袁世凱接到朝鮮政府的求救公文后，立即轉(zhuǎn)告給了李鴻章。李鴻章會(huì)同總理衙門上奏給了清政府。清政府要求李鴻章馬上籌備部署，調(diào)兵幫助剿滅叛亂。李鴻章接到朝廷的旨意后，立即派遣直隸提督葉志超率領(lǐng)太原鎮(zhèn)總兵聶士成，挑選了3000名精銳部隊(duì)，乘坐招商局的汽船從牙山登陸。直到6月7日，清朝公使汪氏才依照《 天津條約 》的規(guī)定，出示了清廷出兵的圣旨，通知我日本國(guó)清朝已出兵朝鮮。清朝公使在給日本國(guó)的照會(huì)文書中說(shuō)，清朝此次出兵的目的，是為了保護(hù)自己的藩屬國(guó)。數(shù)十年來(lái)，我日本國(guó)與清朝之間一直懸而未決朝鮮的問(wèn)題，其實(shí)就是在這個(gè)時(shí)候開始產(chǎn)生的。因?yàn)槲胰毡緡?guó)認(rèn)為朝鮮是個(gè)主權(quán)國(guó)家，而清朝認(rèn)為朝鮮是其藩屬國(guó)。袁世凱歷年來(lái)，一直在朝鮮扶植清朝的勢(shì)力，剝奪我日本國(guó)在朝鮮的權(quán)利，我日本國(guó)雖然在朝鮮的利益日益退縮，但是從來(lái)沒(méi)有片刻忘記這一點(diǎn)。再加上金玉均被刺殺的事情，又讓我日本國(guó)的國(guó)民極為憤怒。這些遠(yuǎn)因和近因交織在一起，所以當(dāng)時(shí)我日本國(guó)的國(guó)民都有躍躍欲試出兵朝鮮的想法。清朝料定日本政府不會(huì)出兵，卻不知道我日本國(guó)年年強(qiáng)化軍事建設(shè)，等待這樣的時(shí)機(jī)已經(jīng)很久了。日本政府在未接到清朝的通知之前，就已經(jīng)決定在6月2日出兵。所以清朝公使在給日本國(guó)的照會(huì)文書中仍稱朝鮮為清朝的藩屬國(guó)的時(shí)候，我日本國(guó)外部嚴(yán)詞拒絕，絕不承認(rèn)朝鮮是清朝的藩屬國(guó)。日本駐守朝鮮的大鳥公使當(dāng)時(shí)剛好回到日本，直接乘坐八重山艦到達(dá)朝鮮，并于當(dāng)月10日抵達(dá)朝鮮京城。12日，第五師團(tuán)混成旅團(tuán)的先鋒部隊(duì)1000多人，從仁川登岸，真奔朝鮮京城，并駐扎在朝鮮京城。隨后，馬隊(duì)、步兵、炮兵、工兵以及大量裝別輜重，都陸續(xù)渡海來(lái)到朝鮮。

東學(xué)黨的叛亂沒(méi)多久就被鎮(zhèn)壓。袁世凱見到日本的軍隊(duì)源源不斷地輸送到朝鮮，就多次和日本大鳥公使商議，說(shuō)朝鮮的叛亂已經(jīng)平定，按照《 天津條約 》的規(guī)定，日清兩國(guó)必須同時(shí)撤兵。大鳥公使以當(dāng)時(shí)局勢(shì)尚未穩(wěn)固，軍隊(duì)還在路上為由，隨意敷衍了袁世凱幾句，但是軍隊(duì)仍然繼續(xù)渡海前往朝鮮，沒(méi)有任何停止的意思。袁世凱非常驚恐，摘錄部分他給李鴻章的電報(bào)于下：

袁電一：

前與大鳥約訂，華不加兵，日續(xù)到兵稍憩即回，今卸完船回，兵將久駐。且韓余匪，以數(shù)百兵可除，何須五千兵久駐，韓人迭以公法條約駁詰，各國(guó)員亦迭詰，均不理，惟稱護(hù)館，自屬狡誕。各洋人亦謂華應(yīng)預(yù)備，未可信日，乞籌備。但日知今年慈圣慶典，華必忍讓。倘見我將大舉，或易結(jié)束，否則非有所得不能去也。然前言俱食，后言何可信。況日廷意在脅韓，鳥自不能主。且日本圖韓，蓄意已久，恐非口舌能了，似應(yīng)先調(diào)南北水師，迅來(lái)嚴(yán)備，事機(jī)已迫，乞憲度迅賜施行。