隨后，蔡元培又在朝考中列名第一等，被點為翰林院庶吉士。本科同充庶吉士的有張元濟、湯壽潛、方家澍、屠寄、王得庚等95人。在當時眾多的青年學子中，蔡元培深得上層士大夫的賞識。在五月初一至三十日期間拜謁本科殿試正考官戶部尚書翁同龢的新門人眾多，翁對其中的大多數(shù)人都無特別印象，只在《日記》里簡單地寫“新庶常來者八九人”, “新門人兩人來見”，無姓無名；有的則有姓無名，如“劉生、屠生來”，即使狀元、探花，也只寫“劉福姚來見”, “陳生伯陶來”，均無按語，惜墨如金。唯獨在6月1日蔡元培來訪那天的日記中，特加沉重記錄，寫道：“新庶常來見者十余人，內(nèi)蔡元培，乃庚寅貢士，年少通經(jīng)，文極古藻，雋材也，紹興人，號鶴青，向在紹興徐氏校刻各種書?！?/p>

按照清制，選為翰林院庶吉士的，還須在庶常館學習兩三年，期滿應散館考試，獲優(yōu)等者，再授職翰林院編修。蔡元培在被選為翰林院庶吉士后并沒有留在京城，是年10月即離京回到老家紹興。第二年6月開始外出訪師問友。先由寧波到上海，再乘長江船往南京、鎮(zhèn)江、揚州及靖江等地。秋冬間，客居廣東，與陳孝蘭、陶濬宣、朱一新、徐琪、吳翊寅等論學作文。他曾就那年廣東鄉(xiāng)試試題《如有王者必世而后仁》作文一篇，深得廣東宿儒好評，被稱為“洽孰經(jīng)傳，博精群籍，童年下筆，輒如古子。當代之龔定盦也。”  由于庶吉士生活清苦，蔡元培沿途還賣字求錢，以為自己增添一些生活補助。在路過香港時，蔡元培曾因一店主之請，為一個叫元發(fā)行的商店寫了一副“遇事虛懷觀一是，與人和氣察群言”的對聯(lián)。 這副對聯(lián)不但道出了中國傳統(tǒng)的經(jīng)商之道，而且道出了蔡元培本人的一個性格特征。不過，對蔡元培來說，他這次出游獲益最大的還是開闊了眼界，接觸了一些新思想、新事物。在客居廣東期間，他第一次從陶濬宣、朱一新等人那里聽到有關(guān)廖季平（平子）、康有為的今文經(jīng)學及其軼事，并將“廖、康二氏已印行的著作，置行篋中”。

然而，光陰荏苒，庶常館的兩年學習期轉(zhuǎn)眼就要過去。1894年春，蔡元培匆匆結(jié)束他的廣東之行，回到紹興，收拾行裝，進京應散館考試。散館考試通過后，蔡元培由二甲庶吉士升為翰林院編修。至此．蔡元培攀到了科舉道路的巔峰。

蔡元培在虛齡27歲時便取得翰林的功名，這在當時傳統(tǒng)士人看來，無疑為他飛黃騰達，躋身上層官僚打開了大門。自清朝中葉以降，殿閣大學士、總督巡撫、軍機大臣，大多系翰林出身。然而，就在蔡元培在科舉仕途上平步青云之時，中國社會正在醞釀重大而深刻的變化，沿續(xù)數(shù)千年的科舉制度在十年后的1905年即告廢止。翰林的功名沒有給蔡元培帶來常人稱羨的高官厚祿，卻為他有機會重新認識當時的中國社會政治創(chuàng)造了條件，并為他稍后從事教育救國和革命活動提供了可資利用的名望。