建文舊臣中，最讓朱棣頭疼的，就是中山王徐達之子--魏國公徐輝祖，徐輝祖不只是建文帝的鐵桿忠臣，更是朱棣夫人徐王妃的兄長，朱棣的大舅子。據(jù)說朱棣入城的時候，勒令全城百姓迎接，唯獨徐大舅子硬氣，獨守在徐達的祠堂里。惱羞成怒的朱棣，立刻派官吏向徐輝祖問罪，沒想到徐輝祖不慌不忙，面對嚴刑拷問，悠然背出了朱元璋御賜徐家的“免死鐵券”里的券文。這下朱棣沒咒念了，只好將徐輝祖禮送回府，軟禁五年后，徐輝祖善終于家。

比起不忍殺的卓敬，殺不了的徐輝祖，有些人，卻是沖朱棣“找殺”。朱棣破城的當天晚上，龔泰猛然沖向朱棣大營，聲稱自己是“建文重臣”，非要朱棣治他死罪，簡單審訊后，才知道這只是個小人物?？扌Σ坏玫闹扉Γ瑪[擺手就把他放了，誰料龔泰鐵了心，居然當場跳南京城頭自盡。這下可把朱棣氣炸了肺，立刻下令，將龔泰的尸首大卸八塊。這是他后來瘋狂屠戮建文忠臣的起點。

朱棣誅殺建文舊臣的方式，除了眾所周知的“株十族”外，另一個手段叫“瓜蔓抄”，它的開始，是源于一場明朝版的“刺秦”事件。假意歸順朱棣的御史景清，一次在朝堂上身藏利刃，意圖行刺朱棣。而那一天按照《明史》的記錄，天氣出現(xiàn)了“異象”，欽天監(jiān)（天文臺）的報告，就是天上一顆奇怪的紅色妖星，要去進犯代表皇帝的“帝星”。偏偏景清當天，恰好穿了一套紅色的衣服。滿腹狐疑的朱棣立刻下令拿下，當場搜出利刃，刺殺失敗。寧死不屈的景清，臨終依然大呼“欲為故主報仇”。事后，朱棣以極其殘暴的手段處死了景清，先斬首，再扒皮示眾。而李卓吾在《續(xù)藏書》里說，之后的幾個夜晚，朱棣整天做噩夢，天天夢見景清拿著刀朝他砍來，為驅(qū)逐心魔，朱棣悍然下令，將景清的家族乃至同村鄉(xiāng)親，全都抓來治罪，先后殺害三百多人。這就是聳人聽聞的“瓜蔓抄”。

“瓜蔓抄”除了株連甚廣之外，還大搞“穿越”。御史高邦反對朱棣篡位，朱棣殺了他后還不解恨，竟將高邦陜西老家的祖墳刨盡，將其家族產(chǎn)業(yè)，分給周圍鄉(xiāng)親耕種，并世代征收高額賦稅。按照朱棣的話說，此舉就是讓人們“世代罵高御史”，也就是要讓高邦遺臭萬年。