中國共產(chǎn)黨一成立便致力于反帝反封建的革命斗爭，但畢竟勢單力薄，經(jīng)驗不足。應(yīng)該說，在當(dāng)時無論是剛成立不久尚處于幼年期的中國共產(chǎn)黨，還是已經(jīng)初具規(guī)模，頗有威望，但組織渙散的國民黨，都無法以一己之力對抗勢力強(qiáng)大的北洋軍閥。兩黨聯(lián)合起來成為一種歷史的必然，陳獨秀在國共第一次合作的達(dá)成過程中起到了十分重要的作用。

國共合作實現(xiàn)后，孫中山、陳獨秀等聲望大增。3月4日，北京大學(xué)舉行25周年紀(jì)念日時，進(jìn)行民意測驗。測驗結(jié)果顯示，國內(nèi)大人物依次是孫中山（473票）、陳獨秀（173票）、蔡元培（153票）、段祺瑞（45票）、胡適（45票）、梁啟超（29票）、吳佩孚（27票）、李大釗（25票）、章太炎（10票）。

然而，國民黨“一大”后，國共合作就開始面臨著左派和右派的沖突。同時，陳獨秀在國共合作中，由于種種原因而逐漸右傾，以致逐漸喪失了對革命力量的領(lǐng)導(dǎo)權(quán)，國民黨右派逐步篡奪了大革命的領(lǐng)導(dǎo)權(quán)。

1926年，蔣介石接連制造了中山艦事件和整理黨務(wù)案，針對廣大黨員對蔣氏的憤怒情緒，陳獨秀卻出來為蔣介石說好話。1927年4月，當(dāng)國民黨右派反革命行為昭然若揭時，陳獨秀和汪精衛(wèi)又發(fā)表了一個《汪、陳聯(lián)合宣言》，其中寫道，國民黨“決無驅(qū)逐共產(chǎn)黨摧殘工會之事”，“我們應(yīng)該站在革命觀點上，立即拋棄相互間的懷疑，不聽信任何謠言，相互尊敬，事事協(xié)商，開誠進(jìn)行，政見即不盡同，根本必須一致”，“上海軍事當(dāng)局，表示服從中央，即或有些意見與誤會，亦未必終不可解釋”等。

4月12日，蔣介石在上海發(fā)動反革命政變，100多名參加游行抗議的工人尸體橫臥街頭，300多名共產(chǎn)黨員、革命群眾被槍決，1000多人被捕。同一天，李立三在上海主持召開了特委會，周恩來在大會上強(qiáng)烈指責(zé)了《汪、陳聯(lián)合宣言》制造的煙霧彈讓同志們放松了警惕，使黨蒙受了巨大損失。

中共六大批評了陳獨秀右傾機(jī)會主義錯誤，他也沒有選上中央委員和候補(bǔ)中央委員。六大后也沒有再分配工作，只是保留了黨籍，中央仍然每月補(bǔ)助他30元生活費以維持生活。

1929年，陳獨秀接觸到了托洛茨基的文章，不久便與彭述之、鄭超麟、尹寬等人商議，成立了“無產(chǎn)者派”小組織。黨中央發(fā)現(xiàn)了陳獨秀的反對派行為后，多次勸告、警告，但陳獨秀并不聽勸，11月中央不得不作出開除陳獨秀黨籍的決定。