政，應歸官辦，已諭令袁世凱、張之洞籌還商股，將各電局悉數收回，候派大員經理。著即派袁世凱為督辦大臣，直隸布政使吳重熹，著開缺以侍郎候補，派為駐滬會辦大臣。該局改為官辦之后，其原有商股不愿領回者，仍準照舊合股，朝廷于維持政體之中，仍寓體恤商情之意。該大臣等務當通籌全局，認真辦理。將從前積弊，一律剔除，以期上下交益。欽此。

清光緒二十九年（ 1903 ）正月，朝廷下旨云：

三載考績，為國家激揚大典，京內外滿漢諸臣，有能恪供職守，勞績最著者，允宜特加甄敘，以示優(yōu)異。茲當京察屆期，吏部開單奏請，朕詳加披閱……直隸總督袁世凱……盡心規(guī)畫，勞怨不辭，均著交部議敘。欽此。