1917年1月，北京大學(xué)校長蔡元培聘請陳獨秀到北大擔(dān)任文學(xué)科學(xué)長（文學(xué)院院長），《新青年》雜志也隨之移至北京出版，當(dāng)時的北京大學(xué)即成為中國思想界最活躍的陣地。1919年陳獨秀在北京大學(xué)發(fā)動了震驚中外的五四愛國主義運動，并親自散發(fā)傳單，被毛澤東譽為是五四運動的總司令。

1919年6月8日，陳獨秀在《每周評論》第二十五號上發(fā)表了《研究室與監(jiān)獄》一文，他說：“世界文明發(fā)源地有二：一是科學(xué)研究室，一是監(jiān)獄。我們青年要立志出了研究室就入監(jiān)獄，出了監(jiān)獄就入研究室，這才是人生最高尚優(yōu)美的生活。從這兩處發(fā)生的文明，才是真文明，才是有生命有價值的文明?！?/p>

此語遂成名言。

此時的陳獨秀其實處境十分危險，北大校長蔡元培已經(jīng)于5月9日早晨秘密離開了北京，陳獨秀在滬上的朋友也紛紛勸其南下以避鋒芒。他卻回答說：“我腦筋慘痛已極，極盼政府早日捉我下獄處死，不欲生存于此惡濁之社會也。”

6月9日，陳獨秀起草《北京市民宣言》，“交由胡適，把它譯成英文”。雖然身為北大文科學(xué)長，他還是親自去中央公園（今中山公園）等地散發(fā)這個僅有一頁紙的宣言。隨后，陳獨秀因散發(fā)《北京市民宣言》而被捕。

參與散發(fā)傳單的胡適在《胡適口述自傳》中回憶說：“陳氏是在發(fā)散他那自撰并出資自印的反政府傳單之時被捕的。此事發(fā)生在北京城南一個叫做‘新世界’的娛樂場所。那時陳獨秀、高一涵和我三位安徽同鄉(xiāng)正在該處吃茶聊天。陳氏從他的衣袋中取出一些傳單來向其他桌子上發(fā)散……我們?nèi)嗽谝黄鸪圆?，未幾，一涵和我便先回來了。獨秀一人留下，他仍在繼續(xù)散發(fā)他的傳單。不久警察便來了，把獨秀拘捕起來送入警察總署的監(jiān)牢。我直到夜半才有人打電話告知此事。獨秀被捕之后，始終未經(jīng)公開審訊，但是一關(guān)便關(guān)了八十三天。所幸他的一大群安徽同鄉(xiāng)和老朋友們，終于把他于8月間保釋出獄。”

不過，陳獨秀不是只被關(guān)了83天，而是98天。98天的牢獄囚禁，使他第一次體驗了“人生最高尚優(yōu)美的生活”。

而正是這第一次被捕，使北洋政府成為眾矢之的，陳獨秀成為各階層人士奔走營救的對象，自此更加聲名鵲起。

這一年，陳獨秀40歲。