朱厚熜即位后，改年號(hào)為“嘉靖”，他執(zhí)政早期的大事件，最為出名的就是“大禮儀”之爭(zhēng)，即朱厚熜抗拒明朝皇室法統(tǒng)，拒絕認(rèn)明孝宗朱祐樘為父，堅(jiān)持要給自己已故的父親興獻(xiàn)王追贈(zèng)皇號(hào)，因此引發(fā)了他與朝臣們長(zhǎng)達(dá)十?dāng)?shù)年的政治斗爭(zhēng)，無(wú)數(shù)官員罷官去職。

朱厚熜登基早期，因“大禮儀”之爭(zhēng)，朝野內(nèi)耗不斷，但國(guó)家政治卻平穩(wěn)運(yùn)行，民生穩(wěn)定正是根本。他除了革除堂兄朱厚照在位時(shí)的弊政，為朱厚照?qǐng)?zhí)政期間獲罪的大臣恢復(fù)名譽(yù)，遏制宦官權(quán)力，嚴(yán)懲朱厚照時(shí)代的諸多“權(quán)奸”外，他做的極其重要的一個(gè)改革，就是整頓皇莊，即皇室直接掌握的莊田。從明英宗朱祁鎮(zhèn)在位時(shí)代開(kāi)始，由于宦官勢(shì)力的膨脹，皇莊已經(jīng)成為明朝土地兼并的源頭，宦官們借著“皇莊”的名義濫收租稅，侵占土地。從嘉靖二年（1523）開(kāi)始，朱厚熜對(duì)皇莊進(jìn)行整頓，將原本由宦官管理的皇莊，除少數(shù)改為養(yǎng)蠶場(chǎng)外，盡數(shù)改為官田，并分配給農(nóng)民耕種，減免賦稅。此舉極大緩和了朱厚照時(shí)代極度尖銳的土地矛盾。

朱厚熜登基初期的另一個(gè)重要舉措，就是整頓“公費(fèi)支出”。一是減免皇室對(duì)地方的征派，召回朱厚照時(shí)代遍布全國(guó)的鎮(zhèn)守太監(jiān)，縮減宮廷的消費(fèi)預(yù)算。嘉靖初期的財(cái)政預(yù)算，居然比朱厚照時(shí)期縮減了百分之九十。二是整頓政府公務(wù)支出，尤其是驛站公務(wù)開(kāi)支，頒布嚴(yán)格條令，禁止皇室子弟在驛站公款消費(fèi)，并對(duì)地方各級(jí)政府的公務(wù)開(kāi)支，都做了極其細(xì)化的規(guī)范。特別狠的一條是，如果所在府衙的財(cái)政支出，違反了國(guó)家的財(cái)政規(guī)定，那么超支的部分，則要由官員本人退賠。在朱厚熜登基的第一年，明王朝相繼發(fā)生了江南水災(zāi)與甘肅叛亂等事件，但是國(guó)家的財(cái)政支出，卻比朱厚照?qǐng)?zhí)政時(shí)代減少了近一倍。

朱厚熜非常自信，而他最不能容忍的，就是有大臣挑戰(zhàn)他的自信。嘉靖六年（1527），陽(yáng)明心學(xué)開(kāi)創(chuàng)者、大儒王陽(yáng)明受命平定兩廣叛亂，事后給朱厚熜寫(xiě)報(bào)告，文中表功說(shuō)“經(jīng)過(guò)自己的努力，兩廣的叛亂已經(jīng)全部平定，百年之內(nèi)不會(huì)再發(fā)生戰(zhàn)爭(zhēng)”，朱厚熜看過(guò)后非但不喜，相反大怒，在批復(fù)中大罵王陽(yáng)明狂妄自大。而終其一生，對(duì)于大臣們，他都保持著這種近乎狹隘的猜忌。