十六混成旅在陜西駐軍年余。這期間，國內(nèi)政局變端屢起，袁世凱覬覦“龍位”，一面讓謀士緊鑼密鼓宣揚(yáng)“唯帝制能救國”的謬論，指使爪牙組織“請(qǐng)?jiān)浮?，胡說人民“苦共和而望君憲，非一日矣”，以此大造輿論，一面悍然解散國會(huì)，頒布《民國新約法》，改內(nèi)閣制為總統(tǒng)制，血腥鎮(zhèn)壓“二次革命”。1915年初，袁世凱又無恥地與日本秘密談判，簽訂賣國的“二十一條”。事情泄露后，激起全國公憤。適值四川發(fā)生省民政廳長張培爵組織討袁同盟事件，張雖遭逮捕，但局勢(shì)仍不穩(wěn)定。為了控制局面，袁世凱特派心腹陳宦去四川辦理軍務(wù)，并指派三個(gè)旅的人馬同行。馮玉祥的十六混成旅名列其首。馮玉祥鑒于形勢(shì)混亂，難以捉摸，故意不讓全軍開拔，只率領(lǐng)李鳴鐘的一個(gè)混成團(tuán)，另和部分模范連的士兵作為衛(wèi)隊(duì)隨團(tuán)同往。

馮玉祥入川不久，袁世凱于1915年5月9日承認(rèn)了“二十一條”，激起國人同聲斥責(zé)。袁一意孤行，仍加緊準(zhǔn)備登基。12月13日，在居仁堂接受百官朝賀，19日，設(shè)大典籌備處，濫封公侯伯子男諸爵。年底又下令第二年改元“洪憲”。一系列倒行逆施，終于激發(fā)了蔡鍔的護(hù)國軍起義。

蔡鍔在云南組織護(hù)國軍，出兵討袁。馮玉祥雖在袁的新軍中任職，非但拒絕迎戰(zhàn)護(hù)國軍，且與蔡鍔暗中聯(lián)絡(luò)，后又參與組織了四川獨(dú)立，與護(hù)國軍聯(lián)為一體，挫敗了袁世凱稱帝的陰謀。1916年初，護(hù)國軍很快攻入四川，占領(lǐng)永寧(即敘永)。陳宦急調(diào)兵迎敵，馮玉祥自在受調(diào)遣之列。